本傑明·林肯

1775年4月，北美英軍總司令湯馬士·蓋奇派兵徵收麻省殖民者的火藥武器時，與民兵擦槍走火，引發列星頓和康科德戰役，美國獨立戰爭因此爆發。[6]自波士頓之圍開始，林肯便以麻省自治議會上議員身份，不斷為各地趕來的民兵籌措物資武器，也開始徵用艦艇負責海上私掠。他在1776年1月獲麻省議會下議院任命為民兵少將。[7]

1776年秋季，喬治·華盛頓的大陸軍在紐約及新澤西戰役中接連受挫。林肯在9月率領麻省緊急編組的臨時民兵，前往紐約州增援。他的部隊在白原戰役中擔任後備，沒有參與戰事。林肯後來率軍到羅德島州及上紐約州戒備，錯過了新澤西州的戰事。[8]他在1777年初才率領民兵抵達新澤西州摩利斯鎮營地，正式加入大陸軍。大陸議會在2月14日直接任命林肯為大陸軍少將。[9]

林肯的軍事能力很快便受到考驗。他在邦德溪戰役中遭到英軍突襲，幾乎被俘。由於林肯此前沒有任何實戰經驗，令到約翰·亞當斯等議會領袖對他的任命抱有質疑。不過華盛頓及彌敦內爾·格連等高級將軍卻一致為林肯辯護，重申林肯有實際才華。1777年7月，約翰·伯戈因率領英軍由加拿大南下進攻提康德羅加堡。當時提康德羅加堡的守將阿瑟·聖克萊及北軍指揮官菲力·斯凱勒礙於兵力懸殊，而選擇棄堡撤退。兩人雖然在戰略上令到伯戈因飽受拖延，但新英格蘭地區卻對提康德羅加堡不戰而退極為憤怒，部分新英格蘭民兵更拒絕聽命兩人。華盛頓隨即派林肯到紐約，指揮及安撫新英格蘭地區的民兵，而議會最終改為任命霍雷肖·蓋茨接掌北軍。[10]

林肯在8月初趕抵上紐約州。起初，林肯按照斯凱勒的命令，到哈德遜河以東、新罕布什爾贈地一帶重編民兵，打算吸引並分散伯戈因的南進部隊。由於伯戈因的推進受到阻礙，斯凱勒一度下令林肯回防哈德遜河西岸，但林肯卻另有考慮。事緣約翰·史塔克剛好率領新罕布什爾州的民兵抵達新罕布什爾贈地。雖然史塔克於年前不獲大陸軍晉陞，憤而退出軍隊，並且拒絕聽命於所有大陸軍組織，但林肯卻成功遊說史塔克配合大陸軍部署。林肯在8月中旬趕回薩拉托加縣靜水鎮，說服斯凱勒保留原定計劃，而史塔克不久就在班寧頓戰役重創英軍搜掠部隊，令到伯戈因損失接近1,000人可作戰兵力。[11]

1777年8月18日，蓋茨就任北軍指揮官。林肯向蓋茨提議自己回到班寧頓組織民兵，由東面向英軍展開合圍，並獲得接納。林肯的部下不久進攻喬治湖的英軍要塞，更一度威脅提康德羅加堡。至於林肯本人則在9月22日率軍增援蓋茨，並參與10月7日的貝米斯高地（Bemis heights）戰事。他的部隊在戰事中部署在右翼，遠離左翼的激戰。戰後林肯率軍前往攻佔愛德華堡，卻在晚上遭英軍哨兵攻擊，右腿受到重傷，而要回到奧爾巴尼休養。蓋茨及紐約州州長喬治·克林頓都向大陸議會表揚林肯的貢獻，而伯戈因最終在10月17日向蓋茨投降。[12]

1781年查理斯·康沃利斯的英軍在約克鎮圍城戰役向美法聯軍投降。當時康沃利斯只派出副官查理斯·奧哈拉向華盛頓交出佩劍，故此華盛頓按照軍階而拒絕接收，指示奧哈拉向自己的副官林肯交出佩劍。

林肯要到1778年8月才回復健康，重新加入華盛頓麾下。他在10月被大陸議會任命為南軍總司令，接替與南卡羅萊納州政府不和的羅拔·何奧。他在12月4日抵達查爾斯頓，即時要面對日益惡化的南方戰局。當時奧古斯丁·普雷沃斯特正率領英軍進攻喬治亞州；而英軍在阿奇博爾德·坎貝爾指揮下，更於12月31日攻佔薩凡納。[13]

林肯上任後成功調解南卡羅萊納州對大陸軍的敵意，並爭取羅林斯·朗茲州長向軍隊提供補給以及援軍。不過南卡羅萊納的民兵卻時常拒絕服從指令，使到林肯極為煩惱。林肯在戰略部署上也有所失當，使到普雷沃斯特成功率領主力離開喬治亞州，進而北上威脅查爾斯頓。另外，大陸議會對南方戰場欠缺關注，致使林肯的要求經常遭到忽略。最後，林肯的腿患因南方暑熱而再度惡化發炎。他在1779年4月一度向大陸議會辭職，但獲得威廉·摩爾特里及約翰·拉特利奇挽留。[14]同年9月，林肯與法國海軍上將德斯坦伯爵合作，展開薩凡納圍城戰，但美法兩軍欠缺協調，使到圍城戰最終失敗。[15]

