吳思瑤

2015年，悠遊卡公司開放預購一萬五千套波多野結衣悠遊卡，卻遭到台北市議員高嘉瑜爆料三千套卡被預留做為公關卡，高達五分之一發行量被「暗槓」，根本是黑箱作業。高嘉瑜表示，「波卡」在網路已被哄抬至上萬元，這有利益輸送之嫌，並要求公布公關名單及標準，不應讓公關卡成為悠遊卡公司籠絡特定對象，或假公濟私的工具[17][18]。

悠遊卡公司公布公關卡名單，共有18名議員以問政名義索資74套，其中以吳思瑤一人索取高達20套最多，引發質疑濫用特權[19][20]。對此，吳思瑤在臉書表示，是她的助理為問政備存資料，自行向市府索資，她一向授權辦公室同仁進行問政準備工作，單純是助理個人的行為[21]。

2019年11月16日，立法院審查時代力量的提案時，吳思瑤被發現私自替不在場的同黨立委張廖萬堅、張宏陸及林俊憲代按電子表決器，等同一個人投了4票否決該提案，遭到批評是作弊、偷渡行為[22]。吳思瑤坦承有疏失，但強調四位立委當時都在在立法院，只是暫時離開座位，並認為自己代按表決器投票的行為並無不當[23]。

但早在2016年，時任立法院院長蘇嘉全就曾公開表示「表決器不可代按」[24]，吳思瑤的言論也遭到公民監督國會聯盟強烈譴責[25]。

2023年6月3日，吳思瑤被國民黨台北市議員張斯綱指控曾護航、阻止性騷擾受害者報案。吳思瑤發文嚴正駁斥此為汙衊行為，表示不要為了選舉消費受害者[26][27][28]。

臺北市政府警察局證實，2007年5月8日該被害女性黨工向北投分局報案，經調查後確認性騷擾事件成立。對此，吳思瑤在臉書回應「協助受害者，我也許做得不夠，我為此深深感到抱歉，我也對受害人長久以來的傷痛感到不捨」，同時否認有阻撓報案，並呼籲大家「切莫消費受害者，拿性平事件作為政治攻訐的工具。」[29][30]