Pfam

Pfam是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註[1][2][3]。

Pfam
内容
有機體全部
相關信息
研究中心WTSI
访问入口
数据格式Stockholm format
网站Pfam
下載地址Pfam ftp Pfam ftp
工具
其他
许可GNU宽通用公共许可证
可否列為書籤yes

特色

Pfam中所登錄的每一個蛋白質家族可以：

  • 查詢多重序列比對
  • 查看蛋白質主要結構
  • 檢視物種演化樹
  • 連結其他資料庫
  • 查看已知的蛋白質結構

Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理。

Pfam的最新版本是「Pfam 34.0」（2021年3月，共計19,179個家族）[4]

參見
  • TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
  • InterPro Integration of protein domain and protein family databases
  • PDBfam（页面存档备份，存于） — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)[5][6]

參考文獻
  1. Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. . Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907 可免费查阅. PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960.
  2. Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer, Alex Bateman. . Nucleic Acids Research. 2006-01-01, 34 (Database issue): D247–251 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 1347511 可免费查阅. PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. （原始内容存档于2019-10-16）.
  3. Alex Bateman, Lachlan Coin, Richard Durbin, Robert D. Finn, Volker Hollich, Sam Griffiths-Jones, Ajay Khanna, Mhairi Marshall, Simon Moxon, Erik L. L. Sonnhammer, David J. Studholme, Corin Yeats, Sean R. Eddy. . Nucleic Acids Research. 2004-01-01, 32 (Database issue): D138–141 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 308855 可免费查阅. PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. （原始内容存档于2019-03-28）.
  4. . Sanger. [2012-01-12].
  5. Dunbrack, Roland. . PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. （原始内容存档于2015-10-01）.
  6. Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. . Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341 可免费查阅. PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533.

外部連結
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