富岡藩

天草郡原本是唐津藩的藩領，不過在寬永14年（1637）10月爆發的島原之亂後被沒收。寬永15年4月14日或15日（1638年5月27日或28日），山崎家治從備中國成羽藩以40,000石入主天草，根據收錄於《山崎家文書》內的《天草移封書翰錄》中的《天草知行高並定米目錄》記載，當時的石高是37,406石2斗4升，其中有8,732石1斗1升2合是原本有人居住的地方，3,302石8斗1升9合則是不收年貢的荒地，合計佔整體石高達三成。家治在任內通過改建富岡城等措施來嘗試振興當地[2][3][4]。

寬永18年9月10日（1641年10月14日），家治轉封至讚岐國丸龜藩，天草變成幕府領，富岡城由熊本藩代為看管。同年9月20日，鈴木重成就任為天草代官。他通過引入移民、整理行政區劃以及重建寺社等措施來振興當地，當地大部分現存的寺社均在這時期建成。承應2年10月15日（1653年12月4日），重成在江戶死去，關於其死因存在兩種說法，分別是病死以及他以死諫請求將石高減半，重成死後由其子鈴木重辰繼位。萬治2年（1659年），他實施檢地，成功將天草郡的石高減至21,000石，從而減輕農民的負擔[2][1]。

寬文4年4月11日（1664年5月6日），重辰改為擔任京都代官。同年5月9日（6月3日），戶田忠昌從三河國田原藩以21,000石入主天草，7月18日（9月7日）進駐富岡城後，熊本藩便撤走。他任內確立五人組，又整理稅制以及通過拆除富岡城本丸和二之丸來減輕農民的負擔，並且向江戶幕府提出天草應該由幕府直接管治。寬文11年正月25日（1671年3月6日），忠昌轉封至武藏國岩槻藩，天草再次成為幕府領[2][1]。

寬文11年5月，代官小川正辰進駐富岡城三之丸，並且以此地為代官所。其後，天草代官先後由永田貞清、服部三正、今井茂富、山木與惣右衛門、竹村惣左衛門、小野朝之丞以及竹村嘉茂擔任。正德4年（1714年）7月之後，天草由日田代官、島原藩以及長崎代官等共同管治[5]。慶應4年閏4月25日（1868年6月15日），府縣藩三治制開始實施，天草郡與八代郡五家莊合併為富岡縣，並且以陣屋為縣廳，同年6月10日（7月29日）改稱天草縣[1]。