5-羟甲基胞嘧啶

5-羟甲基胞嘧啶（5-Hydroxymethylcytosine，簡稱5hmc）是生物DNA中由胞嘧啶（C）衍生而來的一種核鹼基，其化學式為C₅H₇N₃O₂[1]，可能有調控基因表現的功能，為表觀遺傳學上重要的鹼基。5hmc最早於1952年在噬菌體DNA中被發現[2][3]，可能為噬菌體避免被細菌限制酶切割的一種機制，有些細菌則演化出可切割含5hmc序列的限制酶（如PvuRts1I）[4]。1972年此鹼基首度在哺乳類DNA中被發現，2009年有研究在人類與小鼠的腦組織DNA和胚胎幹細胞的DNA中發現5hmc[5][6]，目前已知大多數的哺乳類細胞中可能均含有5hmc，但含量不一，在中樞神經系統的神經元[7][8][9]及原生殖細胞[10]中較多，且含量可能因年齡而變化[7][11]。5hmc的具體功能尚不清楚，可能與DNA去甲基化（促進基因表現）有關[12][13]。

5-羟甲基胞嘧啶
IUPAC名 4-Amino-5-(hydroxymethyl)pyrimidin-2(1H)-one
识别
CAS号	1123-95-1  Y
PubChem	70751
ChemSpider	63916
SMILES	C1=NC(=O)NC(=C1CO)N
InChI	1/C5H7N3O2/c6-4-3(2-9)1-7-5(10)8-4/h1,9H,2H2,(H3,6,7,8,10)
InChIKey	RYVNIFSIEDRLSJ-UHFFFAOYAT
ChEBI	76792
性质
化学式	C5H7N3O2
	141.13 g/mol g·mol⁻¹
若非注明，所有数据均出自标准状态（25 ℃，100 kPa）下。

2012年，芝加哥大學的何川實驗室發表了可對基因組中5hmc進行測序的技術TAB-seq[14][15]。