後白河天皇

久壽二年（1155年）近衛天皇駕崩。崇德上皇想自己復位或立其皇子重仁親王為天皇，但遭關白藤原忠通及鳥羽法皇反對，遂改立崇德上皇的兄弟雅仁親王（後白河天皇）。

當初鳥羽法皇對雅仁親王的資質抱有疑問、但卻有意立其英邁兼有崇高名聲的守仁親王（後為二條天皇）為天皇，但鉴於守仁親王尚年少、兼且其父雅仁親王仍在世，若守仁親王越其父而即位會被影響名聲。所以由雅仁親王暫時即位，崇德上皇系皇族的皇位繼承權再一次被否定，並意味二條天皇將會不久君臨天下。

雅仁親王於久壽二年（1155年）七月二十四日踐祚，是為後白河天皇。

另一方面，崇德上皇和左大臣藤原賴長之間親近，與鳥羽法皇和藤原通憲支持的後白河天皇對抗。

保元元年（1156年），鳥羽法皇死後，立即發生保元之亂。後白河天皇以武家平清盛、源義朝等擊敗崇德上皇突襲的軍隊，崇德上皇被流放到讚岐，支持他的武家源為義等被斬首。亂後後白河天皇盡力強化政權，推行保元新制和莊園整理等。

保元三年（1158年）八月十一日後白河天皇讓位給守仁親王（二條天皇）開始院政。以後的二條天皇、六條天皇、高倉天皇、安德天皇與後鳥羽天皇5代都由後白河上皇院政所操控。

平清盛因保元之亂而贏得後白河天皇的信賴，於是升任播磨守及大宰大貳。然而此後清盛與信西（藤原通憲）聯手擴張其權力的企圖讓藤原信賴與源義朝大為不滿，兩人於是舉兵對抗之。這就是發生於元年（1159年）的平治之亂。這場亂事最後由平清盛獲得勝利，源義朝被其誅殺，以源義朝長子源義平為首的許多源氏族人均被處死，被捕的義朝三男源賴朝則被處以流放至伊豆國之刑罰。自此，平清盛打下了武家政權的基礎。

然而，平清盛的勢力擴張，讓以後白河法皇（嘉應元年（1169年）出家的後白河天皇）為首的院政勢力為之感到不滿，也逐漸加深雙方之間的對立。

治承元年（1177年）六月發生了企圖推翻平家勢力的鹿谷陰謀事件。結果因為多田行綱告密而被揭發並胎死腹中。平清盛並且利用這個事件開始剷除將參與院政的院近臣。於是藤原師光（西光）被處死，藤原成親被流放到備中，並且在當地墜下懸崖離奇地死亡。僧侶俊寬則被流放到鬼界之島。不過平清盛最終還是沒有直接向法皇興師問罪。

治承三年（1179年）這一年許多不幸連連降臨在平清盛身上。先是在六月時其女平盛子去世。之後法皇未與平清盛商議就逕自沒收平盛子生前所有的莊園。接著在七月，被平清盛視為繼承人並寄予厚望的嫡長子平重盛四十二歲即英年早逝（病死）。就在平清盛為之哀慟不已的時刻，法皇卻又一次未與平清盛商量即沒收了平重盛原有的知行國（領國）越前國。

震怒的平清盛終於無法忍受法皇無視自己的作法。同年十一月十四日，他親率大軍自福原（現在的神戶）上京，隔天（十五日）發動所謂的治承政變。他將以藤原基房為首的反平氏親貴，約三十九人院近臣全數罷官，並任命親平氏的親貴以取而代之。為平清盛此舉感到畏懼的法皇也向其請求饒恕，這回平清盛沒有放過法皇。十一月二十日，後白河法皇被幽禁於鳥羽殿。自此後白河院政宣告中止，由平清盛獨攬大權的平氏政權接手。

平清盛隨後在治承四年（1180年）二月迫使高倉天皇退位，擁立自己的外孫，平德子之子言仁親王即位，是為安德天皇。

同年，源賴政擁護後白河法皇次子以仁王以對抗平清盛。然而平清盛立即派四男平知盛領軍征討之，最後敗逃的以仁王和源賴政兩人都被誅殺。

治承五年（1181年），平清盛病死。木曾義仲將平氏的勢力趕出京都。壽永二年（1183年），平氏準備挾持安德天皇和後白河法皇，帶著天皇的三神器，逃往西都。

後白河法皇乘機逃脫，返回京都後，立即發佈追剿平氏的命令。當密令傳到源賴朝，源賴朝便派遣源範賴及源義經統率5萬大軍征討木曾義仲。壽永二年（1183年）八月，由後白河上皇主持，在沒有天皇神器的情況下，立4歲的尊成親王踐祚，是爲後鳥羽天皇。

壽永三年（1184年），討滅木曾義仲。至此，源賴朝勢力成為天下討平家的唯一主力。

文治元年（1185年）春，源義經在壇之浦之戰將平家消滅。

後來，源賴朝與源義經不和。文治五年（1189年），後白河法皇允許源賴朝率軍遠征陸奧羽，滅保護義經的藤原泰衡，確立全國武家政治體制。

文治六年（1190年），源賴朝上京會見後白河法皇，任朝廷權大納言(太政官副職)、右近衛大將軍等職，假以法皇名義控制各地軍政大權。

建久三年（1192年）三月十三日，後白河法皇駕崩，源賴朝任征夷大將軍，建立鎌倉幕府，後白河法皇院政告一段落。