2021年中華民國全國疫情第三級警戒

2019年末，嚴重特殊傳染性肺炎已知的首名病人於中國武漢市[10][註 1]确诊，其后此病在全球蔓延，导致了一场持续的疫情，成为人類歷史上致死人數最多的流行病之一。

2020年1月15日，衛生福利部疾病管制署將此肺炎列為第五類法定傳染病[13]。

2020年1月16日，大陸委員會提升中國大陸武漢市旅遊警示級別。

2020年1月20日，衛生福利部成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」。

2020年4月6日，中央流行疫情指揮中心訂定〈「COVID‐19（武漢肺炎）」阻絕社區傳染策略〉，將境外移入後之社區感染管制階段分為「第一級 過渡期」、「第二級 警戒期」、「第三級 管制期」[14]。

2021年1月21日，中央疫情指揮中心針對境外移入後之本土疫情訂定公告《疫情警戒標準及因應事項》，將疫情警戒狀態分為分為第一、二、三、四級，數字愈高管制措施愈嚴格[15]。

5月，由於爆發萬華茶藝館衍生感染事件以致陸續提升疫情警戒（已知相關案例之發病日至遲可溯及4月23日[16][17]）。

5月11日，出現7例本土染疫個案，中央疫情指揮中心宣布將疫情警戒由第一級「出現境外移入導致之零星社區感染病例」立即提升至第二級「出現感染源不明之本土病例」，並實施相關限制措施[18]。

5月15日，新增180例本土個案（主要集中在臺北市萬華區[19]），指揮中心宣布臺北市、新北市提升疫情警戒至第三級。

5月19日，由於社區傳播及本土病例人數持續擴大，指揮中心宣布全國提升疫情警戒至第三級。

中央流行疫情指揮中心於2021年5月19日表示，自是日起至5月28日止提升全國疫情警戒至第三級，並強調，目前尚無升四級之必要，並將採取相關應變措施，強化防疫量能[21]：

1. 全國標準一致，地方政府一體執行，以指揮中心發布之指引與標準貫徹執行。地方政府若有資源及人力不足之處，指揮中心全力協調、協助。
2. 指揮中心邀集地方政府每日召開全國防疫會議，由中華民國內政部政務次長兼疫情指揮中心副指揮官陳宗彥、衛生福利部常務次長石崇良主持，整合防疫資源、檢視執行進度、駁斥錯誤不實訊息，會議後將增開一場記者會，由副指揮官陳宗彥澄清錯誤不實訊息。
3. 醫療量能充足，民眾不必擔心，持續提升4大醫療量能，中央政府全力支援地方政府需要：
   1. 篩檢站：在熱區點增加篩檢站，再次要求地方政府對有症狀者開設「綠色通道」，也再次要求地方政府須於第一時間（確診後6小時內，深夜時間除外），將確診患者依症狀分級，送至集中檢疫所或醫療院所。
   2. 防疫旅館：截至5月18日止，全國防疫旅館房間數共有17,789間，已入住10,501間，使用率達到59.03%；要求地方政府持續擴充防疫旅館數量。
   3. 集中檢疫所：目前有39所，共4,500間，已使用2,500間，仍有2,000間空餘，將再持續盤整增加約2,000間，確保在任何時間都有房間供緊急使用。
   4. 專責及應變醫院：已啟動全國專責醫院及傳染病防治醫療網網區/縣市應變醫院，共可提供專責病室2,412間及負壓隔離病室1,068間，並要求其他所有收治醫院按照指揮中心應變機制，全面擴大專責病房數量。

2021年5月26日，因應部分民眾蓄意違反相關規定，指揮中心宣布強化相關措施及裁罰標準：[30]

1. 民眾外出時應全程佩戴口罩，一經查獲有違反情事，不再勸導，逕予開罰。
2. 經公告應關閉之休閒娛樂場所，將嚴查不得營業；查獲違法營業者，對業者、現場執業人員、消費及聚會者，依法分別裁罰。
3. 全國餐飲業一律外帶，賣場及超市加強人流管制，並呼籲民眾少去多買，一次購足。
4. 結婚不宴客，喪禮不公祭。
5. 宗教集會活動全面暫停辦理，宗教場所暫不開放民眾進入。

當時指揮中心提醒，外出時有飲食需求者，得在與不特定對象保持社交距離或有適當阻隔設備之情形下，於飲食期間暫時取下口罩。