踏入1780年，美國在南方的戰局進一步惡化。當時英國政府已經把戰略目標轉到南方，北美英軍總司令亨利·克林頓在1779年12月率領大軍登陸薩凡納，預備進攻查爾斯頓。當時克林頓的兵力有超過8,000人，但林肯手上只有不足3,000名士兵可供調動。他不斷要求大陸議會及南北卡羅萊納州提供民兵增援，更建議徵召黑人奴隸入伍，但這些訴求卻一一落空，部隊擴充速度非常緩慢。[16]最後，林肯沒有選擇棄守城池，保留軍隊實力，而是堅守查爾斯頓。結果，克林頓陸路及海路優勢下，在1780年3月展開查爾斯頓圍城戰，並在5月迫使林肯率領超過5,000人向英軍投降。這也是大陸軍自獨立戰爭以來損失最為嚴重的一場敗仗。[17]

林肯在被俘後不久獲得假釋，回到費城覆命，並要求大陸議會召開聽證會審訊。雖然林肯獲得斯凱勒、蓋茨以及一眾卡萊羅納議員支持，但該聽證會從未召開。[18]林肯其後回到家鄉休養，並在1780年11月獲得戰俘交換（對象為英軍砲兵軍官威廉·菲臘斯），然後留在麻省徵召民兵。這段時間，林肯曾率兵協助羅尚博伯爵防守羅德島州紐波特。[18]

1781年6月，華盛頓、羅尚博及德格拉斯伯爵達成共識，決定發動約克鎮圍城戰役，包圍查理斯·康沃利斯的南方英軍。林肯被華盛頓選擇為陸軍副官，一同急行軍南下作戰，並在圍城戰中指揮右翼軍隊。康沃利斯最終決定投降，但他以身體抱恙為由，沒有出席10月19日的投降儀式，只派副官查理斯·奧哈拉向華盛頓交出佩劍；華盛頓得悉奧哈拉的身份後，指示奧哈拉向自己的副官林肯投降。這場戰役後，英軍逐步停止在北美的軍事行動，尋求與美國談判停火。[19]

約克鎮圍城戰役後不足一個月，林肯便進入美國政府，出任第一任美國戰爭部長。事緣大陸議會在1781年3月通過《邦聯條例》，更名為邦聯議會 (美國)，並設置戰爭部長一職統籌軍事行政，以取代原有的議會戰爭委員會（Board of War）。不過，議會卻因地方派系衝突，一直拖延到10月才有決定。按照當時的共識，戰爭部長須由新英格蘭將軍出任。林肯起初在名單上排於格連及亨利·諾克斯兩人之後，但他卻能夠為各方接納，又有處理文人政府與軍隊矛盾的經驗。這促使議會在10月30日投票選出林肯為戰爭部長。[20]

林肯在1781年底上任，隨即要處理多個棘手問題。他要從頭建立整個軍事行政部門，處理自春季以來邦聯議會積壓的所有軍事政務。這些政務包括軍隊補給、軍官陞遷、戰俘交換、以及徵召遣散士兵的各種開銷。身為戰爭部長，林肯亦要向議會報告軍隊的各項數據統計，製作軍事預算，擔任議會的軍事顧問，並執行議會所有的軍事決議法令。[21]

由於戰爭仍未結束，林肯在任初期集中精力維持大陸軍部隊兵源，避免軍隊因服役期滿及拖欠薪金而解散。他與美國財務總監羅拔·莫里斯及副總監古弗尼爾·莫里斯緊密合作，卻難免因職責不同而時有衝突。由於議會信用早已破產，又沒有徵稅權力，莫里斯等人只能四出籌集資金，更經常要動用私人財產；但當莫里斯縮減軍事開支時，卻令到林肯及華盛頓等將軍難以維持軍隊。當英國在8月正式與美國展開和談時，議會連軍隊的基本補給也逐漸不能提供。[22]

隨著英美停戰在望，大量軍官及士兵因欠薪及支取半薪問題，而瀕臨叛變邊緣。林肯多次與華盛頓到紐約安撫軍隊，華盛頓本人更在1783年3月勉強平息了紐堡陰謀，然而美國的財政危機仍未解決。羅拔·莫里斯主張優先恢復議會借貸信用，但林肯卻主張由各州自行向本州軍隊付款。莫里斯指責林肯危害議會權威，而林肯則反駁莫里斯漠視軍隊叛變危機。[23]後來林肯開始籌備戰後減員，並決定在戰爭結束後辭職返鄉。當賓夕法尼亞州民兵恐怕議會拖欠薪金、而在6月包圍費城議會廳時，林肯正在維珍尼亞州執行公務。邦聯議會恐怕再遭民兵威脅，而轉到普林斯頓開會。10月29日，林肯向邦聯議會辭職，並獲得接納。他在同年獲選為辛辛那提會的麻省分會主席。[24]