馬爾他騎士團

• 大教長（The Prince and Grand Master）：由國務委員會選舉出，終身職。大教長必需奉獻自己投入組織事務，並且是全體成員對宗教虔誠信仰的表率，與政務會議同為行政中樞。大教長的行政權限並不包括公佈騎士團憲章、政府令、醫療事務及向教宗報告騎士需求、選舉政務議員、締結國際條約及召開大議會。與騎士團有建立外交關係的國家均承認大教長為騎士團最高領袖，其頭銜是由宗座所贈與的，且羅馬天主教會賦予其樞機地位。現任大教長為馬可·盧扎戈。
• 事務大臣（The Grand Commander）：職責為傳播信念、監督管理各教區之騎士與女爵及向教宗報告騎士團事務，同時也管理總部馬爾他宮周圍之禮拜堂和朝聖事務，也簽署公文和大教長之無法律效力文件。
• 外務大臣（The Grand Chancellor）：職掌內政及外交，負責對外一切事務及他國或第三團體與政府溝通的中間人。
• 醫務大臣（The Grand Hospitaller）：職掌衛生、社會、人道援助及國際合作事務，是各地修道院、國際分會及其他組織負責人道援助的最高指揮官，並確保天主教受到尊重。
• 財務大臣（The Receiver of the Common Treasure）：職掌財政與預算事務，負責組織與各地分會合作之開銷並監督審計部。財務大臣需向審計部和大教長做經濟、財政和預算報告，並將訊息傳給政務會議，同時也監督組織財產收納、宴請支出及捐獻收入，大教長的禮物也由財務大臣管理，另外騎士團之郵政、居住、科技事務、馬爾他宮和其他財產建築也由財務大臣督導。

其政府係由以下機關所組成：

• 國務委員會（Council Complete of State）：主要是選舉大教長或大教長代理人，根據憲章第二十三條表示，選舉係不記名投票，獲過半票數者即當選。擁有投票權的成員為大教長代理人或過渡期大教長、政務議員、主教、修道院長、法警及兩名代表小型修道院的騎士和十五名國際分會的代表。
• 大議會（General Chapter）：主要是每五年召開選舉政務議員、政策委員及審計員，負責修改及討論憲章及法規和一些重要性議題如宗教地位、人道醫療計畫及對外關係事務。大議會係由各修道院正副院長及各國際分會代表組成。
• 政務會議（Sovereign Council）：是騎士團的行政中樞，由大教長、事務大臣、外務大臣、醫務大臣及財務大臣和由大議會選出之六名成員共11人組成。政務會議由大教長召開，每年最少六次或有特別要求亦需開會。
• 政府委员会（Government Council）：只是政務議會的建議委員會，提供政治、宗教、醫療合作及外交事務的方案，主席亦為大教長，每年最少召開兩次會議。委員會由六個經大議會於不同地域選出的騎士組成。
• 審計部（Board of Auditors）：負責監督及查核組織收入、支出及財產，由部長、四名常任委員及兩名非常委員組成，由大議會選出合法且富有專業經濟及財政背景的騎士組成。審計部同時也是財務大臣的建議委員會。
• 傳播部（Communications Board）：監督組織內部及外部之傳播活動，並協助外務大臣之發展宣傳事務，由部長及六名由組織選出在傳播、管理、公共關係和媒體事務等領域有專業能力的委員。

2005年紀念医院骑士团的古裝遊行

• 法務辦公室（The Office of Advocate General）：是根據法規成立的合法協調機關，由獨立且熟悉組織事務的專業法學家及學者組織，成員為法務長和兩名辦事員，三者均由大教長指派並經政務議會同意任命，每三年選舉一次。每當組織碰到特別複雜法律事務或必要案件時均需向該辦公室尋求協助。

• 司法委員會（Juridical Council）：負責提供大教長有關司法方面之專業知識，也是政務會議的司法諮詢機構。由正副主席、秘書長和四名委員組成，其成員均由政務會議向大教長推薦任命，被推薦的騎士在憲章、國際法及教規方面都有專業學問。
• 獨立法院（Magistral Courts）：由院長、法官及陪審團所組成，其人選由大教長指派且經政務議會同意任命，審判常規依照教廷之規定，若國際法及憲章未提及之要求，獨立法院通常也是國際糾紛的仲裁機關。