日本獨立行政法人列表

以下列出2020年4月1日的87個獨立行政法人。87個獨立行政法人中，7個屬於行政執行法人（職員屬國家公務員），27個屬於國立研究開發法人，53個屬於中期目標管理法人（職員非公務員）。表格省略開頭的「獨立行政法人」、「國立研究開發法人」。未註記類別的是中期目標管理法人。

國庫支出欄為0代表未接受國家資金，而是依靠獨立資金來源運作（獨立採算制）。但國家可能因業務產生支出。例如對造幣局要求製造貨幣。預算除了營運費還會加上設施整備費。大學入試中心的營運費雖未在預算上，但依然有大學改革等推進補助金支出，這些都未包含在預算中。此外，日本醫療研究開發機構所由內閣府管轄，但營運費歸在文部科學省預算內。表內大多是列出一般會計預算[1]，但也有部分機構有加上特別會計預算[2]。預算資料出自令和2年度一般會計預算[3]令和2年度特別会計予算[4]

• 獨立行政法人消防研究所
  • 2006年4月1日解散。消防研究所所掌業務轉由消防廳消防大學校新設立之消防研究中心負責。
  • 元々、消防庁の施設等機関だった消防研究所が独法化して発足したが、独立行政法人整理合理化の中で、旧科学技術庁系の独立行政法人防災科学技術研究所との統合、非公務員型への移行（非公務員化）が提示されたのを回避するための措置。
• 獨立行政法人通觀情報處理中心
  • 2008年10月1日解散。業務轉由新設立之輸出入、港灣關連情報處理中心株式会社（特殊会社）負責。
• 獨立行政法人國立奧林匹克紀念青少年總合中心
  • 2006年4月1日與獨立行政法人國立青年之家、獨立行政法人國立少年自然之家整合成立獨立行政法人國立青少年教育振興機構。另再成立國立奧林匹克紀念青少年總合中心。
• 獨立行政法人國立青年之家
  • 2006年4月1日與獨立行政法人國立奧林匹克紀念青少年總合中心、獨立行政法人國立少年自然之家整合成立獨立行政法人國立青少年教育振興機構。另再成立國立青少年交流之家。
• 獨立行政法人國立少年自然之家
  • 2006年4月1日獨立行政法人國立奧林匹克紀念青少年總合中心、獨立行政法人國立青年之家整合成立獨立行政法人國立青少年教育振興機構。另再成立國立青少年自然之家。
• 獨立行政法人媒體教育開發中心
  • 2009年4月1日解散。一部分業務轉移至放送大學學園。
• 獨立行政法人國立國語研究所
  • 2009年10月1日解散。隔日，大學共同利用機關法人人間文化研究機構設立。
• 獨立行政法人國立博物館
  • 2007年4月1日與獨立行政法人文化財研究所整合成立獨立行政法人國立文化財機構。
• 獨立行政法人文化財研究所
  • 2007年4月1日與獨立行政法人國立博物館整合成立獨立行政法人國立文化財機構。
• 獨立行政法人產業安全研究所
  • 2006年4月1日與獨立行政法人產業醫學總合研究所整合成立獨立行政法人勞動安全衛生總合研究所。
• 獨立行政法人產業醫學總合研究所
  • 2006年4月1日與獨立行政法人產業安全研究所整合成立獨立行政法人勞動安全衛生總合研究所。
• 獨立行政法人雇用、能力開發機構
  • 2011年10月1日解散。主要設施與業務交由獨立行政法人高齢、障害、求職者雇用支援機構管理執行，一部分業務移轉給獨立行政法人勤勞者退職金共濟機構和都道府縣勞動局。
• 獨立行政法人農業、生物系特定產業技術研究機構
  • 2006年4月1日與獨立行政法人農業工學研究所、獨立行政法人食品總合研究所整合成立獨立行政法人農業、食品產業技術總合研究機構。
• 獨立行政法人農業工學研究所
  • 2006年4月1日與獨立行政法人食品総合研究所、獨立行政法人農業、生物系特定產業技術研究機構整合成立獨立行政法人農業、食品產業技術總合研究機構。
• 獨立行政法人食品總合研究所
  • 2006年4月1日與獨立行政法人農業工学研究所、獨立行政法人農業、生物系特定產業技術研究機構整合成立獨立行政法人農業、食品產業技術總合研究機構。
• 獨立行政法人農業者大學校
  • 2006年4月1日解散。農業者大學校所掌業務由獨立行政法人農業、生物系特定產業技術研究機構繼承。
• 獨立行政法人さけ･ます資源管理中心
  • 2006年4月1日與獨立行政法人水產總合研究中心整合。
• 獨立行政法人林木育種中心
  • 2007年4月1日與獨立行政法人森林総合研究所整合。
• 獨立行政法人農林水產消費技術中心
  • 2007年4月1日與獨立行政法人肥飼料檢查所、獨立行政法人農薬檢查所整合，轉移至獨立行政法人農林水產消費安全技術中心。
• 獨立行政法人肥飼料檢查所
  • 2007年4月1日與獨立行政法人農薬檢查所、獨立行政法人農林水産消費技術中心整合成立獨立行政法人農林水産消費安全技術中心。
• 獨立行政法人農藥檢查所
  • 2007年4月1日與獨立行政法人肥飼料檢查所、獨立行政法人農林水産消費技術中心整合成立獨立行政法人農林水産消費安全技術中心。
• 獨立行政法人綠資源機構
  • 2008年4月1日解散。綠資源機構所掌業務中的水源林造成事業、特定中山間保全整備事業與農用地總合整備事業移交獨立行政法人森林總合研究所。緑資源機構所掌業務中的海外農業開發業務移交獨立行政法人國際農林水産業研究中心。
• 獨立行政法人北海道開發土木研究所
  • 2006年4月1日與獨立行政法人土木研究所整合。舊建設省的舊獨立行政法人土木研究所改成「筑波中央研究所」，舊北海道開發廳的舊獨立行政法人北海道開發土木研究所改為「寒地土木研究所」。
• 獨立行政法人海員學校
  • 2006年4月1日與獨立行政法人海技大學校整合成立獨立行政法人海技教育機構。
• 獨立行政法人海技大學校
  • 2006年4月1日與獨独立行政法人海員學校整合成立獨立行政法人海技教育機構。

獨立行政法人通則法（平成11年法律第103號）之規定部分準用，符合獨立行政法人營運的法人：

• 國立大學法人
• 大學共同利用機關法人
• 日本司法支援中心
• 日本私立學校振興、共濟事業團

• 獨立行政法人 （页面存档备份，存于）總務省
• 独立行政法人一覧（平成21年10月1日現在）PDF - 總務省
• 獨立行政法人一覧 （页面存档备份，存于）（總務省行政評價局）