陳吉仲

2015年10月1日，台灣被歐盟列入打擊非法、未報告、不受規範（IUU）漁業不合作國家警告（黃牌）名單[21]，在陸續完成修訂漁業三法、建立監控機制、漁獲可追溯、國際合作的目標後[22]，陳吉仲宣布歐盟於2019年6月29日解除黃牌[23][24]。2020年1月，歐盟到台灣視察時認定政府執法密度有下降跡象，要求持續嚴格執法以免再次列入黃牌甚至紅牌制裁[25]。

2020年9月30日，美國勞動部將台灣遠洋漁業的漁獲列入《童工及強迫勞動製品清單》[26]，2021年7月1日美國國務院在《人口販運問題報告》中點名「台灣應積極調查在遠洋漁業中，涉嫌勞力剝削的台灣權宜船或台灣籍漁船」[27]，陳吉仲表示會提出相應改善措施力拼2022年除名[28]，然而台灣遠洋漁業漁獲依舊被列入2022年9月30日公布的清單。[29][30]

2020年6月17日，陳吉仲表示，世界動物衛生組織宣布台灣脫離口蹄疫區，行政院農業委員會將繼續幫助養豬產業再升級。[31][32]他並表示，這一切來自24年來自各防疫機關、學術界及全國豬農的配合才得以完成，他在記者會上並特別感謝2018年過世的全國首席獸醫官、防檢局前副局長施泰華[33]，語帶哽咽[34]，讚譽施泰華臨終之前仍在為抵禦非洲豬瘟而奮戰。[35][36]

2020年9月，陳吉仲為中央開放進口豬肉的瘦肉精含量和30月齡以上的美國牛肉進口背書[37]，除了將萊克多巴胺比喻為民眾食用的保健品[38]，並表示「反對萊豬就是反對美豬，通過反萊豬公投後無法加入CPTPP」[39]。然而被新聞媒體揭露陳吉仲於2003年時對馬英九政府開放美國瘦肉精豬肉採強烈反對立場，質疑立場反覆。[40][41][42]

2021年，海巡人員於台南安平外海攔截來自中國大陸的154隻走私名貴貓種[43]，並由動植物防疫檢疫局高雄分局於隔日（8月20日）旋即將這批走私貓安樂死[44]。除了執行過程的快速，由於該日正好也是國際流浪動物日，因此蔡英文總統的臉書專頁也被頻繁留言，甚至於深夜回應大眾[45]。為此，陳吉仲表示他是負責國內所有動植物防疫工作的指揮官，由他承擔此事任何批評和譴責[46]。

2023年9月，國民黨立委王鴻薇質疑農業部從巴西進口的蛋，保鮮期只有120天，5月30日裝船，有效期標10月5日[47]。另外，外界也質疑進口時間是否巴西6月宣布禽流感爆發時間重疊。針對有關事件，農業部表示是台農標示錯誤，實際上是9月24日，而台農蛋品老闆表示洗選包裝標示是依過去國內洗選蛋流程，官方對進口蛋標示沒有明文規定[48]。其後陳吉仲於9月19日到民進黨立法院黨團接受有關進口雞蛋問題的質詢[49]。同日晚間，陳吉仲向行政院長陳建仁請辭獲准，於21日生效，由農業部次長陳駿季暫代部長[50]。