16S 核糖体RNA

已知16S rRNA具有如下几项功能：

• 16S rRNA具有与原核生物核糖体大亚基中的23S rRNA相似的结构决定功能，可作为核糖体蛋白质结合的架构。在足量Mg²⁺存在下分离到的16S rRNA处于紧密状态，其空间结构与30S亚基的大小和形状十分相似。[4]
• 16S rRNA的3'端含有能与mRNA上游AUG起始密码子通过氢键结合的反夏因-达尔加诺序列。另有发现表明，16S rRNA中1,505－1,539的CCUCC序列与mRNA的相应序列有互补关系。[4]
• 16S rRNA能通过氢键与23S rRNA结合，增强原核生物70S核糖体一大一小两个亚基（50S亚基与30S亚基）结合时的稳定性。
• 16S rRNA能通过其1,492及1,493的腺嘌呤残基（参见嘌呤分子结构图解）的N1原子与mRNA骨架上的2'OH基团之间产生氢键，使核糖体A位密码子－反密码子的碱基互补配对稳定化。

由于不同种的真细菌与古细菌间的16S rRNA基因（16S rDNA）是高度保守的[5]，16S rDNA常被用于对各种生物进行的系统发生学方面的研究[6]这种运用16S rRNA对生物进行系统发生学研究的方法由卡尔·沃斯（Carl Woese）开创[7]。另外，线粒体和叶绿体中的rRNA也都被扩增了。在获得能提供系统发育学信息的16S rRNA分子时需要利用通用PCR引物对16S rRNA分子进行扩增。16S rRNA序列的对比分析需要在这类“通用引物”的脱氧核糖核酸分子的辅助下完成，这类分子具有如下序列：

• 8UA正向：5'-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3'
• 519B反向：5'-GTA TTA CCG CGG CKG CTG-3'
• 反向：ACG GCT ACC TTG TTA CGA CTT

这类引物因并未在近期发现的几种属于纳古菌门（Nanoarchaeota）的热液古菌[8]中分离识别出来，也被称为准通用引物。

因为它存在于大多数微生物并显示适当的变化，16S rRNA基因被用作分类鉴定微生物的标准。大多数细菌和古细菌的16S rRNA基因序列型菌株可在公共数据库得到，例如NCBI数据库。然而，在这些数据库中发现的序列的质量往往没有验证。因此，只收集16S rRNA序列辅助数据库被广泛使用。最经常使用的数据库如下：

1： EzTaxon-e. https://web.archive.org/web/20130928154318/http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ [21]

2：核糖体数据库项目。http://rdp.cme.msu.edu/（页面存档备份，存于） 核糖体数据库项目(RDP)。

3： SILVA. [22]

4： Greengenes. Greengenes是基于新生系统发生，提供了标准的操作分类单元集的质量控制，全面的16S参考数据库和分类。该网站的官方主页是http://greengenes.secondgenome.com，并在Creative Commons许可BY-SA3.0许可[23][24]。

• （英文）University of Washington Laboratory Medicine: Molecular Diagnosis | Bacterial Sequencing（页面存档备份，存于）
• （英文）核糖体数据库计划（页面存档备份，存于）
• （英文）核糖体（页面存档备份，存于）
• （英文）SILVA数据库（页面存档备份，存于）
• （英文）greengenes数据库
• （英文）eztaxon-e数据库