生物分类法 上八个主要的分类阶元
在很长的一段时间裡,界 (英語:kingdom ,拉丁語 :regnum )曾經是生物科学分类法 中最高的类别。一开始人只將生物分為动物 和植物 两界,微生物 被發現后,也长时期被分入动物或植物界:好动的微生物被分入动物界,有色素的细菌 (藻 类)被分为植物,有些甚至被同时放入两界。后来,没有细胞核 的细菌,終被独立为一界,再后来真菌 也因為沒有葉綠體,被分出植物界,也成为独立的一界,最后自立为界的是古菌 。
近年,生物分子的基因 研究发现上述分类法并不十分正确,因此基於RNA結構和運作機制的不同,引入了域 作为生物最高的單元。现有的生物被分入古菌 、细菌 、真核 3个域,在真核生物中保持既有“界”级的分類單元。真核域中分6个界:囊泡藻界、古虫界、有孔虫界、真菌界 、植物界 和动物界 。不过真核生物传统的界有严重并系现象,以至于2005年来的划分多以“总群”论,避免使用“界”。
而在細菌和古菌的域是否需要或如何各再分類成多個界未有定案,所以大部人暫時對兩域其各自僅有一個界,即實際該域是同名的界的同義詞,而在域或界之下直接跳到門级分類[ 1] 。
2023年细菌、古菌的分类法将“界”加入规范类别,之后开始正式分类[ 2] 。
真核生物的系统发生关系(2020)
列表
非细胞
古菌域
甲烷杆菌界
纳蛭菌界 (DPANN)
热变形菌界(TACK)
普罗米修斯古菌界(Asgard)
细菌域
真核域
其他分類法
参考文献
^ 道金斯 祖先的故事,ISBN 9789578759923,繁體中譯本p.805
^ Göker, Markus; Oren, Aharon. Valid publication of names of two domains and seven kingdoms of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 22 January 2024, 74 (1). PMID 38252124 . doi:10.1099/ijsem.0.006242 .
生物界
古菌域
古菌域
细菌域
真核生物域【主要類群:古虫类
多貌生物(定鞭隐藻生物
有孔虫类
囊泡虫类
不等鞭毛类
植物)
單鞭毛生物〔变形虫门
後鞭毛生物(动物界
真菌界)〕】
熱 變 形 菌 + 普 羅 米 修 斯 古 菌
熱變形菌界Thermoproteati (TACK 總門)
熱變形菌門Thermoproteota
"BAT"
深古菌綱 Bathyarchaeia (原:泉古菌門 Miscellaneous Crenarchaeotic Group, MCG )
硝化古菌綱 Nitrososphaeria (原:奇古菌門 Thaumarchaeota;包含原曙古菌門 Aigarchaeota )
"Sulfobacteria"
甲基甲烷古菌綱 Methanomethylicia
熱變形菌綱 Thermoprotei
熱變形菌綱_A Thermoprotei_A
普羅米修斯古菌界Promethearchaeati
普羅米修斯古菌門Promethearchaeota (原:阿斯加德古菌門Asgardarchaeota )
阿斯加德古菌綱 Asgardarchaeia
阿塔貝古菌綱 Atabeyarchaeia
巴德爾古菌綱 Baldrarchaeia
海姆達爾古菌綱 Heimdallarchaeia (演化支包含真核生物 )
埃爾默德古菌綱 Hermodarchaeia
喬爾迪古菌綱 Jordiarchaeia
洛基古菌綱 Lokiarchaeia
尼奧爾德古菌綱 Njordarchaeia
奧丁古菌綱 Odinarchaeia
西芙古菌綱 Sifarchaeia
索爾古菌綱 Thorarchaeia
悟空古菌綱 Wukongarchaeia
