糸井站

以磚建成的單層站舍，中央為玄關口、開放式檢票口及候車大堂，中央位置並放置了數張候車座椅及冬天取暖用的炭爐；左側為站務室，現時由苫小牧站委託非JR員工於日間時段駐守，售賣近距離的乘車劵及與苫小牧站間的回數劵，原員工留宿空間則用作儲物用途；右側設有洗手間2間，屬於後期加建的部份。另設有行人天橋連接南口站房、月台及北口（簡易式出口）。

由於站房與月台並不是連在一起，因此當離開開放式閘口後，都先經過一小段行人路，往下行方向的會由行人天橋橫過至對面月台；上行方向則繼續前行至月台為止。

設有側式月台2個，提供2面2線的配置，月台長度達160米，即有效長度為8輛，但現時只用近站房方向的3輛長度月台，其餘部份則早已長滿了雜草，令該部份的月台異常狹窄。由於車站前後沒有設置轉轍器，所有以本站為終點站的上行區間車，到站清客後會繼續行駛至鄰站錦岡站的避線路軌後才折返。而各月台上除建有一個小型的有蓋候車停外，並沒有其他的設施。