馬文君

慶富造船在2014年得標合約353億元的獵雷艦標案，負責承製六艘獵雷艦。2016年7月，馬文君開始質疑慶富公司的財務問題，提醒國防部注意慶富造船不實增資、惡意脫產等財務狀況，並提案凍結獵雷艦十分之一預算，此提案獲得立法院通過[3][4]。

馬文君等數名立法委員發現國防部在立法院預算未通過前，就先違法挪用其它軍備計畫預算，提早撥款24億給慶富造船[5]。海軍司令部宣稱因為慶富造船進度提前，避免違約依約支付，此說法隨即遭到立法委員反駁，因為合約明文保障「國防部無義務提早支付款項」，根本沒有違約的問題[6][7]。

2020年10月，立法院預算中心指出海鯤級潛艦籌建計畫累積編列預算已達277億占總經費的56.29%，但需要向國外採購的81項主裝備中仍有34項未獲輸出許可，允宜妥思其「潛藏風險」[8]，然而海軍司令部先前卻聲稱技術輸出許可都拿到，說法反覆，遭到外界質疑[9][10]。因此，馬文君、溫玉霞、江啟臣、呂玉玲、羅致政等五位立法委員提案凍結部分預算[11]，馬文君提案凍結相關預算30億元，要求國防部提出報告經立法院同意後始得動支[12][13]，然而此舉卻引發部外界批評在阻撓國造潛艦[14]，該提案遭到民主進步黨反對並未通過。對此，馬文君回應「凍結預算並非刪除預算，待拿到技術輸出許可就能解凍預算，立委有權力與義務要求行政部門交代清楚」，認為自己「忠實履行立委職務，問心無愧」[15][16]。馬文君又稱「國造潛艦恐變鐵棺材」，國防部回應稱負面稱呼對士氣有負面影響，呼籲各界理性討論國防安全議題，共同支持國軍建軍備戰的工作[17]。

2023年9月，國造潛艦專案小組召集人黃曙光在受訪時稱「有一個立委一直在搞」，但並未說出該立法委員為何人。而前海軍顧問、軍火商人郭璽則直接指控馬文君將國造潛艦資料交予他國，涉嫌叛國[註 1]，表示自己若掌握證據，將考慮對她提告[18]。立法委員趙天麟聲稱馬文君在機密會議當中抄筆記並且攜出會場，但遭到馬文君否認並要求拿出證據[19]。馬文君認為黃曙光依法應立刻向檢調告發，並呼籲檢調應主動偵查[20][21]。馬文君則向郭璽提告加重誹謗，並表示郭璽應拿出具體證據，而非影射[22]。前海軍艦長黃征輝在10月4日受訪時稱馬文君有將3千個檔案交給韓國台北辦事處[23]。王定宇指馬文君在潛艦機密會議中撥打手機，疑似轉述報告內容，馬文君否認有在機密會議打電話及稱爆料者說謊，不過王定宇於10月12日在立法院稱馬文君涉嫌打電話的機密會議是在2019年3月28日全體委員出席的機密專報，參與推動潛艦國造的海軍中將邵維揚也在立法院證實見到某位委員使用類似手機的工具進行通訊[24]，由於會議上報告的資料屬於機密，因此他立即請海軍同仁勸阻，並且向會議召委王定宇報告有委員使用手機[25]。

司法程序

2023年10月2日，民進黨立委參選人吳崢等人告發馬文君涉外患罪，高檢署列他字案被告[26]。

2023年11月17日，馬文君以他字案被告身分到高檢署出庭，經過訊問後獲檢察官請回。馬文君回應她行使立委職權監督國政，相信司法會還她清白。[27]。