納 蛭 古 菌 + 甲 烷 桿 菌
納蛭古菌界Nanobdellati (DPANN 總門)
Altiarchaeota
微古菌門 Micrarchaeota
伊恩古菌門 Iainarchaeota
溫蒂古菌門 Undinarchaeota
胡伯古菌門 Huberarchaeota
納蛭古菌門 Nanobdellota
迷古菌門 Aenigmatarchaeota
納鹽古菌門 Nanohalarchaeota
甲烷桿菌界Methanobacteriati (原:廣古菌門Euryarchaeota )
哈德古菌門 Hadarchaeota
甲烷桿菌門_B Methanobacteriota_B
TMHH group
Methanomada
熱泉古菌門
Hydrothermarchaeota
甲烷桿菌門Methanobacteriota
甲烷桿菌綱 Methanobacteria
熱球菌綱 Thermococci
熱原體門Thermoplasmatota
薄暮古菌綱 Penumbrarchaeia
波塞頓古菌綱 Poseidoniia
熱原體綱 Thermoplasmata
鹽桿菌門Halobacteriota
古丸菌綱 Archaeoglobi
甲烷胞菌綱 Methanocellia
甲烷微菌綱 Methanomicrobia
甲烷嗜鹼菌綱 Methanonatronarchaeia
甲烷八疊球菌綱 Methanosarcinia
協同古菌綱 Syntropharchaeia
细菌域
古菌域
细菌域
真核生物域【主要類群:古虫类
多貌生物(定鞭隐藻生物
有孔虫类
囊泡虫类
不等鞭毛类
植物)
單鞭毛生物〔变形虫门
後鞭毛生物(动物界
真菌界)〕】
陆细菌BV1, BV3, BV5
滑行菌 BV1
初细菌
異常球菌-棲熱菌門 綠彎菌門
厌氧绳菌目
暖绳菌目
绿弯菌目
爬管菌目
纤线杆菌目
热丝孢菌目
热微菌目
球形杆菌目
其他
革蘭氏陽性菌 无细菌外膜
厚壁菌門 BV3 GC較低
梭菌
桿菌
芽孢桿菌纲 丹毒絲菌綱 丹毒絲菌目
热石菌纲 热石菌目
軟壁菌門 柔膜菌綱
支原体目
虫原体目
厌氧原体目
无胆甾原体目
盐漿体目
放線菌門 BV5 GC較高
放線菌綱 酸微菌纲 酸微菌目
红蝽菌纲 红蝽菌目
腈裂菌纲 红色杆菌纲
CPR組細菌 熱袍菌
熱袍菌門
薄熱袍菌門
糞熱菌門
網團菌門
互養菌門
水細菌 BV2, BV4
梭桿菌
螺旋體 迷微菌 PVC總門 (浮黴菌)
FCB總門 (鞘脂桿菌)
變形菌
假單胞菌門 BV2
α-变形菌纲 柄杆菌目 · 基尔菌目 · 韩海研所菌目 · 短小盒菌目 · 根瘤菌目 · 红杆菌目 · 红螺菌目 · 立克次氏体目 · 史尼斯氏菌目 · 鞘脂单胞菌目
β-变形菌纲 伯克氏菌目 · 嗜氢菌目 · 嗜甲基菌目 · 奈瑟菌目 · 亚硝化单胞菌目 · 普罗卡杆菌目 · 红环菌目
γ-变形菌纲 酸硫杆状菌目 · 气单胞菌目 · 交替单胞菌目 · 心杆菌目 · 着色菌目 · 腸桿菌目 · 军团菌目 · 甲基球菌目 · 海洋螺菌目 · 巴斯德氏菌目 · 假单胞菌目 · 咸水球形菌目 · 硫髮菌目 · 弧菌目 · 黄色单胞菌目
δ-变形菌纲 蛭弧菌目 · 脱硫盒菌目 · 脱硫杆菌目 · 脱硫弧菌目 · 硫还原菌目 · 除硫单胞菌目 · 黏球菌目 · 互营杆菌目
其他
酸桿菌門
產金菌門
产水菌门
網團菌門
熱脫硫桿菌門
脫鐵桿菌門
硝化螺旋菌門
真核域
古菌域
细菌域
真核生物域【主要類群:古虫类
多貌生物(定鞭隐藻生物
有孔虫类
囊泡虫类
不等鞭毛类
植物)
單鞭毛生物〔变形虫门
後鞭毛生物(动物界
真菌界)〕】
腎管動物
原口动物
蛻 皮 動 物
螺 旋 動 物
扁 蟲 冠 輪 動 物
吮食-中生 動物分支
吮食动物 中生动物
直泳動物門
菱形動物門(菱形蟲/二胚蟲)
單胚動物門(鹹水蟲)?
