徐應元（？—？），直隶河间府沧州人，明朝政治人物。
萬曆二十五年（1597年）丁酉科乡试舉人，二十六年（1598年）戊戌科進士，授淮安府赣榆县知县，以母憂歸。歴官户部郎中，出守登州府，升山东临清兵备道副使，天启二年考察以不謹閑住。天启三年以前登莱巡抚陶朗先受贿案被堪，尋被逮问[1][2]。