阿斯加德古菌

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  阿斯加德古菌的代謝途徑，因生物所屬的門而異[21]
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  阿斯加德古菌的代謝途徑，因環境而異[21]

阿斯加德古菌一般是專性厭氧菌；然而卡瑞古菌門（Kariarchaeota）、葛德古菌門（Gerdarchaeota）與霍德爾古菌門（Hodarchaeota）可能是兼性厭氧菌。[22] 這些生物使用伍德－隆達爾代謝途徑並進行糖酵解；這門的生物可能是自營生物、異營生物或者使用太陽視紫紅質的光營生物；[21]而其中的一種生物Prometheoarchaeum syntrophicum與一種減硫變形菌和一種產甲烷古菌互養。[19]

阿斯加德古菌的RuBisCO不用於固碳，但可能用於核苷酸的补救合成。[21]

在2017年，研究發現海姆達爾古菌有著N-末端核心組蛋白尾（N-terminal core histone tails），而這特徵先前被認為只存在於真核生物上；之後在2018年，學者發現有兩個阿斯加德古菌超门以外的門的古菌也有這樣的組蛋白尾。[23]

在2020年一月，科學家發現說洛基古菌門的生物Prometheoarchaeum syntrophicum與兩種細菌互養，考慮這與共生體學說的相似性，他們認為這種關係與簡單原核微生物與複雜真核微生物在大約二十億年發生的事之間有所關聯。[24][19]

在上述的場景中，真核生物位於阿斯加德古菌超門的分類樹的深處，而比起洛基古菌等，真核生物與海姆達爾古菌更為接近，一些人提議說應該把海姆達爾古菌分成多個类群（海姆達爾古菌門、卡瑞古菌門、葛德古菌門與霍德爾古菌門等）。真核生物可能是前述的四個群體與悟空古菌門（Wukongarchaeota）的姊妹群，也有可能是整個阿斯加德古菌超门的姊妹群。目前學界較偏好互養場景，也就是兩類有生物彼此互相滋養的場景，在這種狀況下，真核生物可能是阿斯加德古菌嵌入某種未知的細菌、並因此發展成細胞核所致；而某種嵌入這複合體的α-變形菌則變成粒線體。[29]

以下的分類架構是基於命名中出現的原核生物名稱列表（LPSN）[30]和美國國家生物技術資訊中心（NCBI）的說法而生的，該架構如下：[31]

• 弗雷古菌門（Freyrarchaeota，尚未確定）Caceres 2019 ex Xie et al. 2021
• 弗麗嘉古菌門（Friggarchaeota，尚未確定）Caceres 2019
• 葛馮古菌門（Gefionarchaeota，尚未確定）Caceres 2019
• 伊登古菌門（Idunnarchaeota，尚未確定）Caceres 2019
• 尼約德古菌門（Njordarchaeota，尚未確定）Xie et al. 2021
• 西格恩古菌門（Sigynarchaeota，尚未確定）Xie et al. 2021
• 提爾古菌門（Tyrarchaeota，尚未確定）Xie et al. 2021古菌門（）

• 希芙古菌綱（Sifarchaeia）Sun et al. 2021
  • 包爾古菌目（Borrarchaeales）Liu et al. 2020
    • 包爾古菌科（Borrarchaeaceae）Liu et al. 2020
      • （候選分類）包爾古菌屬（Borrarchaeum）Liu et al. 2020
  • 希芙古菌目（Sifarchaeales）Sun et al. 2021
    • 希芙古菌科（Sifarchaeaceae）Sun et al. 2021
      • （候選分類）希芙古菌屬（Sifarchaeum）corrig. Farag, Zhao & Biddle 2020

• 悟空古菌綱（Wukongarchaeia）Liu et al. 2020
  • 悟空古菌目（Wukongarchaeales）Liu et al. 2020
    • 悟空古菌科（Wukongarchaeaceae）Liu et al. 2020
      • （候選分類）悟空古菌屬（Wukongarchaeum）Liu et al. 2020

