美少女戰士R

很久以前有一個星球，只有海洋以及一棵魔界樹，孤獨的魔界樹渴望有傾訴的對象，於是誕下了魔界樹人。起初，魔界樹人對魔界樹相當敬重，而魔界樹亦善待魔界樹人，雙方相處得很融洽。但是隨著魔界樹人智慧的增長，他們為了爭奪魔界樹的能量而展開鬥爭，最終因為戰鬥而毀滅了自己的星球。最後生還的魔界樹人與魔界樹一同走遍整個宇宙，卻找不到能夠扎根的星球。魔界樹人不斷減少，最後只剩下兩人－艾爾以及安。隨著魔界樹日漸在枯萎，艾爾和安從卡片中召喚怪物四處收集能量。

前作故事結束了兩個月後，美少女戰士們彷彿忘卻了那段記憶，以及眾人之間那段深刻的友情，她們各自以一個普通的女生的身分生活。然而無憂無慮的時光對她們而言總是相當短暫，一株漂流在宇宙間的神秘植物「魔界樹」與一對名叫「艾爾」和「安」的外星人突然一同降臨地球上，為好不容易能在地球上過著平靜生活的美少女戰士們再度掀起波瀾。

「艾爾」和「安」從卡片中召喚怪物並以人類能量為食物。為了抵禦這些攻擊，露娜與阿提密斯恢復了水手服戰士們的記憶。最終「艾爾」和「安」被擊敗，他們看到自己錯誤的方式，並把「魔界樹」一併帶回太空。在這些事件中，地場衛尋回他失去的記憶並開始跟阿兔發展戀愛關係。

地球在某日突然進入冰封狀態，地球上所有的生物都沉睡不起。直到30世紀，新希蕾妮蒂女王利用銀水晶力量，使地球得以甦醒過來，並以水晶東京作為地球的中心，由新希蕾妮蒂女王及安迪米歐國王統治。後來有一股邪惡勢力入侵水晶東京，卻不敵於新希蕾妮蒂女王而撤退。拒絕淨化的人就到復仇女神行星居住。豈料復仇女神行星被一股神秘的負能量所籠罩，令他們得到一股強大的邪惡力量，黑月帝國就由此衍生。黑月帝國知道其力量不能毀滅30世紀的水晶東京，故回到20世紀，目的是為了尋找銀水晶以改變未來，另一方面，由於30世紀的銀水晶突然消失，使它除了水晶宮殿以外，四周變成一個死城。

隨著「魔界樹」事件的完結，熱戀中的阿兔與阿衛在某日午後在十番町公園約會時，一名束著跟阿兔同樣髮型但髮色為粉紅色的小女孩突然從天而降，並自稱為阿兔，為了分別二人，小女孩成為了小阿兔。小阿兔從未來而來，為尋找銀水晶來拯救她的父母，然而一班新的敵人正試圖殺害她。最終水手服戰士們與禮服蒙面俠跟著小阿兔一起前往未來，阿兔在那裡被視為規管水晶東京的新希蕾妮蒂女王。眾人明白到小阿兔實際上就是阿兔與阿衛於未來的女兒，他們還遇見到守衛著時空之門的Sailor Pluto。最終，水手服戰士們跟黑月帝國的智者作戰，黑月帝國的目的是摧毀地球。小阿兔能夠召喚未來的銀水晶以幫助毀滅智者。隨後，小阿兔回到其所屬的未來，擺脫了黑月帝國的腐敗。