迈克尔·弗朗西斯·伊根

费城圣玛利亚天主教堂（图）是伊根担任主教期间的临时主教座堂

美国的天主教徒逐渐增多，卡罗尔主教相当一段时间以来都希望庞大的美国教区细分，划成更易于管理的地方教区[18]。1808年4月8日，庇護七世教皇批准卡罗尔的申请，在美国新设四个主教座，巴尔的摩升为大主教区。费城总教区便是新主教座，包含宾夕法尼亚州、特拉华州，新泽西州西部和南部。[18]卡罗尔在教皇批准前就决定推荐伊根出任费城大主教，致信罗马时称伊根“虔诚、博学、非常谦逊，不足之处在于可能不够坚定，在指导事务方面经验还不太丰富”[19]。

受拿破崙戰爭影响，提名伊根的教宗诏书1810年才送到美国[6]。伊根前往巴尔的摩圣彼得使徒教堂，卡罗尔在本尼迪克特·约瑟夫·法吉特和让·路易斯·德切韦罗斯协助下将他晋铎主教，其中法吉特与德切韦罗斯已经取得主教资格但尚未祝圣[注 1][2]。伊根选择圣玛利亚教堂充当临时主教座堂[1]，费城教众在他晋铎前就开始筹资扩建教堂，满足新教区主教座堂规格需要[20]。各新主教晋铎后计划不久成立美国教会领导委员会，但直到1829年才首度会晤，伊根已辞世十余年[14]。

美国天主教会长期因理事负责制陷入争端，伊根晋升主教导致情况恶化。欧洲天主教会拥有财产，通过神职人员直接控制教区。美国早期天主教会大多源自平信徒购买地产、建起教堂，进而要求介入教区管理，伊根等来自欧洲的神职人员依然对教区组织抱持传统观念，他们来到美国后自然就与平信徒理事发生冲突。[21]双方争端还有民族因素，日耳曼民族占绝对多数的圣三一教区希望由同胞领头，对分配的爱尔兰主教充满厌憎[22]。1811年圣三一教区主教前往马里兰州接受新任命，伊根临时任命爱尔兰祭司帕特里克·肯尼负责，直到找到德国祭司时止，对此教堂理事颇为不满。德裔祭司弗朗西斯·罗洛夫次年上任。[23][24]

伊根经研究发现，教堂理事已把圣玛利亚教堂转交上任主教罗伯特·哈定，后又转给哈定的继承人。但他们却没想到，财产转让后他们就会失去教会领导地位[25]。伊根的身体健康恶化，1811年已不得不依靠圣玛利亚教堂祭司詹姆斯·哈罗德与威廉·文森特·哈罗德叔侄协助[25]。伊根与教堂理事接下来又卷入神职人员薪金纠纷，估计1812年战争爆发致使费城船运收入锐减，很可能导致局面恶化[26]。伊根认为哈罗德叔侄表现的立场比他还偏向神职人员，教堂理事更难接受，导致局势更加紧张，而且小哈罗德为当上伊根的助理主教故意采取如此立场[27]。伊根呼吁理事妥协，表示愿意把表弟（也是祭司）从爱尔兰调来取代老哈罗德[27]。1813年伊根与理事已经和解，哈罗德叔侄同意这年辞职并调往英格兰[28]。

主教与教堂理事的主要争端已经解决，但薪酬问题拖到1813年[29]。1814年新当选的教堂理事与伊根更不对付，圣玛利亚教堂局势再度恶化[30]。1811年，伊根对教区各地开展担任主教期间最全面的视察，途经兰开斯特和科内瓦戈，向西最远抵达匹兹堡[31]。他继续为孤儿院筹集资金，1813年在新泽西州特伦顿新建圣心教堂，费城总教区的教堂总数升至16[24][32]。

伊根的健康逐渐恶化，于1814年7月22日与世长辞[33]。19世纪编年史学家认为“伊根主教很可能死于心脏病”[33]，现代传记作家认为他的症状更像结核病[1][12]。伊根葬在圣玛利亚教堂墓地[34]。半个多世纪后，聖伯多祿聖保祿聖殿主教座堂1869年在洛根圓環落成，他与继任费城大主教亨利·康威尔的遗骸一起迁入主教座堂地下室[35]。