馮雲起（？—？），字君含，南直隶苏州府長洲縣民籍，昆山县人。明末政治人物。
天啓四年（1624年）甲子科应天乡试举人，天啓五年（1625年）联捷乙丑科進士，授鄞县知县，崇祯末年任湖广佥事、分巡下湖南道（驻长沙府），官至湖广按察司副使[1]。