內源性反轉錄病毒

人類基因組序列中有約5%至8%為內源性反轉錄病毒[6][7]，可分為30至40個基因家族，並可依序列歸為三型，第一型人類內源性反轉錄病毒（HERV）與Γ反轉錄病毒屬和Ε反轉錄病毒屬接近，第二型HERV與Β反轉錄病毒屬接近，第三型HERV則與泡沫反轉錄病毒接近[8]。HERV-K（屬第二型HERV）約在數百萬年前進入靈長類基因組[9]，現在人類基因組中約有數百個HERV-K，有些尚有完整的開放閱讀框，在胚胎發育與某些疾病中可生成蛋白質[10][11]。另外還有HERV-T、HERV-L（最古老、存在於許多哺乳類類群中，但無發現env序列）、HERV-H（數量最多的HERV）、HERV-W（env基因被細胞用來編碼合胞素-1）[12]。小鼠基因組中的內源性反轉錄病毒則包括與小鼠白血病病毒相關的元件、與鼠乳腺癌病毒相關的元件（如IAP元件）、MusD2/ETn元件和MuERV-L元件等[13]。豬基因組的內源性反轉錄病毒（porcine endogenous retroviruses，PERV）分為PERVA、PERVB與PERVC三型，其中有些可能仍保有組成病毒顆粒以感染其他細胞的能力[14]，為過去進行異種器官移植（將豬的器官移植到病人身上）的一項隱憂，2017年有研究人員成功以CRISPR將豬基因組中所有內源性反轉錄病毒都去活化，以避免它們跨物種感染病患[15]。

有些內源性反轉錄病毒和LTR反轉錄轉座子被細胞用作調控自身基因表現的一種方式[16][17]。LTR序列插入基因的5'後可能被用作啟動子或強化子影響基因表現，在某些案例中甚至可影響下游約70kb處基因的表現[18][19]。人類AMY1C基因的啟動子中即有完整的內源性反轉錄病毒序列，可調控其在唾腺的表現[20]；BAAT基因主要的啟動子也是來自內源性反轉錄病毒的LTR[21]。有些案例中，內源性反轉錄病毒的序列成為基因新的啟動子，進而影響基因表現的組織種類，生殖組織中即有許多此類案例[22]，例如編碼芳香化酶的CYP19基因在大部分哺乳類中表現於腦部與生殖器官，但在靈長類中，因內源性反轉錄病毒LTR的插入而可在胎盤細胞中轉錄出一個5端序列卻有差異的mRNA（transcript variant），進而在胎盤中表現蛋白，影響懷孕時雌激素的水平[19]。NOS3、IL2RB和HSD17B1也都由啟動子的LTR序列調控其在胎盤的表現[21][23]，這些現象顯示LTR可能可與胎盤表現的轉錄因子結合，也能是胎盤DNA缺乏甲基化而不抑制其表現所致[24]。另外有假說認為胚胎中深入胎盤的滋胚層細胞可能利用內源性反轉錄病毒抑制母體的免疫反應，以避免受到母體免疫細胞的攻擊，此機制可能對胎生的演化相當重要[25]。

除了影響基因表現，內源性反轉錄病毒還可能與宿主DNA重組成新的基因，例如新大陸猴與舊大陸猴的IRGM基因開放閱讀框因Alu元件的插入而被破壞，使其成為不能編碼蛋白的偽基因，但在大猩猩等人科動物基因組中，內源性反轉錄病毒ERV9的插入將其開放閱讀框恢復，使其可編碼蛋白[26]；人類的內源性反轉錄病毒HERV-W雖已不具完整序列，但其env基因被細胞用來編碼合胞素1，在胚胎的合胞體滋胚層（胎盤外層入侵子宮內膜的細胞）中表現。