透明骨骼標本

首先，使用醛類固定劑如福馬林固定樣品的蛋白質，以在蛋白質分子和蛋白質分子之間形成交叉鏈接。固定後自福馬林溶液取出，以流動水源將福馬林溶液洗淨。

接下來，用亞里西安藍染色軟骨結構。[3]亞里西安藍具有酸性多醣的結構，使其易和硫酸軟骨素中的硫酸基結合的藍色染料。硫酸軟骨素是軟骨中常含的一種黏多醣（醣胺聚醣）。所以，軟骨部分被染成藍色。然而，由於黏多醣（醣胺聚醣）不一定僅位於軟骨，因此一些標本可能看起來是非特異性染色。

例如，如果由於骨骼的鈣質過度流失而導致磷酸鈣（磷灰石）的損失，則需要花費很長時間才能讓軟骨染色溶液染色較為明顯，而後者提到的骨染色失敗，則是骨骼外基質的黏多醣（醣胺聚醣）占主要部分，使得用亞里西安藍染色時，整個骨架就像是軟骨一樣被染成藍色。

接下來，用茜素染色骨頭。茜素是紫色顏料[4]，但與金屬離子結合形成紅色[5]。磷酸鈣（磷灰石）晶體沉積在骨骼上，這些晶體中的鈣離子和茜素結合在一起，使得骨頭被染成紅色。就像亞里西安藍一樣，茜素與金屬離子結合，因此儘管只是骨骼骨骼系統的一部分的魚鱗，仍會因為鈣沉積被染成紅色。

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  使用紅茜素染色以用於研究大鼠胚胎骨
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  被茜素染色的幼年雄雞魚（Nematistius pectoralis）由螢光燈照射。 [6]
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  Johannes Vermeer, Christ in the House of Martha and Mary, 1654-56. 瑪麗的紅色上衣使用的是茜素或紫紅素
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  茜素的顏色

標本在鹼性水溶液：氫氧化鈉、氫氧化鉀或者是使用蛋白酶的水溶液的情況下，他們會水解蛋白質的肽鍵。

在蛋白質分子和蛋白質分子之間，由於側鏈氨基已經和福馬林形成交叉鏈接，因此保留了分子間交叉鏈接的結構，並且組織變得適度地微弱而留下外形。最後，當用甘油置換該樣品中的水時，軟組織幾乎呈現完全透明，並且可以從外部輕易地觀察到被染成紅色的骨骼和被染成藍色的軟骨。

在此方法中，難以處理含有較為發達的脂肪層的動物，但是可以透過二甲苯來達成脫脂作用。

此外，對七鰓鰻用亞里西安藍染色通常是不成功的，因其含有較多的脂肪量。