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中華成棒隊參加2013年世界棒球經典賽係由中華職棒及中華棒協共同負責組訓及賽務事宜，其中中華職棒負責組訓部分於2月23日即告結束，餘參賽部分均由中華棒協負責。惟本屆中華職棒及中華棒協自組訓之初，磨合上便有諸多問題，組訓賽後更陸續爆發數起爭議事件。 中華職棒與中華棒協不時傳出雙方溝通上出現問題，包括中職記者會公佈中華隊28人名單，棒協無人與會、中華棒協於中職領隊會議當日，舉行記者會公佈黃金技術顧問團，中職事前卻未獲協商及通知，一度引起無法團結對外的批評。[8][9][10] 雙方摩擦於組訓賽後陸續擴大，遂發生下列爭議：

棒協原未安排中華隊於正式比賽場地台中洲際棒球場實戰熱身練習，導致台灣身為B組預賽主辦國，卻為唯一未能於賽前熟悉正式場地之隊伍。嗣後經中華隊總教練謝長亨反應，棒協方於熱身賽前三天臨時改於台中洲際棒球場比賽。[11][12]

中職自第三屆經典賽資格賽起，每場經典賽事支付選手及教練3萬元之出場費，中職會長黃鎮台更在晉八強後另行追加三百萬出場費。棒協秘書長林宗成認國家已編列國光獎金給非中職選手，因此非中職選手領取中職獎金有正當性問題。惟嗣後媒體發現，因棒協賽前未提出申請，因此經典賽未列入國光獎章辦法，故不論名次皆無法申請國光獎金。[13][14][15]

2013年3月11日，棒協秘書長林宗成於記者會上就國光獎金申請遲誤道歉，解釋2012年底及2013年初皆因故未即時申請，惟就2011年決定停辦世界盃棒球賽以來即可申請經典賽納入國光獎金一事未置一詞。 [16][17]

棒協依美國職棒大聯盟規定可分得大聯盟給予之半數經典賽獎金，用於推廣業餘及三級棒球。以本屆中華隊晉八強之成績，棒協可分得約30萬美元，剩下則由28名參賽選手與教練團均分。而棒協除獎金分紅外，尚有熱身賽、B組預賽票房收入以及對外招商收入，縱扣除給予大聯盟之權利金，收入亦相當豐厚，棒協遭台灣球迷批評收入與作為不成正比。[18][19][20] [21][15]

晉級八強後有棒協人員帶隊的中華隊前往日本東京。大聯盟提供每位球員每天9千日圓餐費，中華隊總教練謝長亨為了讓選手能集體按時用餐，希望另行安排用餐空間，交代中華隊新聞官王雲慶代為處理，王雲慶隨即向中華職棒會長黃鎮台反映，黃鎮台也表示願意支付相關費用在此之前中華隊新聞官並未先向棒協反映此事，新聞官為此已向棒協致歉，棒協了解情況後也立即接手，之後中華隊所有用餐相關費用將全部由棒協支付。[22]

中華隊於東京八強賽止步後選手未獲安排包機返台，而視機位狀況安排球員分13批回台，[23]棒協此舉引起台灣球迷不滿，認為中華隊晉級八強獲得史上最佳成績，卻無法整隊完整回台，有失尊嚴。棒協針對此爭議回應，「大聯盟未提供敗隊回程包機，是經典賽的慣例，未把這項特殊規定提前告知球迷，引起誤會必須道歉。經典賽首輪在台中進行時，遭淘汰的澳洲、南韓隊也未安排專機返國；澳洲分成六個航班離開，南韓全隊搭乘商務艙，都是自己處理票務，並非大聯盟提供。」，而無法包機是因為「這次中華隊除了五十幾名隊職員，還有卅幾名家屬；有人到返台前的半夜仍想更改班機，花了很多時間才搞定，臨時狀況確實不少。」[24]