邱義仁

• 二等景星勳章（2002年2月4日于臺北總統府颁授[18]）
• 一等景星勳章（2004年5月19日于臺北總統府颁授[19]）

• 旭日重光章（日本，2023年4月29日公布[20]）

2011年6月16日，前《自由時報》專欄作家、《新台灣新聞周刊》發行人詹錫奎（老包）說，他在1987年進入《自由時報》寫「老包專欄」；但1992年初，《自由時報》毫無預警、也未說明理由撤下「老包專欄」並強制接管他的版面，導致他離職；1995年，他才被他的朋友告知，「老包專欄」被撤當天，時任民進黨副秘書長的邱義仁帶著民進黨秘書長陳師孟與民進黨主席許信良去和《自由時報》社長密室協商，當天晚上《自由時報》社長即促成此事，雖然《自由時報》社長一直對他說會幫他升官加薪、只要他不寫專欄就好，但他依然離職；「老包專欄」被撤兩星期後，由於讀者群情激憤、不斷抗議，《自由時報》打電話請他回去寫專欄，但他拒絕。詹錫奎說，他轉而在《自立晚報》開專欄一個月後，他在該專欄揭發許信良「帶人去買票」，民進黨支持者因而齊向許信良抗議，逼迫「許邱集團」（許信良與邱義仁）改變遊戲規則、許信良公開向支持者道歉[21]。

三一九槍擊事件發生時，各界消息不明，當時邱義仁曾出來召開記者會。在記者會上，記者問邱義仁「總統既然中彈，他是步行進醫院的嗎」，邱義仁露出笑意並回答：「可能嗎？」面對當時記者提問「總統身上有沒有子彈」時，邱義仁表示「有」。事後證實是彈頭沒有在陳水扁的身體內取出，而是在身上衣物內找到。另外，邱義仁於當晚宣佈啟動「國安機制」，在法律上沒有明確授權。

泛藍陣營以這幾點，強烈質疑邱義仁透過國家公權力干預選舉，並做出很多陰謀論的揣測[22]。

連戰陣營提出的選舉無效訴訟，後被法院判決敗訴。

新加坡法院調查結果，黃志芳與邱義仁等人在巴紐外交公款侵吞案中均未涉及收賄或有經費流入其帳戶；但巴紐案使民進黨聲望受到打擊[23]。

2008年10月31日，邱義仁因涉嫌《貪污治罪條例》「利用職務詐取財物罪」，遭到羈押禁見。最高法院檢察署特別偵查組調查發現，邱義仁疑似在2004年擔任國家安全會議秘書長期間執行機密外交工作「安亞專案」，在執行完畢後仍向外交部表示，為了繼續該專案，請求核撥五十萬美元；外交部因此撥付五十萬美元旅行支票，事後有部分支票在海外賭場兌現[24]。

監察院調查後，彈劾邱義仁逾越權限指示黃志芳辦理中華民國與巴布亞紐幾內亞共和國建交事宜，嚴重斲傷政府形象，違失情節重大，於2009年8月17日發佈：經公務員懲戒委員會議決，「邱義仁、黃志芳均撤職，並各停止任用貳年。」[25]

但包括前民進黨立委林濁水在內的許多泛綠人士都認為此案很可能非貪污，檢調單位調查有問題，並要求法官公正判決。

2011年8月30日，臺北地方法院宣判安亞專案外交機密款一案，邱義仁、前外交部次長高英茂均無罪。法官於判決書指出：

1. 旅行支票上所兌現的日期，邱義仁未出國。
2. 前國安會副秘書長柯承亨確實於支票兌現日期出境，且對方經手者、中間聯繫人均有在收據上簽名，認定支票確實已交由收受人，未被侵占詐領。
3. 邱義仁並非外交部人員、高英茂也非外交部的業務單位，查無證據能證明邱高二人故意違反《外交部機密經費審核及未送審憑證保管作業注意事項》，難認定邱高二人有施以詐術領取款項的犯行。[26]。

2012年6月，高等法院再審理認定，台灣加入世界贸易组织後，希望秘書長蘇帕清協助中華民國排除中國藉機矮化台灣，該外交款項確實運用在中華民國為確保參與國際組織時名稱不遭矮化，屬公款公用，無貪污事證，仍判兩人無罪。邱義仁辯護律師高涌誠痛批，高院再判無罪，凸顯特偵組的起訴草率，將在本案無罪定讞後，針對邱義仁遭羈押部分，提出刑事補償聲請。[27]

在偵辦「安亞專案」機密款案件時，特偵組搜查邱義仁住處，發現鐽震案報告文件。當時邱義仁回簽，是在2008年卸任後，由國防部部長蔡明憲在住處交付。2014年8月，高檢署認定蔡明憲把國防部的軍事機密文件交給已卸任的邱義仁，依違反《國家機密保護法》起訴蔡明憲與邱義仁。蔡明憲在法庭上表示，在邱義仁卸任前，鐽震案報告就已經提出，依規定提交給行政院正、副院長以及立法院院長，邱義仁當時仍擔任行政院副院長，非在卸任後才交付。2015年8月，高等法院法官認為邱義仁當時記錯了，判決兩人無罪。高檢署上訴後，2015年11月，最高法院駁回上訴，無罪定讞。

