中美航线

两国间的首个定期直飞航班为西北航空运营的北京—底特律航班，每周三班，于1996年5月1日开办[33]。西北航空又于2000年4月6日开办每周两班的上海—底特律航班[34]，但在18个月后停办；西北航空亦2002年停办北京—底特律直飞航班[35]（2011年7月1日复航时转用达美航空商标）。此后，西北航空成为唯一一家可直飞中国的航空公司，但直到2009年6月1日才恢复了底特律-上海直飞航班（作为其新母公司达美航空的一部分）。

2000年4月，联合航空停办上海—东京航线，并首次开通上海—旧金山直飞航线。6月，联合航空停办北京—东京航线并开办北京—旧金山直飞航线。上述变动是基于《1999年航空服务协议》对航班数量的限制而实施的[36]。自此，联合航空的所有中国航线均为直飞。美联航于当年10月26日恢复北京—东京航线，作为杜勒斯-北京直飞航线（冬季暂停）的临时替代航班。自2011/12冬季起，美联航杜勒斯-北京航线开始全年运营，并停办冬季北京—东京临时航线。

中国东方航空于1997年开通旧金山航线，但此后客运服务一度停止，仅有货运航班运营[37]。东航于2013年4月26日恢复旧金山客运航线[38]，同时原先经西雅图至芝加哥的航线停办。部分中国籍航司曾运营过安克雷奇航线（主要在此补油），但现在已不再运营，部分原因是远程飞机的投入使用。

2007年，达美航空获批运营亚特兰大与上海之间的直飞航班。然而在2009年（即航线开办次年），达美航空便因客户需求疲软、美国经济不景气、燃油价格高昂以及甲型H1N1流感大流行而暂停该航线运营。达美航空于2009年9月1日执飞了最后一班亚特兰大-上海航班。2009年10月24日，达美航空将波音777投入至原由西北航空执飞的底特律-上海航线。2011年6月5日，达美航空复办亚特兰大-上海航线，每周两班，作为该航空公司2011年国际线扩张计划的一部分。然而，该航线因“表现不佳”于2012年1月17日再次停航。

根据1999年4月缔结的协议，两国航司可将每周航班班次从27次增加至54次，其中包括货运航班[39]。上述航班中的20个为纯货运航班。双方都被允许指定一家额外的航空公司，由此两国各可指定四家航空公司执飞中美航线[40]。

根据该协议，联合航空增加了航班班次，并于2000年4月开通上海-旧金山直飞航线[41]。

2004年7月签署了新的航空协定[42]。该协议允许两国航空公司为对方国家的任何城市提供服务。实际上，中美两国之间的航班往来于中国的三个大城市和美国的几个城市之间。此前，中国航司仅能运营12个美国航点，美国航司只能运营5个中国航点。该协议允许美国和中国的航空公司进行无限制代码共享，而在此之前代码共享仅限于指定航点[39]。

在签订协议时，还计划在2006年进行更多谈判，从而在2007年达成另一项协议[39]。

2004年的协议促成了2005年两国间航班数量的增加，西北航空公司也于2004年11月1日开通东京—广州航线，使用波音757型飞机运营[43](达美航空原定于2011年7月6日恢复该航线，但计划已被无限期推迟）。此前，联合航空已于10月31日开办芝加哥—上海航线[44]。

2005年6月，美国交通部批准美国航空运营芝加哥—上海航线，同时批准美国大陆航空运营纽瓦克—北京航线[45]。

2006年，多间美国航司申请额外的航线经营权，并于2007年获批。其中包括联合航空申请的往返华盛顿杜勒斯国际机场（临近华盛顿特区）和北京的航班。该航线于2007年3月25日开办，使用波音747-400型客机[46]。

除美联航外，美国航空、美国大陆航空和西北航空也申请了经营权。

美国大陆航空申请了纽瓦克—上海航线经营权。西北航空申请了底特律—上海航线经营权。美国航空原计划申请达拉斯/沃斯堡—北京直飞航线经营权，但因在与飞行员就计划航班的工作时间问题未有共识，该公司更改了申请，在东行途中经停芝加哥[47]。

