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20世纪80年代，深圳市人民政府借鉴香港政府布政司署工务科的机构设置，在深圳市建设局下设建筑工务署，负责部分政府投资建设项目的建设管理[1]。

20世纪90年代，深圳市人民政府成立深圳市城市建设投资发展公司[1]。

1996年，深圳市城市建设投资发展公司由事业单位改组为企业，其市政建设管理的行政职能划归至深圳市建设局，深圳市建设局内设市政建设管理处[1]。

1997年，深圳市人民政府在深圳市规划与国土资源局设立深圳市土地投资开发中心[1]。

2002年7月18日，深圳市率先在中华人民共和国建立政府集中代建管理体系，将深圳市人民政府原各委办局各自独立的基建职能（如深圳市建设局市政建设管理处、深圳市土地投资开发中心），统一归至深圳市建筑工务局[2]，深圳市建筑工务局为深圳市建设局的副局级事业单位[1]。

2004年4月22日，深圳市建筑工务局升格为深圳市建筑工务署，为深圳市人民政府直属正局级行政管理类事业单位[1][3]。

2017年7月19日，深圳市建筑工务署借鉴香港政府建筑署建筑设计处的机构设置，成立工程设计管理中心[4]。

2021年7月26日，深圳市住宅工程管理站更名为深圳市建筑工务署教育工程管理中心，深圳市土地投资开发中心更名为深圳市建筑工务署文体工程管理中心[5]。

2023年7月5日，深圳市建筑工务署文体工程管理中心更名为深圳市建筑工务署文体和水务工程管理中心[6]。

根据《深圳市建筑工务署职能配置内设机构和人员编制规定》和《关于调整市建筑工务署体制的通知》，深圳市建筑工务署承担下列职责[7][8]：

1. 负责市政府投资建设工程项目（交通工程项目除外）的资金管理、前期审批事项报批、招投标管理、预决算和投资控制管理，政府公共房屋本体结构性维修工程的监督管理，对部分适合的建设项目组织实施代建制；
2. 负责市政府投资的新建、改建、扩建水务工程（不含转为社会投资的项目）和投资5000万元及以上的水务发展专项资金等工程类项目的组织实施。

• 姜建军（2004年3月—2010年11月）[9][10]
• 杨胜军（2011年1月—2015年7月）[11][12]
• 于宝明（2015年7月—2016年9月）[12][13]
• 乔恒利（2016年10月—2021年2月，民建会员，后兼任深圳市政协副主席）[14]
• 姚亮（2021年2月—今）

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