蘭菌根

形成蘭菌根的真菌多屬擔子菌門，包括角擔菌屬、蠟殼耳屬、胶膜菌属與紅菇屬等屬，但也有屬於子囊菌門者。這些真菌多為腐生真菌或寄生真菌，但也有可以同時與其他行光合作用的綠色植物形成外菌根的物種，即包含蘭科植物、真菌與綠色植物三者的交互作用，真菌從綠色植物取得有機物後，蘭花再藉由蘭菌根取得之[2]。

有研究認為壽命較長的蘭科植物傾向與在群落中較占優勢的真菌形成蘭菌根，此關係可能對種子萌發較不利，但對成株植物較為有利，反之對壽命較短的蘭科植物而言，種子萌發的成功率相對重要許多，因此它們較常與較弱勢的真菌共生，以確保種子成功萌發[2][4]。

長苞頭蕊蘭

產於喜馬拉雅山區的掌裂兰

蘭菌根中，不同種蘭花與真菌的專一性有所不同，有些相當專一，有些則可與多種真菌形成蘭菌根[24]，但造成特異性的分子機制仍不明朗。蘭花蘭菌根中真菌種類的研究對蘭花的栽培、保育很有幫助，特別是對於瀕臨絕種的蘭花種類，或香莢蘭等有商業價值的物種[25]。不過這些研究的難度很高，其中一個難點是難以分離樣本中的形成菌根的真菌，與土壤中自由生長的真菌，在分子技術興起之後這項阻礙依然存在[26]，而某些真菌類群中，用以辨認物種的rDNA序列演化相當快速，更加劇了辨認的難度[27]。形成蘭菌根的真菌種類也受蘭花生長環境影響[28]，一項研究分析留尼旺島上的蘭科植物與共生真菌的類群，發現地生蘭（生長在土壤中者）常與膠膜菌科的真菌形成蘭菌根，而附生蘭（附生於其他植物者）則較常與絲核菌屬的真菌形成菌根，另外附生蘭與真菌的專一性較地生蘭為高，這可能是因為它們生長的環境常缺乏水分與無機鹽，使蘭菌根的重要性相對增加，形成較大的選汰壓力，且附生蘭通常仍有行光合作用的能力，使整體共生關係更偏向互利共生，即真菌提供植物水分與無機鹽，植物也提供真菌有機養分，因此其蘭菌根在演化上較為保守，植物與真菌的共演化程度也較高[24]。

一種稱為原地共生萌發（seed-baiting）的技術可用於研究形成蘭菌根的真菌種類，有助解決難以區分菌根菌與土壤中其他真菌的困擾。研究人員將蘭花的種子放入小袋中，再置於其正常生長的土壤裡，待種子萌發後便可從萌發的原球體或幼苗中分離出真菌，進而以DNA定序判定共生真菌的種類[29]。分離出這些真菌後還可進一步將它們加入蘭花種子的培養基，再藉由觀察它們是否有助於種子的萌發，判定該種真菌能不能與該種蘭花形成蘭菌根[30][10][31]。某些真菌可能可以促進某些蘭科植物種子的萌發，但對另一些蘭科植物種子有抑制的效果[30]。

一般來說兼性菌異營的蘭科植物（即不完全依賴真菌提供有機養分者）可以與許多種真菌形成蘭菌根，例如長苞頭蕊蘭可以與紅菇科、口蘑科、蠟殼耳科與革菌科等多種真菌形成蘭菌根[32]。絕對菌異營的植物如對共生真菌的專一性則較高，如斑點珊瑚蘭與紅菇科真菌有很密切的關係[33]，產於智利的兩種蘭科植物Chloraea collicensis與Chloraea gavilu關鍵的共生真菌均只有絲核菌屬的種類[34]。能與許多種真菌形成蘭菌根的蘭花種類，其共生真菌通常也是能與多種蘭花形成蘭菌根者，這些蘭花也可能同時與多種真菌形成蘭菌根[27]。

不同種蘭花間也可能因爭奪形成蘭菌根的共生真菌而產生競爭。有研究發現兩種同域的珊瑚蘭屬真菌藉由寄生不同基因型的真菌來避免競爭[2]。

了解蘭菌根中蘭科植物與真菌間的特異性，對瀕危蘭花的保育與復育相當重要[25]，印度已有科學家成功從瀕臨絕種的掌裂兰成株蘭菌根中分離共生的角擔菌屬真菌，再加入種子的培養基上以助於其萌發，長成全株後成功移植回野外以達成復育的目標[35]。