晉簡文帝

永昌元年（322年），晉元帝下詔封司馬昱為琅邪王，作為自己入繼大宗後父親爵位的繼嗣。咸和二年（327年）因其母喪，請求服重而改封會稽王，官拜散騎常侍。咸和九年（334年）轉任右將軍，加侍中。咸康六年（340年）進撫軍將軍，領祕書監。建元元年（343年）加領太常。

永和元年（345年），因著上一年晉康帝去世，年幼的晉穆帝登位，崇德太后褚蒜子抱晉穆帝臨朝。當時輔政的驃騎將軍何充希望由太后父親褚裒入朝輔政但對方辭讓，當時司馬昱聲望高，故升司馬昱為撫軍大將軍，錄尚書六條事，與何充輔政。同年，荊州刺史庾翼去世，死前請求以其子庾爰之接代其位，何充則屬意徐州刺史桓溫取代庾氏掌握荊州。司馬昱倚重的名士劉惔熟悉桓溫，指桓溫雖然有才幹但也極有野心，不能讓他居於荊州這個控制長江上游的「形勝之地」，建議由司馬昱親自外鎮荊州，或由劉惔自己任荊州刺史。司馬昱沒有聽從劉惔的建言，桓溫任荊州刺史，獲得了日後奪權掌政的資本。

永和二年（346年），何充去世，左光祿大夫蔡謨加領司徒兼錄尚書六條事，與司馬昱一同輔政，司馬昱總理萬機，其實是東晉朝廷的決策者。何充兼領的揚州刺史此時出缺，褚裒舉薦了名士殷浩，殷浩辭讓並寫信給司馬昱說明理由，但司馬昱勸他出仕，四個月後殷浩終於出仕。次年，桓溫平滅成漢，建立大功，威望和勢力都大為提升，同時也引來朝內對其的忌憚。司馬昱決定以殷浩抗衡桓溫，後來後趙國內大亂，授殷浩以北伐的重任。然而殷浩北伐失敗，桓溫在永和十年借朝野對殷浩北伐失敗的不滿廢掉殷浩，司馬昱亦無力抗衡桓溫高漲的力量，令得桓溫在朝中獨大。

永和八年（352年），詔升司馬昱為司徒，司馬昱辭讓。興寧三年（365年），琅邪王司馬奕即位為晉廢帝，琅邪國無嗣，晉廢帝封司馬昱爲琅邪王，改以司馬昱子司馬昌明為會稽王。司馬昱辭讓，所以仍以會稽王號封琅邪王。次年，詔進司馬昱為丞相、錄尚書事、入朝不趨，贊拜不名，劍履上殿、賜羽葆，鼓吹及班劍六十人，司馬昱又辭讓。

太和四年（369年），桓溫第三次北伐大敗於前燕和前秦聯軍，豫州刺史袁真不堪被桓溫所誣要負上北伐失敗的責任而叛變。司馬昱在涂中與桓溫會面，商討隨後的行動，以桓溫子桓熙為豫州刺史。

太和六年十一月己酉日（372年1月6日）[1]，大司馬桓溫廢黜晉廢帝為東海王，率百官到會稽王府奉迎司馬昱，司馬昱即日即位為帝，是為晉簡文帝，改元咸安。桓溫及後就寫了講辭，打算向司馬昱陳述自己廢立的本意，但司馬昱每接見他都不停流淚，如此令桓溫恐懼，居然不能說一句話。

司馬昱的哥哥武陵王司馬晞有軍事才幹，被桓溫所忌。廢立不久，桓溫就誣陷司馬晞謀反將其免官，及後更逼令新蔡王司馬晃自誣與司馬晞及庾倩等人謀反，以求翦滅陳郡殷氏和穎川庾氏在朝中的勢力。隨後桓溫指示御史中丞司馬恬奏請司馬昱依律法處死司馬晞，司馬昱不肯，下令再作詳細議論。桓溫再次上奏求誅司馬晞，言詞十分嚴厲急切，司馬昱於是手詔給桓溫，寫道：「若果晉室國祚長久，那麼你就應該依從早前的詔命從事；如晉室大勢已去，那你就讓我退位讓賢吧。」桓溫看後流汗色變，不敢再逼，只上奏廢掉司馬晞和他三名兒子，並流放其家屬。

司馬昱見熒惑入太微垣，因晉廢帝被廢時亦有同樣天象，故此十分不安，甚至對桓溫親信也是自己昔日僚屬的郗超問桓溫會否再行廢立之事。郗超斷言桓溫不會這樣作，司馬昱仍十分感慨，並詠庾闡之詩：「志士痛朝危，忠臣哀主辱。」司馬昱憂憤而得病[2]，在咸安二年七月甲寅日（372年9月7日）[1]因病急召桓溫入朝輔政，桓溫數度辭讓，司馬昱於是在己未日（9月12日）[1]立兒子司馬昌明為太子。同日在東堂去世，享年五十三歲。臨終前，司馬昱寫了遺詔，要桓溫依周公先例居攝，更寫：「少子可輔者輔之，如不可，君自取之。」面對桓溫的野心，此舉幾近讓國。王坦之在司馬昱面前親手撕毀遺詔。司馬昱說：「晉室天下，只是因好運而意外獲得，你又對這個決定有甚麼不滿呢！」王坦之卻說：「晉室天下，是晉宣帝和晉元帝建立的，怎由得陛下你獨斷獨行！」司馬昱於是命王坦之改寫遺詔，寫道：「家國事一稟大司馬，如諸葛武侯、王丞相故事。」桓溫其實亦希望司馬昱臨終禪讓帝位給自己，又或者讓他像周公般居攝行事，王坦之改寫後的遺詔令桓溫大失所望。

司馬昱葬高平陵，廟號為太宗，諡為簡文皇帝。

1. 简文顺皇后（追贈）王簡姬，王遐女，348年去世，生司馬道生、司馬俞生。
2. 胡淑仪，生司馬郁、司馬朱生。
3. 王淑仪，生司馬天流。
4. 李陵容，原是婢女，簡文帝生前無位號，簡文帝死後其子追贈淑妃、太妃、太后，生晉孝武帝司馬曜、司馬道子、鄱陽公主。
5. 徐貴人，生新安公主司馬道福。（《晉書》作貴人，《晉中興書》作淑媛）

1. 思世子司馬道生，司馬昱長子，初被立為世子，永和四年（348年）與母親同被废，二十四岁去世。
2. 司馬俞生，早殇。
3. 司馬郁，十七岁去世，追赠临川献王。
4. 司馬朱生，早殇。
5. 司馬天流，早殇。
6. 太子司馬曜，字昌明，咸安二年（372年）被立为太子，后为晋孝武帝。
7. 司馬道子，咸安二年（372年）封琅琊王，太元十七年（392年）改封会稽王，元兴二年（403年）被桓玄毒杀，后谥文孝。

1. 鄱阳公主，嫁王導曾孫王嘏。[6]
2. 新安公主司馬道福，先嫁桓濟，後改嫁王獻之。[7]
3. 武昌公主，嫁桓脩。