• 海姆達爾古菌綱（Heimdallarchaeia）
  • 葛德古菌目（[Gerdarchaeales）（JABLTI01）
  • 海姆達爾古菌目（Heimdallarchaeales）
  • 霍德爾古菌目（Hodarchaeales）Liu et al. 2020
    • 霍德爾古菌科（Hodarchaeaceae）Liu et al. 2020
      • （候選分類）霍德爾古菌屬（Hodarchaeum）Liu et al. 2020
  • 卡瑞古菌目（Kariarchaeales）Liu et al. 2020
    • 卡瑞古菌科（Kariarchaeaceae）Liu et al. 2020
      • （候選分類）卡瑞古菌屬（Kariarchaeum）Liu et al. 2020

• 嬌德古菌綱（Jordarchaeia）Sun et al. 2021
  • 嬌德古菌目（Jordarchaeales）Sun et al. 2021
    • 嬌德古菌科（Jordarchaeaceae）Sun et al. 2021
      • （候選分類）嬌德古菌屬（Jordarchaeum）Sun et al. 2021

• 奧丁古菌綱（Odinarchaeia）
  • 奧丁古菌目（Odinarchaeales）
    • 奧丁古菌科（Odinarchaeaceae）
      • （候選分類）奧丁古菌屬（Odinarchaeum）Tamarit et al. 2021

• 巴德爾古菌綱（Baldrarchaeia）Liu et al. 2020
  • 巴德爾古菌目（Baldrarchaeales）Liu et al. 2020
    • 巴德爾古菌科（Baldrarchaeaceae）Liu et al. 2020
      • （候選分類）巴德爾古菌屬（Baldrarchaeum）Liu et al. 2020

• 索爾古菌綱（Thorarchaeia）
  • 索爾古菌目（Thorarchaeales）
    • 索爾古菌科（Thorarchaeaceae）（MBG-B）

• 赫爾莫德古菌綱（Hermodarchaeia）Liu et al. 2020
  • 赫爾莫德古菌目（Hermodarchaeales）Liu et al. 2020
    • 赫爾莫德古菌科（Hermodarchaeaceae）Liu et al. 2020
      • （候選分類）赫爾莫德古菌屬（Hermodarchaeum）Liu et al. 2020

• 洛基古菌綱（Lokiarchaeia）corrig. Spang et al. 2015
  • 赫爾古菌目（Helarchaeales）
  • 洛基古菌目（Lokiarchaeales）Spang et al. 2015
    • 洛基古菌科（Lokiarchaeaceae）Vanwonterghem et al. 2016
      • （候選分類）洛基古菌屬（Lokiarchaeum）corrig. Spang et al. 2015 (MBGB, DSAG)
    • MK-D1古菌科（MK-D1）
      • （候選分類）普羅米修斯古菌屬（Promethearchaeum）corrig. Imachi, Nobu & Takai 2020

一些與阿斯加德古菌相關的、科層級的病毒已藉由宏基因組發現；[32][33][34]運用CRISPR片段比對病毒相對應的相鄰間隔原基序，這些病毒被認為與洛基古菌、索爾古菌、奧丁古菌、海姆達爾古菌有關。其中兩類病毒與感染細菌和細菌的、具有二十面體衣殼和螺旋尾的有尾噬菌體目相關；[32][34]另外兩類病毒則與具有二十面體衣殼但無尾的、感染細菌和細菌的多變去氧核糖核酸病毒域是遠親；[32][33]而第三類病毒則與帶有檸檬形病毒顆粒、專門感染古菌的病毒相關。[32][33]這些病毒在深海沉積物以及[32][34]黃石公園的地上熱泉中發現。[33]所有的這些病毒其序列與已知病毒的序列間的相似性非常低，但和其他已知的原核細菌相關，[35]而與真核生物的細菌無關。[36][32]

除了病毒外，現在透過CRISPR片段比對也已發現一些隱秘的、可能和洛基古菌門、索爾古菌門以及海姆達爾古菌門相關的可動遺傳因子，[32][37]這些可動遺傳因子並不轉譯成可辨識的病毒蛋白，且可能代表新種的病毒或質體。