黄花岗站

本站共有四層，地面设有兩個站廳，附近是先烈東路、科苑東路、雲鶴北街，中国科学院广州分院及其它建築；地下一、二層為設備區；地下三層為6號綫月台。

地面	北站厅	售票機、客服中心、安检设施、文化艺术墙
	南站厅	售票機、客服中心、警务室、安检设施
地下一层	缓冲平台 （南、北站廳）	来往站厅和月台 车站设备区
地下二层	缓冲平台 （北站廳）	来往站厅和月台 车站设备区
	缓冲平台 （南站廳）	来往站厅和月台、卫生间 车站设备区
地下三层	2 站台	6号线 潯峰崗方向（下站：区庄）
	分离式站台
		中部通道连接两侧站台
	分离式站台
	1 站台	6号线 香雪方向（下站：沙河顶）

南站厅

车站柱面裝飾

1站台

由于车站选址在较为密集的住宅区范围，同时先烈中路交通繁忙，在车站建设同时，为不影响先烈中路的交通，黄花岗站共设有南北两个地面站厅，兩個站廳被先烈中路分隔，分別前往A、B出口，各地面站厅设有售票机以及客服中心。由于站厅以及地下一二层缓冲平台面积有限，车站无论是在收费区还是非收费区，均没有设置车站商店。

两个站厅的收费区范围内设有多组扶手电梯以及楼梯供乘客通过两层緩衝平台以前往地下三層的站台層。另外受车站设计的所限，本站無法设置直達站廳及站台的升降机，只能設置一台从北站廳直達地下二層緩衝平台的升降机，同时在地下二層緩衝平台至站台层的楼梯间设置了轮椅升降机，轮椅的残障人士使用上述升降机时需向车站工作人员求助。

本站的卫生间设于南站厅收费区的缓冲平台处。

本站為6號線首期六個文化站之一，在本站站廳層B出口設有以「浩氣長存」為主題的文化藝術牆，主要內容為黃花崗七十二烈士墓園，车站柱面裝飾亦為黃花崗七十二烈士墓園[1]。

本站設有一組同層的分離式月台，以島式月台的方式排列，月台之間以行人通道連接，位於先烈中路地底。

另外，本站北端設有一條存車線。當6號線東段發生故障時，往香雪列車會通過此渡線折返，以本站為臨時總站。

月台全景图（浔峰岗方向）

黄花岗站共设置了2个出入口，分别位于先烈中路两侧。

編號	设施	照片	出口指示	建議前往的目的地
南站廳
A			先烈中路	广州动物园、银翔路、云鹤北街、中科院广州分院、省科学院、广东省知识产权保护中心、黄花岗公交车站（东行）、动物园（先烈中路）公交总站
北站廳
B			先烈中路	科苑东路、科苑西路、太和岗路、黄花岗七十二烈士墓园、广东省地震局、黄花岗公交车站（西行）、动物园（先烈中路）公交总站
註︰ 設有 |  設有 |  設於同一層

2008年本站进行暗挖站台竖井施工

在1997年的《廣州市城市快速軌道交通線網規劃研究（最終報告）》中，當時的7號綫设有黄花岗站，後來於2003年方案中，7號綫易名为6号线，同样设有黄花岗站。

车站原本选址于先烈中路81号大院75号楼的南侧。75号楼建成于1983年，是改革开放以来广州市建设的第一栋高层住宅楼。有居民认为该楼抗震能力差，因此反对兴建车站，车站于2007年底被迫停工[3]。最后，车站站位东移134米，施工方法亦由明挖改为明暗挖结合[4]。2013年12月28日，本站隨6號線首期開通試運營而啟用[5]。

• 2013年12月29日，即本站啟用翌日，長湴方向月台（现1号月台）北端即因水管破裂而出現漏水，事件導致6號線長湴方向部分班次在本站不停站通過，影響達半小時[6]。