冠 輪 動 物
後口動物
現存物種數量≥1000種的門以粗體 顯示
標有問號(?)的門表示存在疑問
兩側對稱動物的分化關係尚有爭議,參閱:異無腔步帶動物
中樞神經動物
古菌域
细菌域
真核生物域【主要類群:古虫类
多貌生物(定鞭隐藻生物
有孔虫类
囊泡虫类
不等鞭毛类
植物)
單鞭毛生物〔变形虫门
後鞭毛生物(动物界
真菌界)〕】
紅藻門
溫泉紅藻綱
紫球藻綱
复丝藻纲
茎丝藻纲
红球藻纲
红毛菜纲
真红藻纲
Hildenbrandiales
顶丝藻
海索面
串珠藻
珊瑚藻
石花菜
江蓠
仙菜
皮胆虫 皮胆虫
灰胞藻
灰藻屬
Cyanophora
Gloeochaete
绿色植物/狭义植物
华藻门 綠藻門
“葱绿藻 ”(并系)
塔胞藻纲
小豆藻纲
肾爿藻纲
假心胞藻纲
尘囊藻纲
绿尘藻纲
绿藻亚门
链型植物
古菌域
细菌域
真核生物域【主要類群:古虫类
多貌生物(定鞭隐藻生物
有孔虫类
囊泡虫类
不等鞭毛类
植物)
單鞭毛生物〔变形虫门
後鞭毛生物(动物界
真菌界)〕】
罗兹菌门 羅茲菌綱 · 微孢子蟲綱(參見後鞭毛生物分類表)
Aphelidiomycota Aphelidiomycetes
鞭毛真菌 (並系群 )
新美鞭菌门 新美鞭菌綱
芽枝黴門 芽枝霉纲 · 節壺菌綱
壺菌門 壺菌綱
單毛壺菌門 單毛壺菌綱 · 透明針形藻綱
Sanchytriomycota Sanchytriomycetes
接合菌 (並系群 )
球囊菌門 球囊黴目 · 多孢囊霉目 · 類球囊霉目 · 原囊霉目
毛霉门 內囊霉目 · 毛霉目
蟲黴門 蟲霉目(擔子霉科 、新月霉科)
梳霉亞門 内孢毛菌目 · 梳霉目 · 雙珠霉目 · 鉤孢毛菌目
捕蟲霉門 捕蟲霉目
油壶菌門 油壶菌科
蛙糞霉門 蛙粪霉科
被孢黴門 被孢黴科
Calcarisporiellomycota Calcarisporiellaceae
雙核亞界
子囊菌門
盤菌亞門
錘舌菌类 地舌菌纲 · 星裂菌綱 · 座囊菌綱 · 散囊菌綱 · 茶漬綱 · 錘舌菌綱 · 糞殼菌綱 · 蟲囊菌綱 · 李基那地衣綱
其他 圓盤菌綱 · 盤菌綱
酵母亞門 酵母菌綱
外囊菌亞門 古根菌綱 · 粒毛盤菌綱 · 肺孢子菌綱 · 裂殖酵母綱 · 外囊菌綱
担子菌门
锈菌亚门 伞型束梗孢菌纲 · 小纺锤菌纲 · 经典菌纲 · 隐菌寄生菌纲 · 囊担子菌纲 · 小葡萄菌纲 · 混合菌纲 · 柄锈菌纲
黑粉菌亞門 黑粉菌纲 · 外擔菌綱 · 叢梗孢酵母綱 · 马拉色菌纲 · Peribolosporomycetes
傘菌亞門 花耳綱 · 傘菌綱 · 节担菌纲 · 銀耳綱 · Bartheletiomycetes
根腫黑粉菌門 根腫黑粉菌科
其他真核生物(泛原生动物 及藻類 )
定鞭隐藻生物
不等鞭毛类
囊泡虫类
有孔虫类
古虫界
变形虫门
类生物结构
巴尔的摩病毒分类系统(病毒分类)
DNA
有尾噬菌體目 Caudovirales
肌尾噬菌體科 Myoviridae
短尾噬菌體科 Podoviridae
長尾噬菌體科 Siphoviridae
疱疹病毒目 Herpesvirales
异疱疹病毒科 Alloherpesviridae
疱疹病毒科 Herpesviridae
軟體動物皰疹病毒科 Malacoherpesviridae
線狀病毒目 Ligamenvirales
脂毛噬菌體科 Lipothrixviridae
古噬菌體科 Rudiviridae
未分类
核质巨DNA病毒 NLCDV
非洲豬瘟病毒科 Asfarviridae
虹彩病毒科 Iridoviridae
Marseilleviridae
擬菌病毒科 Mimiviridae
藻類去氧核糖核酸病毒科 Phycodnaviridae
痘病毒科 Poxviridae
无套膜
腺病毒科 Adenoviridae
乳頭瘤病毒科 Papillomaviridae
乳頭多瘤空泡病毒 Papovaviridae(套膜已退化)
多瘤病毒科 Polyomaviridae
未分类
Ampullaviridae
