蓝菌目

本目包括以下科：[1]

• Ammatoideaceae
• 束丝藻科 Aphanizomenonaceae
• 隐杆藻科 Aphanothecaceae
• Borziaceae
• Borzinemataceae
• 蒴链藻科 Capsosiraceae
• 管孢藻科 Chamaesiphonaceae
• Chlorogloeopsidaceae Mitra and Pandey 1967
• 色球藻科 Chroococcaceae Rabenhorst 1863
• Chroococcidiaceae Geitler 1933
• 拟色球藻科 Chroococcidiopsidaceae Geitler ex Büdel et al. 2012
  • 拟色球藻属 Chroococcidiopsis Geitler 1933
    • Chroococcidiopsis bourrellyana Compère 1998
    • Chroococcidiopsis codiicola Beljakova 1989
    • 古巴拟色球藻 Chroococcidiopsis cubana Komárek and Hindák 1975
    • Chroococcidiopsis cyanosphaera Komárek and Hindák 1975
    • Chroococcidiopsis edaphica Johansen and Flechtner 2008
    • Chroococcidiopsis fissurarum (Ercegović 1932) Komárek and Anagnostidis 1995
    • 印度拟色球藻 Chroococcidiopsis indica Desikachary 1959
    • Chroococcidiopsis lichenoides Villanueva et al. 2018
    • Chroococcidiopsis muralis (Lagerheim 1893) Miscoe and Johansen 2016
    • Chroococcidiopsis mysorensis Tiwari 1972
    • Chroococcidiopsis supralittoralis Dor et al. 1991
    • Chroococcidiopsis thermalis Geitler 1933
    • Chroococcidiopsis umbratilis Dor et al. 1991
    • Chroococcidiopsis versatilis Dor et al. 1991
• Clastidiaceae
• 束鞘藻科 Coleofasciculaceae
• Cyanobacteriaceae
• 蓝藻属 Cyanothecaceae
• Cyanothrichaceae
• Dapisostemonaceae
• Dermocarpellaceae
• Desertifilaceae
• 石囊藻科 Entophysalidaceae
• Fortiaceae
• Fortieaceae
• Geitlerinemaceae
• Gloeocapsaceae
• 团毛黏菌科 Gloeotrichiaceae
• Godleyaceae
• Gomontiellaceae
• Gomphosphaeriaceae
• 软管藻科 Hapalosiphonaceae
• Homoeotrichaceae
• Hydrococcaceae
• Hyellaceae
• 微毛藻科 Microchaetaceae
• 微鞘藻科 Microcoleaceae
• 微囊藻科 Microcystaceae
• Microcystidaceae
• 念珠藻科 Nostocaceae
• Nostochopsidaceae
• 顫藻科 Oscillatoriaceae
• Phormidiaceae
• Pleurocapsaceae
• Prochloraceae
• Rhizonemataceae
• 膠鬚藻科 Rivulariaceae
• Rubidibacteraceae
• 裂鬚藻科 Schizotrichaceae
• Scytonemaceae
• 伪枝藻科 Scytonemataceae
• 螺旋藻科 Spirulinaceae
• Stichosiphonaceae
• 真枝藻科 Stigonemataceae
• 胶聚线藻科 Symphyonemataceae
• Tolypothrichaceae
• Xenococcaceae
• Zheleznayaceae

科地位未定的属：

• Allachjunica P.N.Kolosov, 1982
• Asperatofilum T.N.Hermann, 1989
• Balbariniella Oehler, 1978
• Bisphaera M.S.Yakschin, 1991
• Boruokia P.N.Kolosov, 1984
• Botuobia V.G.Pjatiletov, 1979
• Catenuata M.S.Yakschin, 1981
• Cephalonyx A.F.Weiss, 1984
• Cephalophytarian Schopf, 1968
• Cholorogloeaopsis P.K.Maithy, 1975
• Circumvaginalis V.N.Sergeev, 1993
• Clavatrichoides N.S.Mikhailova, 1989
• Contextuopsis T.N.Hermann, 1985
• Croftalania M.Krings, H.Kerp, H.Hass, T.N.Taylor & N.Dotzler, 2007
• Curviphycus M.S.Yakschin, 1991
• Cyanocyta Hall & Claus
• Cyanomargarita Shalygin, Shalygina & J.R.Johansen, 2017
• Digitus V.V.Khomentovsky, 1980
• Dzhandophyton P.N.Kolosov, 1975
• Echaninia A.G.Vologdin & N.A.Drozdova, 1969
• Eoentophysalis Hofmann, 1976
  • Eoentophysalis belcherensis Hofmann 1976
  • Eoentophysalis dismallakesensis Horodyski and Donaldson 1980
• Eomerismopedia C.B.Foster, R.Wicander & G.Playford, 2002
• Eosynechococcus Hofmann, 1976
• Filiconstrictus Schopf & Blacic, 1971
• Fusilabellum Awramik, 1989
• Gleocapsomorpha M.D.Zalessky, 1920
• Gurleyi
• Huroniospora E.S.Barghoorn, 1965
• Hyalocyrillium C.W.Allison, 1989
• Hydrocorynites V.P.Maslov, 1960
• Karamia P.N.Kolosov, 1984
• Kirchneriellopsis H.Kufferath, 1954
• Ljadovia O.S.Vjalov, 1983
• Marpolia C.D.Walcott, 1919
• Marssoniella
• Myriasporella D.Z.Oehler, 1978
• Odorella Shalygin, Zimba & Huang, 2019
• Patomophyton P.N.Kolosov, 1975
• Phacelogeminus Awramik, 1989
• Pleurocapsites V.P.Maslov, 1960
• Pomoria I.A.Siverzeva & T.V.Jankauskas, 1989
• Portacus Rafinesque, 1819
• Rectia T.V.Jankauskas, 1989
• Rhyniococcus D.S.Edwards & A.G.Lyon, 1983
• Shuntaria V.K.Golovenoc & M.J.Belova, 1985
• Sigirjania P.N.Kolosov, 1984
• Skujapelta W.T.Hall & G.Claus, 1967
• Sphaeranasillos C.W.Allison, 1989
• Sphaerophyus Schopf, 1968
• Taenitrichoides O.S.Vjalov, 1983
• Tindiromacula C.W.Allison, 1989
• Tortiliphycus M.S.Yakschin, 1991
• Tuberiphycus M.S.Yakschin, 1991
• Udereica V.V.Khomentovsky, 1980
• Zinkovioides T.N.Hermann, 1985