沈应奎（?—?），字伯和，号湛源，南直隶常州府武进县人。
万历十三年（1585年）乙酉举人，授昆山县教谕，县令王时熙雅重之。历裕州知州，被召为刑部主事。遷升汀州知府，终官南京光禄少卿。其妻是“丹阳大侠”邵芳之女。