托马斯·穆勒迪

穆勒迪的银版摄影照片

1829年9月14日，穆勒迪受命接替约翰·贝施特担任乔治城学院校长[26]。欧洲的耶稣会高层对穆勒迪强烈的共和主义立场颇不放心，彼得·肯尼（）几个月前获命担任宗座视察员，到马里兰州视察耶稣会教团和穆勒迪，后者还是肯尼此行的顾问[27]。穆勒迪接手时乔治城学院情况很差，只有45名学子，但1834年已在他治下回升到140人。穆勒迪担任校长期间，乔治城学院在教长乔治·芬威克指示下严格实施耶稣会教育准则。[28]乔治城学院曾在1808年成立美国第一个圣母联谊分会，并在1830年5月举办美国首次圣母月奉献活动[29]。随着学校图书不断增多，穆勒迪于1831年2月16日在老北方大楼建立图书馆，藏书1.2万卷[30]。

穆勒迪对纪律的要求相对宽松[31]。1833年，学院组织班级到国会大厦参观，教长事后汇报当时有学生在酒馆喝到酩酊大醉，部分学员对教长做法非常愤怒，密谋伏击和殴打。他们的计划尚未落实便东窗事发，穆勒迪开除多名学生。[32]1833年3月，额我略十六世教皇特许乔治城学院为美国第一所教会大学，学校从此有资格颁授哲学和神学规范学位[33]。1836年12月10日学校步道附近的木工棚起火，学生和教职员工携手控制火势并防止蔓延到附近宿舍才避免学府烧成白地[34]。

美国国会两院议员在穆勒迪担任校长期间经常到访乔治城学院，他对学校的有效管理赢得普遍认可[35]。肯尼向罗马汇报时称穆勒迪虽然“热情到颇显浮躁而且过于爱国”，但在大学管理上的表现毋庸置疑[27]。他的任期在1837年结束，威廉·麦克雪利继任[36]。

穆勒迪堂1833年建成，现名艾萨克·霍金斯堂

格瓦斯堂1831年落成

穆勒迪担任乔治城学院校长期间学生人数稳定增长，某富有寡妇加入乔治城访亲修道院并将儿子交给学院托管后支付大笔酬劳，穆勒迪在1831年为学校新建医务大楼[37]。大楼建成后以曾于1634年随“方舟号”（）和“鸽号”（）来到北美洲的传教士托马斯·格瓦斯（）起名“格瓦斯堂”[38]。

耶稣会马里兰省财务主管弗朗西斯·齐泽罗辛斯基（）担心穆勒迪热衷大兴水土会令财政入不敷出，但穆勒迪还是在1832年提出规模更大的建设项目。他想新建楼房用于容纳食堂、礼拜堂、自习室和宿舍，但资金不足。耶稣会士需立下最终誓言放弃财产，尚未立誓且拥有丰富财产的会士向穆勒迪提供大笔贷款，后者把钱投入建设，新大楼1832年7月破土动工，第二年7月落成并得名穆勒迪堂[39][40]。此外，斯蒂芬·迪凯特（）的遗孀苏珊（）共提供七千美元贷款，对两幢大楼建设贡献很大[41]。

穆勒迪担任校长期间，乔治城学院建立通向校园各偏僻角落的步道网络，这些道路风景秀丽，是耶稣会修士约瑟夫·韦斯特（）为学校购买土地后建成[42]。1832年美国国会向哥伦比亚学院赠送土地后，乔治城学院要求类似优待。国会最后向乔治城学院赠送价值2.5万美元的地块，1837年2月20日完成所有权转让。[43]

1845年9月6日，穆勒迪再度获命出任乔治城学院校长，接替弟弟塞缪尔[44]。不久詹姆斯·诺克斯·波尔克总统要求天主教会派随行神职人员参加美墨戰爭，服务信奉天主教的军人，乔治城学院副校长和庶务员为此前往格蘭德河加入扎卡里·泰勒将军的部队[45]。

1848年，意大利邦国的民众起义促使许多耶稣会士逃到乔治城学院避难，其中包括后来的知名天文学家安傑洛·西奇与科学家贾安巴蒂斯塔·皮安恰尼（）[46]。穆勒迪同年辞职[16]，詹姆斯·莱德继任[47]。