美国交通部已决定向一间不运营中美航线的航司授予航线经营权。达美航空申请了亚特兰大—上海航线，前期使用波音777-200ER，2008年换型为波音777-200LR。西北航空作为参与中美航线经营的新航空公司申请航线经营权，声称虽然该公司有飞往中国的航班，但其经停日本。该公司设想，如在2007年获准经营直飞航线，将使用波音747-400型飞机，若于2009年获准，则计划使用波音787型飞机。

一些消息来源指出，在获得航线授权之前，达美航空对这条航线志在必得[54][55][56]。美国交通部于2007年9月25日批准达美航空经营该条航线，后者宣布于2008年3月30日（即规定的最晚服务期限）开通该航线[57]该航线于2009年5月暂停。不过在2011年6月5日，达美航空复航该航线。

当年增加了广州—美国航线额度。只有联合航空授权并获得运营许可。美联航计划使用波音777执飞旧金山—广州航线[58]。然而，美联航鉴于国际旅客量突然下跌，将该航线延迟至2010年10月30日开办[59]。

美航、大陆航与美联航的客机在浦东机场（摄于2009年）

一间航司获得了中美航线经营权，正如交通部在征集申请时所说的那样。夏威夷航空撤回了其航线申请。全美航空申请了费城–北京航线经营权，由空客A340-300（全美航不运营该机型，亦无意购买）执飞。Maxjet申请了西雅图—上海航线经营权，以全商务舱波音767-200ER执飞。全美航空获得了交通部原计划授予Maxjet的航权，理由是全美航空公司出价更高的座位可用性和更大的转机可能性[60]。惟在2009年末，全美航空放弃了北京航线经营权[61]。

海南航空开办了北京—西雅图航线，由空中客车A330执飞[62]。

交通部向非新加入的美国承运商授予了三条航线的经营权。此外航司亦申请了六条航线。

• 西北航空申请了底特律—北京航线经营权，由波音787执飞（若以波音747-400运营该航线的请求于2007年未获批准）。该航司还申请了底特律—上海航线经营权，以波音787执飞
• 联合航空申请了洛杉矶—上海航线经营权，由波音747-400执飞。备选方案为华盛顿—上海航线。
• 美国航空申请了芝加哥—北京航线经营权（原定于2010年4月26日开办；经多次推迟，最终于2010年5月25日开办）。
• 美国大陆航空申请了纽瓦克—上海航线经营权，由波音777-200ER执飞（此前大陆航空亦提出过相同申请）。同期美联航获准经营华盛顿—北京航线。达美航空申请了亚特兰大—北京航线经营权，由波音777执飞。

美国航空、大陆航空和西北航空的航线申请获得批准[60]。交通部指出，美联航的申请“没有满足更广泛的竞争需求”，因为美联航飞往中国的航班约占美国航空公司的一半。运输部将美航的寰宇一家航空联盟进入中美市场的机会较少作为决定因素之一。

作为对美国交通部决策过程和偏好的暗示，美国运输部在其报告中表示有意授予美国大陆航空和美国航空航线权，“这将暂时保留7个班次额度……授予达美航空和西北航空”。交通部表示，西北航空已经拥有底特律和中国之间的航线授权，但该航司选择经停东京（尽管过去确实运营过一些直飞航班），该公司正在申请额外的底特律-中国航线授权。过去，由于新航线授权数量有限，此类申请遭到了拒绝，但现在有了更多的回旋余地，条约允许更多的航班飞行。交通部批准底特律-上海航线经营权，而不是底特律-北京航线经营权。交通部指出，达美航空未获得其航线申请的原因是，鉴于达美航空在2008年3月30日才开通亚特兰大-上海航线，因此截至2009年该航司申请新经营权时，达美航空在华羽翼未满。达美航空的亚特兰大-上海航线于2009年9月1日停航，但于2011年6月5日复航；然而，由于载客量不佳，该航线于2012年1月17日再次停航。达美航空还向美国交通部申请自2011年7月1日起开办底特律与北京之间的直飞航班[63]。

交通部还在颁发2007-2009年航线经营权的同时宣布，航线经营权必须运营五年后方可转售。此前，规定期限为一年[60]。