2020年1月9日，國民黨義務副秘書長蔡正元與大陸商人孫天群指稱，指使王立強炮製共諜案的是邱義仁。[28]對此，民進黨立委管碧玲與莊瑞雄召開記者會反駁，轉述邱義仁的話「這輩子沒有去過澳洲」。[29]

2020年10月12日，邱義仁在美國乔治城大学視訊會議中說，台灣人民對兩岸關係的務實，不會選出瘋子領導人，「台灣任何務實的政治人物，除非瘋了，都不會推台獨」，「哪怕如陳水扁，最後也會踩煞車」。10月15日，民進黨國際事務部主任羅致政說明，邱義仁的說法沒有違背蔡英文一貫的立場、也與目前民進黨的兩岸與外交政策沒有衝突，「我們不會在這個地方製造任何衝突，也不會有任何挑釁的動作」[30]。

10月16日，中國國民黨中央委員會政策委員會專員呂謦煒說，邱義仁說「除非瘋了，否則都不會推動台獨」，羅致政幫腔「台灣不會躁進」，這些說法接近國民黨立場，「民進黨該還給國民黨跟中華民國公道了吧」[31]。10月19日，國立東華大學教授兼喜樂島聯盟主席施正鋒批評，邱義仁「一個堂堂執政黨的代表」卻在國際會議「被逼供」，民進黨公然背叛台灣人的寄望[32]。10月20日，呂秀蓮在Yahoo奇摩發文，質疑號稱「台獨戰略專家」的邱義仁「向中共表什麼態、交什麼心」，並要求邱義仁說明為何在三一九槍擊事件 記者會露出微笑[33]。11月13日，精神科醫師林進嘉說，民進黨追求不統不獨的立場已經非常清楚，民進黨以為不統不獨是台灣主流民意，「為求己身權力而迎合之」，無法再為理想引領風潮[34]。

2021年7月4日，陳水扁主持的「微微笑廣播網」節目《有夢上水》訪問邱義仁。陳水扁問，邱義仁曾經與林濁水反對民進黨修改台獨黨綱，為何2020年邱義仁在喬治城大學視訊會議說出那樣的話？邱義仁說，他在喬治城大學視訊會議說的是「宣布台灣獨立，現在不適當」，台獨是民進黨的目標與理想，但要修改什麼，茲事體大。陳水扁附和邱義仁，說「這是我們的神主牌耶」。邱義仁說，政府要考量實際上的對外關係，台灣「宣布獨立」這個事情「說起來很殘酷，要考慮國際形勢，要考慮中國可能的作為」；如果台灣現在要宣布獨立，不但引起大家緊張，台灣內部也不和，「甭說中國會打我們，據我的了解：美國根本就不贊成。台灣作為法律上獨立的國家，已經不是台灣人民自己可以決定的事情。」邱義仁說，「黨有這個目標，是有價值的；但現實上，要考慮國際情勢包括美國反應，跟國內情形。現實跟理想中間怎麼去努力，這是我講那些話主要要提醒的目的。」[35]同日，台灣民意教育基金會董事長游盈隆表示，邱義仁等於宣布台獨運動是一個危險且失敗的政治運動，「而這竟然是民進黨二次執政後的結論」[36]。

7月5日，中國國民黨主席江啟臣表示，按照邱義仁的說法，台獨不可行，台獨會引發緊張、衝突、甚至戰爭，連美國都反對台獨，那麼為何民進黨還要欺騙台灣人民；蔡英文身為中華民國總統，應該公開宣示並且正告邱義仁，要捍衛中華民國、反對台獨。民進黨立委劉世芳說，邱義仁的說法並未脫離〈台灣前途決議文〉。民進黨立委許智傑說，美國不是不支持台獨，而是「時機未到」[37][38]。

7月6日，施正鋒表示，不少人認為，台灣有國旗、國歌、憲法、政府及軍隊，所以是國家；但是，這些只是「國家打造」。施正鋒批評，即使台灣再怎麼民主化，台灣看人臉色、任人擺布，連起碼的實質自主都沒有，遑論法理獨立；公然高舉免戰牌，儼然葉名琛，擦脂抹粉，掩飾不了小媳婦的心態[39]。同日，國民黨副秘書長黃奎博表示，「不支持台獨」是多年可見的美國官方立場，邱義仁非常坦白地向民進黨與台獨支持者交代台獨的困境；以邱義仁與民進黨政權關係之深，邱義仁的言論一定經過縝密計算，在中共政權與美國雙重壓力下，向中共政權喊話、也向美國交心[40]。

7月9日，台灣民族黨總顧問劉重義批評，民進黨不但沒有推動台獨的意願，反而強力阻止台灣民間推動對台獨有利的活動，「這種無民族尊嚴的台灣本土政黨，會將台灣帶上南越的死路」[41]。

7月25日，陳水扁在《有夢上水》訪問立法院院長游錫堃，兩人認為邱義仁的觀點比較現實面，目前美國不同意、不支持台灣獨立，「邱沒講錯，但確實有想像空間」[42]。

2023年9月27日，民進黨創黨元老魏耀乾在民進黨「創黨先進聯誼餐會」會場外批評，邱義仁、賴清德等新潮流系政治人物宣稱「誰再主張台灣是一個主權國家，就是瘋子」。