福建行都指挥使司，明朝五个行都指挥使司之一。
洪武四年（1371年）正月在建宁府置建宁都卫。 洪武八年（1375年）十月改为福建行都指挥使司。东南距福建承宣布政使司驻地福州府五百二十五里，属于前军都督府。