囊泡病毒科 Ascoviridae
棒狀病毒科 Baculoviridae
双尾病毒属 Bicaudaviridae
棒状病毒属 Clavaviridae
覆蓋噬菌體科 Corticoviridae
微小紡錘形噬菌體科 Fuselloviridae
Globuloviridae
滴狀病毒科 Guttaviridae
Hytrosaviridae
白點症病毒 Nimaviridae
Nudivirus
芽生噬菌體科 Plasmaviridae
復層噬菌體科 Tectiviridae
Turriviridae
指環病毒科 Anelloviridae
虹彩病毒科 Bacillariodnaviridae
圓環病毒科 Circoviridae
雙子病毒科 Geminiviridae
絲狀噬菌體科 Inoviridae
微小噬菌体科 Microviridae
矮化病毒科 Nanoviridae
细小病毒科 Parvoviridae
Spiraviridae
RNA
混合病毒科 Amalgaviridae
雙核糖核酸病毒科 Birnaviridae
金色病毒科 Chrysoviridae
囊狀噬菌體科 Cystoviridae
低毒性病毒科 Hypoviridae
分體病毒科 Partitiviridae
呼腸孤病毒科 Reoviridae
整體病毒科 Totiviridae
IV: 正义单链RNA病毒
網巢病毒目 Nidovirales
動脈炎病毒科 Arteriviridae
冠状病毒科 Coronaviridae
Roniviridae
微小核糖病毒目 Picornavirales
双順反子病毒科 Dicistroviridae
Iflaviridae
海洋RNA病毒科 Marnaviridae
微小核糖体核酸病毒科 Picornaviridae
伴生豇豆花葉病毒科 Secoviridae
蕪菁黃花葉病毒目 Tymovirales
阿尔法线形病毒科 Alphaflexiviridae
乙型线状病毒科 Betaflexiviridae
丙型線形病毒科 Gammaflexiviridae
蕪菁發黃鑲嵌病毒科 Tymoviridae
未分类
星狀病毒科 Astroviridae
桿菌狀核糖核酸病毒科 Barnaviridae
甜菜壞死黃脈病毒屬 Benyviridae
雀麥花葉病毒科 Bromoviridae
杯狀病毒科 Caliciviridae
修道院病毒科 Closteroviridae
豇豆花叶病毒科 Comoviridae
黄病毒科 Flaviviridae
彎曲病毒科 Flexiviridae
光滑病毒科 Leviviridae
黃症病毒科 Luteoviridae
裸露RNA病毒 Narnaviridae
野田病毒科 Nodaviridae
馬鈴薯Y病毒科 Potyviridae
隨伴病毒科 Sequiviridae
四病毒科 Tetraviridae
披盖病毒科 Togaviridae
番茄叢矮病毒科 Tombusviridae
單股反鏈病毒目 Mononegavirales
玻那病毒科 Bornavirus
絲狀病毒科 Filoviridae
Nyamiviridae
副黏液病毒科 Paramyxoviridae
炮彈病毒科 Rhabdoviridae
未分类
沙狀病毒科 Arenaviridae
本雅病毒科 Bunyaviridae
正黏液病毒科 Orthomyxoviridae
逆转录病毒
轉座病毒科 Metaviridae
假病毒科 Pseudoviridae
逆转录病毒科 Retroviridae
VII: DNA逆轉錄病毒
花椰菜病毒科 Caulimoviridae
肝病毒科 Hepadnaviridae
cutn/syst(hppv/艾滋病, 流感/疱疹/人畜共患)/人名体征
古菌域
细菌域
真核生物域【主要類群:古虫类
多貌生物(定鞭隐藻生物
有孔虫类
囊泡虫类
不等鞭毛类
植物)
單鞭毛生物〔变形虫门
後鞭毛生物(动物界
真菌界)〕】