穆勒迪在1838年奴隶销售协议上的签名

穆勒迪大兴水土令乔治城学院乃至耶稣会马里兰省欠下巨债，耶稣会士的种植园管理不善，无法形成足够产出，令经济境遇雪上加霜[52]。为改善困局，身为省级会长的穆勒迪在1838年把全省耶稣会几乎所有奴隶卖给路易斯安那州两名种植园主，他的计划得到罗马耶稣会总会长扬·鲁坦（）授权[18]，但总会长要求买家承诺奴隶能继续信奉天主教而且不会与家人分离[53]。1838年6月19日，穆勒迪向杰西·巴蒂（）与亨利·约翰逊（）卖出272个奴隶[54]。但事实证明两名买家没有理睬鲁坦的条件，这些奴隶很快被迫与家人分离[55]。

马里兰省许多耶稣会士反对耶稣会蓄奴，支持奴隸解放，对省级会长如此交易出离愤怒。他们致信鲁坦抗议，字里行间充满血泪控诉。[18]鲁坦打算把穆勒迪撤职，但在麦克雪利建议下决定暂缓命令，麦克雪利还与巴尔的摩大主教塞缪尔·埃克斯顿（）劝说穆勒迪主动引退。鲁坦甚至打算把穆勒迪逐出耶稣会，但在埃克斯顿劝说下改变主意。1839年8月，鲁坦已下令麦克雪利把撤职决定通知穆勒迪，[56]理由是不服从命令和煽动丑闻[18]。鲁坦决定时，麦克雪利已说服穆勒迪在六月下旬辞职，并赴罗马向高层解释。穆勒迪在收到鲁坦来信当天辞职，麦克雪利代理省长，后在病危之际当选省长。与鲁坦在罗马见面后，穆勒迪受命到撒丁－皮埃蒙特王国尼斯向男童教授英语，[57][58]相当于对他售卖奴隶施以流放惩罚[59]。穆勒迪这段时间向鲁坦写信，表示他备感孤独，而且已为世界遗忘[18]。

穆勒迪染上酒瘾，后来禁欲一年戒酒[50]。销售奴隶的争议退烧，马里兰省在1841年冬至1842年春呈请鲁坦准许穆勒迪回国[18]。埃克斯顿的意见最后打动鲁坦，把穆勒迪派到波士顿总教区，无需前往丑闻环绕的马里兰省[60]。

穆勒迪曾任圣约翰文学院（1890年绘）校长

1847年，马里兰省耶稣会大会推举穆勒迪担任庶务员，此前他与莱德等耶稣会同僚发生激烈冲突。比利时耶稣会士彼得·韦尔哈根（）致信鲁坦谴责穆勒迪“专横跋扈”，对他人充满敌意，有违博爱精神。[66]新任省级会长伊格纳修斯·布罗卡德（）把穆勒迪调到費城继续担任庶务员[18]，后在1850年派他到马里兰州弗雷德里克接替查尔斯·斯通斯崔特（）担任圣约翰文学院校长，同时兼任圣约翰福音教堂牧师[6]。穆勒迪主张取消拉丁语授课，只讲授英语课程，以免学生改投英语授课的新教学校[68]。他任职期间对纪律要求非常严格，引起老学生集体罢课，结果大部分被他开除[69]，本是地区院校的圣约翰文学院从此只有弗雷德里克市学子求学，学校一蹶不振[70]。穆勒迪任期结束后由布尔加德·维利格（）继任[6]，他随后前往弗吉尼亚州亚历山德里亚短暂传教[71]。

1854年秋，穆勒迪再度前往圣十字学院担任学习和精神教长直到1857年[23]。他拒绝用古希臘語和拉丁语授课，理由是年势已长，对两种语言已经生疏。他更加热衷布道，把讲演编撰成文。[72]一无所知运动在美国各地兴起，并在1854年控制马萨诸塞州议会后成立联合特别委员会，调查天主教机构。同年七月，江湖传言声称圣十字学院是未来天主教革命的军火库，联合特别委员会第二年三月来校调查，穆勒迪陪同他们现场核查，委员会在确定传言不实后离开。[73]

1857年，穆勒迪回到哥伦比亚特区，在乔治城担任圣三一教堂牧师直到1858年[74]。此后他又在费城停留两年，在圣约瑟夫学院短暂担任院长[18]。1860年7月20日，穆勒迪在乔治城学院死于水肿[16][注 4]，遗骨葬在该校耶稣会社区公墓[75]。