CTCF

CCCTC-结合因子（锌指蛋白）
	PDB rendering based on 1x6h.
有效结构
PDB	直系同源检索：PDBe, RCSB
PDB查询代码列表
	1X6H, 2CT1
标识
代号	CTCF
扩展标识	遗传学：604167 鼠基因：109447 同源基因：4786 GeneCards: CTCF Gene
基因本体论描述
分子功能	· sequence-specific DNA binding transcription factor activity; · transcription corepressor activity; · protein binding; · zinc ion binding; · chromatin insulator sequence binding; · sequence-specific DNA binding; · transcription regulatory region DNA binding;
细胞成分	· chromosome, centromeric region; · condensed chromosome; · nucleus; · nucleoplasm; · nucleolus;
生物过程	· regulation of gene expression by genetic imprinting; · transcription, DNA-dependent; · chromosome segregation; · maintenance of DNA methylation; · positive regulation of gene expression; · chromatin modification; · nucleosome positioning; · regulation of histone methylation; · regulation of histone acetylation; · regulation of gene expression, epigenetic; · regulation of molecular function, epigenetic; · negative regulation of transcription, DNA-dependent; · positive regulation of transcription, DNA-dependent; · regulation of centromeric sister chromatid cohesion;
	Sources: Amigo / QuickGO
RNA表达模式
	更多表达数据
直系同源体

转录阻抑物CTCF，也被称为11锌指蛋白或CCCTC结合因子，是由人类CTCF基因编码的转录因子[1][2]。CTCF参与多个细胞进程，包括转录调控、绝缘子活性调控、V(D)J重组、染色质结构调控等[3][4]。

发现

CTCF最早被认为在鸡体内抑制c-myc基因表达。CTCF蛋白和以CCCTC为核心序列的三个规则间隔重复蛋白相结合，故得名CCCTC结合因子[5]。

功能

CTCF的主要功能是调控染色质的3D结构[4]。CTCF和DNA双链结合形成染色质环，并把DNA锚定在细胞结构上（例如核纤层）[6]。此外，CTCF还能充当常染色质和异染色质的边界。

DNA的3D结构会影响基因的调控，因此CTCF的活性会影响基因表达。绝缘子能阻碍增强子和启动子的结合，而CTCF是绝缘子的主要活性部分[5]。

已观测到的活性

CTCF的结合有多种效应。目前尚不能确定下列功能是直接由CTCF导致。

转录调控

CTCF对于IGF2的抑制起重要作用。具体机制为CTCF和H19基因的基因铭印（ICR）区域、差异甲基化区域-1（DMR-1）和MAR3区域结合[7]。

绝缘子

CTCF能通过和目标区域结合以阻碍增强子和启动子的相互作用，从而降低增强子对某些功能域的调控能力[8]。除此之外，CTCF还能作为染色质“路障”，阻止异染色质的进一步形成。

染色质结构调控

CTCF往往以二聚体的形式存在，这会导致DNA形成环状结构。CTCF也经常在DNA和核纤层的结合处出现。使用ChIP-seq技术可以发现CTCF同黏连蛋白一起在基因组内广泛存在，并对染色质的高级结构起调节作用[9][10][11]。

RNA剪切调控

CTCF对mRNA剪切有调控作用[12]。

与DNA结合

CTCF和共有序列CCGCGNGGNGGCAG相结合。这条序列在其结构域中有11个锌指结构。CTCF和基因的结合被CpG的甲基化所影响[13][14]。

CTCF在19个细胞系中大约有55000个共同的DNA结合位点（共77811个独特位点）。CTCF能和不同的锌指结构结合，这让它的功能非常多样化。大约有30000个CTCF的位点功能已经被定义。在人类的不同细胞中大约有15000-40000个CTCF结合位点。除此之外，高分辨率的核小体比对现实CTCF的不同结合位点可能和核小体的定位有关[15][16][17][18]。

蛋白互作

CTCF可能和Y box结合蛋白1有相互作用[19]。黏连蛋白对CTCF形成的环状结构有稳定作用[20]。

参考

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