農業部水產試驗所東部漁業生物研究中心

1970年代臺灣省政府為加速開發臺灣東部海洋漁業資源，因此在1974年9月5日指示轄下的臺灣省水產試驗所於臺東縣成功鎮成立新港工作站[2]，隔年8月1日奉准將工作站升格為臺灣省水產試驗所臺東分所，並以東部海洋漁業開發，及龍蝦、九孔養殖等項目為研究主軸。1980年獲得預算新造53.6噸級的海洋試驗船「海農號」一艘，該海試船總輸出馬力達440HP[3]。

1998年水產試驗所完成水產生物種原庫規劃報告書，預計將於彰化縣鹿港鎮設置國家水產生物種原庫主庫，並於臺南、屏東縣東港、澎湖，及臺東等地設置支庫，爾後經計畫修訂，主庫改至東港、並刪減臺南支庫計畫，臺東支庫完成後預計將交由水試所臺東分所管理營運。1999年因應精省，臺灣省政府虛級化，原隸屬於省政府轄下的水產試驗所移撥行政院農業委員會，故水試所臺東分所一併移撥之[2]。

2001年12月成立附設「水族生態展示館」[2]，2002年2月正式對外營運，總投資金額達新臺幣3億元，同年水試所臺東分所正式改名為「行政院農業委員會水產試驗所東部海洋生物研究中心」[2]，2005年東部中心將展示館委外經營[4]。

2008年8月5日，承攬展示館的德河貿易公司因不堪虧損，經歷仲裁後於同年10月31日結束營運搬離展示館[5]，2009年5月15日展示館改為公辦公營方式重新營運，並更名為小丑魚主題館至今。

2009年4月1日國家水產生物種原庫臺東支庫正式動工，基地位置擇定於臺東市知本溪出海口左岸，總投資金額為8億5,000萬元，並預定於2011年2月竣工啟用[6]，臺東支庫與其他各地種原支庫不同的是，臺東支庫抽取深達628公尺的深層海水做為水產物種保存之水源[7]，並且利用深層海水菌數少、富含營養鹽份、微量元素等特性培養水產物種。受限工程延宕[8]，臺東支庫遲至2012年啟用，並正式命名為東部海洋生物研究中心水產生物種原庫[9]。

2022年6月30日水產試驗所於印尼巴丹島 PT United Sindo Perkasa 造船廠舉行2艘100噸新漁業試驗船安放龍骨典禮，兩艘船完工後預計將分別配屬於澎湖海洋生物研究中心，以取代海安號海試船，以及另一艘配屬東部海洋生物研究中心作為該中心新試驗船[10]。

2023年8月1日起隨農委會升格為農業部，更名為「農業部水產試驗所東部漁業生物研究中心」。