本山 (佛教)

• 大本山東大寺（奈良縣奈良市）

• 大本山藥師寺（奈良市）
• 大本山興福寺（奈良市）

從法相宗分離獨立的新宗派

• 聖德宗 總本山法隆寺（奈良縣生駒郡斑鳩町）
• 北法相宗 大本山清水寺（京都府京都市東山區）

• 總本山唐招提寺（奈良市）
• 大本山壬生寺（京都市中京區）

• 總本山延曆寺

天台系之宗派和從天台宗分離獨立的新宗派

• 天台寺門宗 總本山園城寺（滋賀縣大津市）
• 天台真盛宗 總本山西教寺（大津市）
• 本山修驗宗 總本山聖護院（京都市左京區）
• 金峯山修驗本宗 總本山金峯山寺（奈良縣吉野郡吉野町）
• 羽黑山修驗本宗 本山荒澤寺（山形縣鶴岡市羽黑町）
• 和宗 總本山四天王寺（大阪府大阪市天王寺區）
• 粉河觀音宗 總本山粉河寺（和歌山縣紀之川市）
• 鞍馬弘教 總本山鞍馬寺（京都市左京區）
• 聖觀音宗 總本山淺草寺（東京都台東區）

真言宗十八本山

• 高野山真言宗 總本山金剛峯寺（和歌山縣伊都郡高野町）
• 真言宗醍醐派 總本山醍醐寺（京都市伏見區）
• 東寺真言宗 總本山東寺（教王護國寺）（京都市南區）
• 真言宗泉涌寺派 總本山泉涌寺（京都市東山區）
• 真言宗山階派 大本山勸修寺（京都市山科區）
• 真言宗御室派 總本山仁和寺（京都市右京區）
• 真言宗大覺寺派 大本山大覺寺（京都市右京區）
• 真言宗善通寺派 總本山善通寺（香川縣善通寺市）
• 真言宗善通寺派 大本山隨心院（京都市山科區）
• 真言宗智山派 總本山智積院（京都市東山區）
• 真言宗豐山派 總本山長谷寺（奈良縣櫻井市）
• 新義真言宗 總本山根來寺（和歌山縣岩出市）
• 真言宗須磨寺派 大本山須磨寺（福祥寺）（神戶市須磨區）
• 信貴山真言宗 總本山朝護孫子寺（奈良縣生駒郡平群町）
• 真言三寶宗 大本山清荒神清澄寺（兵庫縣寶塚市）
• 真言宗中山寺派 大本山中山寺（兵庫縣寶塚市）
• 真言律宗 總本山西大寺（奈良市）
• 真言律宗 大本山寶山寺（奈良縣生駒市）

其他

• 真言宗御室派 大本山金剛寺（大阪府河內長野市）
• 真言宗善通寺派 大本山彌谷寺（香川縣三豐市）
• 真言宗犬鳴派 大本山七寶瀧寺（大阪府泉佐野市）
• 真言宗室生寺派 大本山室生寺（奈良縣宇陀市）

• 總本山知恩院（京都市東山區）
• 大本山增上寺（東京都港區）
• 大本山光明寺（神奈川縣鎌倉市）
• 大本山善光寺大本願（長野縣長野市）
• 大本山金戒光明寺（京都市左京區）
• 大本山知恩寺（京都市左京區）
• 大本山清淨華院（京都市上京區）
• 大本山善導寺（福岡縣久留米市）
• 本山蓮華寺（滋賀縣米原市）
• 淨土宗捨世派 本山一心院（京都市東山區）
• 淨土宗西山深草派 總本山誓願寺（京都市中京區）
• 淨土宗西山禪林寺派 總本山禪林寺（京都市左京區）
• 西山淨土宗 總本山光明寺（京都府長岡京市）

真宗十派

• 淨土真宗本願寺派 本山西本願寺（正式名稱 - 本願寺）（京都市下京區）
• 真宗大谷派 本山東本願寺（正式名稱 - 真宗本廟）（京都市下京區）
• 真宗高田派 本山專修寺（三重縣津市）
• 真宗佛光寺派 本山佛光寺（京都市下京區）
• 真宗興正派 本山興正寺（京都市下京區）
• 真宗木辺派 本山錦織寺（滋賀縣野洲市）
• 真宗出雲路派 本山毫攝寺（福井縣越前市）
• 真宗誠照寺派 本山誠照寺（福井縣鯖江市）
• 真宗三門徒派 本山專照寺（福井縣福井市）
• 真宗山元派 本山證誠寺（福井縣鯖江市）

真宗十派以外

• 真宗淨興寺派 本山淨興寺（新潟縣上越市）
• 淨土真宗東本願寺派 本山東本願寺（東京都台東區）

• 總本山清淨光寺（神奈川縣藤澤市）

• 總本山大念佛寺（大阪市平野區）

• 臨濟宗妙心寺派 大本山妙心寺（京都市右京區）
• 臨濟宗建長寺派 大本山建長寺（鎌倉市）
• 臨濟宗圓覺寺派 大本山圓覺寺（鎌倉市）
• 臨濟宗南禪寺派 大本山南禪寺（京都市左京區）
• 臨濟宗方廣寺派 大本山方廣寺（靜岡縣濱松市北區）
• 臨濟宗永源寺派 大本山永源寺（滋賀縣東近江市）
• 臨濟宗佛通寺派 大本山佛通寺（廣島縣三原市）
• 臨濟宗東福寺派 大本山東福寺（京都市東山區）
• 臨濟宗相國寺派 大本山相國寺（京都市上京區）
• 臨濟宗建仁寺派 大本山建仁寺（京都市東山區）
• 臨濟宗天龍寺派 大本山天龍寺（京都市右京區）
• 臨濟宗向嶽寺派 大本山向嶽寺（山梨縣甲州市）
• 臨濟宗大德寺派 大本山大德寺（京都市北區）
• 臨濟宗國泰寺派 大本山國泰寺（富山縣高岡市）
• 臨濟宗興聖寺派 大本山興聖寺（京都市上京區）

• 大本山永平寺（福井縣永平寺町）
• 大本山總持寺（横濱市鶴見區）

• 大本山 黃檗山萬福寺（京都府宇治市）

• 日蓮宗 祖山久遠寺（山梨縣南巨摩郡身延町）

日蓮宗大本山

• 誕生寺（千葉縣鴨川市）
• 清澄寺（千葉縣鴨川市）
• 法華經寺（千葉縣市川市）
• 北山本門寺（靜岡縣富士宮市）
• 池上本門寺（東京都大田區）
• 妙顯寺（京都市上京區）
• 本圀寺（京都市山科區）

法華系佛教諸宗派

• 顯本法華宗 總本山妙滿寺（京都市左京區）
• 日蓮宗不受不施派 祖山妙覺寺（岡山縣岡山市）
• 日蓮正宗 總本山大石寺（靜岡縣富士宮市）
• 日蓮本宗 本山要法寺（京都市左京區）
• 不受不施日蓮講門宗 本山本覺寺（岡山市）
• 法華宗真門流 總本山本隆寺（京都市上京區）
• 法華宗陣門流 總本山本成寺（新潟縣三条市）
• 法華宗本門流 大本山光長寺（靜岡縣沼津市）・鷲山寺（千葉縣茂原市）・本興寺（兵庫縣尼崎市）･本能寺（京都市中京區）
• 本門佛立宗 大本山宥清寺（京都市上京區）
• 本門法華宗 大本山妙蓮寺（京都市上京區）

参照天台宗和真言宗醍醐派。