港珠澳大橋香港連接路

2010年1月[15]，東涌一名老婦取得法律援助後向香港高等法院提出司法覆核，挑戰港珠澳大橋香港段的環境影響評估報告。2011年4月18日，香港高等法院判決香港環境保護署署長敗訴，指環評報告未有比較大橋興建前後空氣污染程度的變化，違反《環境影響評估條例》的要求及其立法宗旨，決定撤銷對工程批出的環境許可證。[16]港珠澳大橋香港段工程被迫延遲動工。

2011年9月27日，香港高等法院上訴庭判決環境保護署署長上訴得直。香港政府表示由於司法覆核及上訴期間的工程價格上升及要改變施工方法以趕上原定完工日期，預計香港段工程費用將增加約65億港元。[17]另外，提出司法覆核的東涌老婦在接受香港傳媒訪問時，表示她本來無意打官司，是其他人叫她打官司，她說不知道會牽連到那麼多人失掉工作，心裡感到很不安樂，但又強調自己並非「扯線公仔」給人利用。[18][19]香港公民党的余若薇則在专栏撰文反驳，港珠澳大桥工程延误並非因为司法复核，因为法庭根本沒有向政府颁发工程禁制令，而且在政府首次败诉亦早有报导指出港珠澳大桥工程延误是由於「工程须与內地协调，以及需要就大屿山以北的大小磨刀进行额外的海岸公园初步研究」。[20]而政府在2011年2月提交立法会的文件亦指出，大桥施工前工作延误15个月的原因是「內地顾问需要较长时间对物理模型做出调整」，而大桥香港口岸‭ –‭ 详细‬设计及工地勘测工作延误5個月，則是因为「需要額外时间进行香港口岸国际概念设计比赛，然后再就上盖建筑进行详细设计」，均与司法复核無关。[21]

港珠澳大橋香港連接路採用右上左落的安排，與內地行車方向一致，而香港和澳門均採用左上右落，有議員質疑為何香港為港珠澳大橋「作出這麼大遷就」。運輸及房屋局副秘書長（運輸）羅翠薇表示，大橋與香港連接路的交接點是一段時速一百公里的快速公路，用「右上左落」的行車安排是最恰當，且能有效及順暢達到轉線安排，同時保障駕駛者及乘客安全[22]。

2017年5月，香港廉政公署早前收到大桥工程涉及造假的举报，经初步调查后，懷疑有人涉嫌为大桥香港段工程进行水泥物料测试时伪造化验报告。5月23日發新聞稿表示，5月16日展開代號名為「綠田園」拘捕行動，拘捕21名土木工程拓展署涉事承判商人員，涉嫌貪污並向土木工程拓展署呈交虛假混凝土壓力測試報告，騙過當局[23]。5月25日，港府發展局、運輸及房屋局、土木工程拓展署、路政署跨部門交代事件，懷疑有人未在規定時限內測試混凝土，事後調整測試器材的時間，不過認為這對測試結果影響不大，對混凝土質量沒有實質影響[24]。

2017年6月5日，香港路政署署長鍾錦華表示，上周收到土木工程拓展署懷疑作假的測試報告，在210個可疑測試報告中，有159個涉及結構位置，位置散佈在橋樑、隧道、地底或水底下的樁柱等。路政署已就當中13個結構位置進行「打石屎槍」測試作比對，全部結果達標[25]。