梵蒂岡宗座檔案館

在基督教會創立的最初幾個世紀，因文件數量不多，通常會由教宗攜帶，並無特定存放位置，導致當時絕大多數的文獻都已遺失。在往後的幾個世紀，隨著教會的權勢日增，教宗有與各國統治者會面或政治亮相的需要而遊走歐洲，故在各地擁有宅邸。當他們外交訪問或其它事務時，會隨身攜帶一些文件以便處理行政工作，也導致了部分文獻的丟失。[9]

而最初開始放置這些文獻的地方是位於羅馬的拉特朗宮，後來則存放在各任教宗的住所。[9]直至11世紀，眾多的文件才被分配至至少三個地點存放，分別是拉特朗宮、聖伯多祿大殿和弗拉維安宮，但在11至13世紀間，遺失了很大一部份的文獻，有一部份說法是因教廷曾經從羅馬遷至法國亞維儂，且前後共有七位教宗在亞維儂教廷生活，期間在搬遷檔案文件耗費約20年，導致文件分散各地。[10]

1378年天主教會大分裂（亞維儂分裂）後，對立教宗和教宗各自保存自身的檔案及文獻。[10]

若瑟·赫根羅瑟樞機

1612年，教宗保祿五世下令將所有檔案集中在他於1610年建造的建築物中，最初的檔案館正式成立。[10][11][5]

1791年，教宗國在法國境內的領土（包括沃克呂茲省和亞維儂）被法蘭西王國吞併。1798年，拿破崙統治的法蘭西第一共和國入侵羅馬，並攻佔教宗國。且直至1814年間，法國還企圖將檔案館的資料轉移至巴黎，最終在1817年，法國將奪走的檔案重新歸還至羅馬教廷，但因眾多檔案的運輸費用龐大，使教廷人員決定丟棄一些被認為是無用的文件，也有一部分的文件在運送過程中遺失，造成最終沒有將所有檔案存放回檔案館。[12][13]

1855年，檔案管理員奧古斯丁·因納開始抄錄和出版檔案館中的資料，並在1870年公開了當初天文學家伽利略·伽利萊因日心說而在羅馬遭審判的審判書抄本，引起當時天主教會的關注。[3]

1870年9月10日，在義大利王國向教宗國宣戰後，於20日攻入羅馬城，教宗國實質上滅亡，當時教廷下令不允許任何人進入檔案館。直到1881年，教宗良十三世才開始開放一些研究人員進入檔案館研究部分文獻。[4]良十三世教宗也對檔案館的開放貢獻良多，他於1879年任命若瑟·赫根羅瑟樞機為檔案管理員，赫根羅瑟就任後，他寫了一份備忘錄建議開放歷史學家檢閱檔案館中更多珍貴的文獻，但羅馬教會擔心信奉新教的研究人員以研究之名試圖挖掘或傳播教會過去的歷史，導致教會對訪問檔案館設下諸多限制。赫根羅瑟想要改變這一點，最終他促使良十三世教宗同意興建一間研究專用的閱覽室，並於1881年1月1日開放，這是檔案館首次開放給非教會人員。[13][14]

1884年，在教宗良十三世與德國學術團體Görres協會的一次談話中發表了他的觀點，他認為歷史可以對教會有利，而不是有害。[6]

2012年2月至9月期間，為慶祝檔案館成立400周年，義大利的卡比托利歐博物館舉辦「梵蒂岡秘密檔案館特展」，展出了最早可追溯至8世紀的約100份文獻，其中包括1521年馬丁路德被教會開除的教宗詔書、1587年被處決的蘇格蘭女王瑪麗一世的一封信等珍貴文件。[6]

2019年3月2日，教宗方濟各宣布將於2020年3月公布教宗庇護十二世在第二次世界大戰期間對猶太大屠殺的爭議性文件，使已持續近半世紀猜測和懷疑獲得解答。[15][16][17]

2019年10月，教宗方濟各頒布《歷史的經驗》（Esperienza storica）手諭，宣布在與一些主教及聖職人員討論後，決定將梵蒂岡秘密檔案館更名為「梵蒂岡宗座檔案館」（Archivio Apostolico Vaticano）。[8][18]

2017年，義大利的羅馬第三大學和梵蒂岡宗座檔案館合作，開發一種人工智慧和光學字元辨識的軟體In Codice Ratio。[33]以用來協助辨識因上古世紀的拉丁文寫作風格與現代不同而造成無法區分個別字符的問題。[34]In Codice Ratio的開發團隊試圖開發一種可解析此種筆跡的軟體，最終In Codice Ratio在解析這類筆跡的準確率達到了96％。[35][32]