天主教台南教區

• 中華聖母主教座堂（台南市中西區；開山路天主堂）
• 聖母無玷原罪始胎堂（台南市中西區；中山路天主堂）
• 聖維雅內堂（台南市東區；大林天主堂）
• 聖若瑟堂（台南市中西區；南寧街天主堂）
• 聖母升天堂（台南市仁德區；二空天主堂）
• 聖十字架堂（台南市中西區；濟生街天主堂）
• 聖樂倫堂（台南市安平區；安平天主堂）

原第五總鐸區（澎湖總鐸區）目前已納入第一總鐸區

• 聖母病人之痊堂（澎湖縣馬公市；馬公天主堂）
• 講美天主堂（澎湖縣白沙鄉）
• 華福天主堂（澎湖縣湖西鄉；沙港天主堂）
• 聖母聖心堂（澎湖縣湖西鄉；湖西天主堂）

• 中華殉道聖人堂（台南市東區；東門路天主堂）
• 耶穌聖心堂（台南市東區；勝利路天主堂）
• 聖味增爵堂（台南市北區；開元路天主堂）
• 聖辣法爾堂（台南市東區；光明街天主堂）(已暫停)
• 聖母無原罪堂（台南市仁德區；土庫天主堂）
• 露德聖母堂（台南市北區；小北路天主堂）(已暫停)
• 聖母進教之佑堂（台南市東區；後甲天主堂）
• 聖鮑思高堂（台南市歸仁區；歸仁天主堂）

• 聖彌格堂（台南市永康區；影三天主堂）
• 聖若瑟堂（台南市永康區；大灣天主堂）
• 法蒂瑪聖母堂（台南市永康區；永康天主堂）
• 耶穌聖名堂（台南市新化區；新化天主堂）
• 聖十字架堂（台南市山上區；山上天主堂）(已暫停)
• 吾樂之緣聖母堂（台南市玉井區；玉井天主堂）
• 聖家堂（台南市善化區；善化天主堂）
• 聖伯鐸聖保祿堂（台南市六甲區；六甲天主堂）
• 聖安東尼堂（台南市官田區；官田天主堂）
• 隆田天主堂（台南市官田區）(已暫停)
• 護守天使堂（台南市新市區）

• 耶穌復活堂（台南市柳營區；果毅天主堂）(已暫停)
• 耶穌君王堂（台南市麻豆區；麻豆天主堂）
• 鹽水聖神堂（台南市鹽水區；鹽水天主堂）
• 天主聖三堂（台南市佳里區；佳里天主堂）
• 學甲天主堂（台南市學甲區）(已暫停)
• 聖母升天堂（台南市下營區；下營天主堂）
• 天使之后堂（台南市新營區；新營天主堂）
• 聖方濟堂（台南市柳營區；柳營天主堂）(已暫停)
• 聖十字架堂（台南市後壁區；菁寮天主堂）
• 聖家堂（台南市後壁區；安溪寮天主堂）
• 天主聖三堂（台南市白河區；白河天主堂）

台南教區的最高統轄機構稱為「教區辦事處」，本部位於台南市東區長榮路二段15號，為一棟日式建築。教區辦事處內設秘書長、教區參議等職務，教區辦事處之下共設有11個委員會、司鐸諮議會、教區法庭等單位，共同肩負起教區內教務的運作。