蝙蝠携带的病毒

2002年爆发、次年开始全球流行的非典型肺炎疫情和2012年爆发的中东呼吸综合征，其源头都指向蝙蝠。[13][14]冠状病毒是一种正义单链RNA病毒，分为四个属，分别用希腊字母的前四个字母命名。其中，α-冠状病毒和β-冠状病毒可经由蝙蝠传播。[15][16][17][18]

通过基因检测，科学家发现2019新型冠状病毒和在蝙蝠体内发现的病毒相似。[19]后续研究发现该新型病毒可能从蝙蝠经由蛇类传染至人体，而华南海鲜市场贩卖的野味中包括了蝙蝠和蛇类。[20]

尽管蝙蝠不是哺乳动物中唯一携带狂犬病毒的动物[21]，但已有研究表明其可以传播狂犬病[22]。在美国，蝙蝠平均每年感染人类一到两次狂犬病毒，令其成为该国狂犬病导致死亡的主要来源。[23]而在全世界，犬类依然是狂犬病致人类死亡的主要源头，据世界卫生组织公布的资料，犬类传染给人类的狂犬病毒在所有动物中占99%。[24]另外，同属犬科的北极狐也会传播北极狂犬病。[25][26]

汉他病毒通常见于啮齿动物和鼩（）鼱（），但在非洲科特迪瓦和塞拉利昂两国的蝙蝠体内也发现了两种病毒。这两种病毒都是负义单链RNA病毒。[3][27][1][28]

亨尼巴病毒属属于单股反链病毒目副黏液病毒科，下属五个种，全为RNA病毒。狐蝠和一些小蝙蝠是亨尼巴病毒的自然携带者。[29]

伊波拉病毒（Ebola virus）屬於絲狀病毒科，自然宿主也是蝙蝠，2013年開始於西非爆發的嚴重伊波拉出血熱疫情很可能是當地居民食用蝙蝠進而感染。此外属于丝状病毒的还有馬爾堡病毒（Marburg virus）。