DNA微陣列

由美國史丹佛大學開發的cDNA 阵列的製作方法，將預先合成好的核酸探針佈放於玻片載體上。 優點：設計較長的探針長度可增加專一性。 缺點：晶片密度較光罩法低，並須有良好的保存設計。

這種方法又可分為點製法與印製法。

點製法是小規模生產或實驗室自製的低密度晶片，以機械手臂上帶有毛細作用的細微刻痕的鋼針，將核酸探針溶液點放於玻片或聚酯纖維膜上。成本低廉，適合探針數少或製造需求量不大的狀況。

印製法是從噴墨印表機的方式變化而來，用加熱氣泡的方式將核酸探針置於玻片上, 使用製作~3萬點的基因晶片；例如PhalanxJet。

原位合成（in situ synthesised），將核苷酸分子依序列利用不同方法控制化學反應, 一個一個接上去形成核酸序列, 快速生產精準(定位準確且位向均一)、超高密度 (100萬-200萬點)晶片. 合成法主要有二種, 一種為利用噴墨技術, 將核苷酸如墨水般, 噴入特定位置進行固相合成 (solid phase phosphoramidite chemistry), 另一種為使用電子晶片製作的光刻法（Photolithography），利用光罩控制反應光化學反應進行合成. 噴墨合成技術因合成時只需輸入座標與核酸序列, 不需前置成本, 所以應用彈性高, 主要合成探針長度為60-mer以上, 且因反應體積大更可合成至300-mer用於合成生物學用途. 光刻法由於製程、光罩成本、光照反應效率等因素，這種方法做出的探針長度約在25-mer以下,因探針短所以同一個基因需要多個探針對應，以避免誤判。噴墨合成技術使用廠商有 Agilent, 光刻法使用廠商主要有 Affymetrix、Roche NimbleGen (Nimblegen已於2013年停止生產晶片)等。

Illumina公司有其獨特的微珠陣列，將核酸探針製作於微小顆粒上，再將其佈放於特製玻片。

在96孔或384孔標準PCR盤或384孔微流體盤中，預先合成好即時PCR引子與探針，將檢體注入後以定量PCR方式進行反應與偵測分析。分析量比傳統晶片少，屬於低密度陣列，但兼具準確定量與定性；並且設備與技術門檻低，一般分子生物實驗室即可自行操作。 新的中密度qPCr array：OpenArray是Applied Biosystems（應用生命系統公司，隸屬於Life Technologies集團）產品，在玻片大小的疏水性基板中分為數十個矩陣區域；矩陣內為親水性表面的微孔，有一組預先合成好的引子與探針。現有的規格是每片玻片有12*4（48）個矩陣區域，每個區域為8*8（64）孔。預計2012年有新的12K晶片與專用機台上市。

DNA微陣列（DNA-microarray）:檢測樣本的genomic DNA，作為基因型別鑑定之檢測。

cDNA微陣列（cDNA-microarray）:或稱expression array，將樣本中的mRNA轉為cDNA後進行檢測，作為基因表現程度之檢測與比較。

miRNA微陣列（miRNA-microarray）:檢測miRNA相關的基因調控機制。

ChIP-chip :chromatin immunoprecipitation on chip

高通量核酸定序晶片：合併特殊PCR反應及微陣列偵測技術轉作為基因定序之用。

臨床檢測微管晶片：將低密度微陣列附於特製檢驗管底部，用以檢測特定病原或癌症指標的試劑組。

CGH晶片：染色體晶片（array Comparative Genomic Hybridization，aCGH或稱Chromosomal Microarray Analysis，CMA）

SNP晶片：可檢測基因多型性（Polymorphisms）。

基因甲基化晶片:檢測DNA被甲基化修飾程度。

電子定序晶片：結合奈米電機與電子學做為快速高通量核酸定序用的晶片。

微流體學（microfluidics）之臨床診斷用晶片。