JR東海313型電聯車

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  4輛編成的0番台（Y14編成）
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  2輛編成的300番台（Y45編成）

15 個4 車編組（共60 輛車），由近畿車輛 、日本車輛和東急車輛製造於1999 年 7 月至 9 月，車內採用橫向配置翻背椅。 [2]

近畿車輛、日本車輛、東急車輛于 1999 年 9 月制造的 16的雙車編組（共32 辆），配备橫向配置翻背椅。 [2]

東海道線 (名古屋地區)用車。至2021年4月1日，大垣車輛區配置4輛編成15列（60輛、Y1 - Y15編成）及2輛編成15列（32輛、Y31 - Y46編成）共31列・92輛。2輛編成稱作300番台。

1000番台

中央線 (名古屋地區)用車。至2022年3月14日，神領車輛區配置4輛編成3列（12輛、B1 - B3編成）、大垣車輛區配置3輛編成3列（9両、J151 - J153編成），共6列・21輛。3輛編成稱作1500番台。

飯田線・御殿場線・身延線用車。至2021年4月1日，靜岡車輛區配置2輛編成12列（24輛、V1 - V12編成），大垣車輛區配置2輛編成16列（32輛、R101 - R116編成）共28列・56輛[3][4]。大垣區所屬車於2012年3月前隸屬神領車輛區，曾服務中央本線・篠之井線（中津川站 - 松本站）關西線 (名古屋地區)。

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  3000番台（R107編成）
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  3000番台車内

為了營運中央線名古屋地區的快速列車「Central Liner」而製造。全編成為3輛組成。1999年12月4日開始營運，共新製3輛4列（12輛）。其後因大獲好評而在2001年加製3輛2列（2次車6輛）。

2022年3月11日結束在名古屋地區營運，在12日全車輛由神領車輛區轉屬靜岡車輛區[5]。

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  8000番台 B204編成
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  設置遮風板的車内
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  可轉向座位
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  固定座位
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  優先席與洗手間
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  車内案内表示器（轉屬靜岡車輛區後）

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  二種類的前照灯
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  側面的目的地表示器
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  洗手間與無障礙空間

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  1600番台 B104編成
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  1100番台車内

中央線 (名古屋地區)用。至2022年3月14日，神領車輛區配置4輛編成2列（8輛、B4 - B5編成），大垣車輛區配置3輛編成4列（12輛、J161 - J164編成），共6列20輛[3][4]。クハ312形以外的4輛編成稱作1100番台、3輛編成稱作1600番台。クハ312形稱作400番台。

1700番台 B153編成

為替換行駛經由飯田線前往長野，由行駛快速「水篶」直通列車隸屬靜岡車輛區的115系而登場。至2022年3月14日，大垣車輛區配置3輛編成3列（9輛、J171 - J173編成）[3][4]。由於與先前的1000番台增備車設備不同，因而稱作1700番台。

考慮到在寒冷地區運用，分別設有可由乘客控制的半自動門以維持車內温度的功能，兩個集電弓以防止結霜，及除雪器。亦搭載電阻制動器，及噴沙裝置以應對高斜度。其他性能與基本車一樣。クハ312形雖然與基本性能車同樣稱為400番台，但有上述的功能。

東海道線 (靜岡地區)用，2006年12月2日開始營運。以下2種皆能與211系5000・6000番台併結運用。車內配色以藍色作基調，座位與211系同樣使用縱向式。考慮到在寒冷地區運用，設有可由乘客控制的半自動門以維持車內温度。
由於靜岡車輛區配置的211系全編成不設洗手間，原則上會與211系併結營運。

2500番台（T15編成）

至2021年4月1日現在，靜岡車輛區配置3輛編成17列（51輛、T1 - T17編成）[3][4]。稱作2500番台，營運東海道線 (靜岡地區)。然而，只限クハ312形會跟後述的電阻制動搭載車同功能一樣稱為2300番台。

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  2600番台 N8編成
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  2300番台車内

至2021年4月1日現在、靜岡車輛區配置3輛編成10列（31輛、N1 - N10編成），2輛編成9列（18輛、W1 - W9編成）共19列48輛[3][4]。3輛編成稱作2600番台，2輛編成稱為2300番台，行駛身延線・御殿場線。由於クハ312形基本上同規格，一致稱為2300番台。座席為縱向式。

2輛編成中，有2列列車搭載除霜集電弓2台，此編成的クモハ313形稱為2350番台。冬季時只會行駛身延線、御殿場線系統。

3100番台

身延線・御殿場線用車。至2021年4月1日，靜岡車輛區配置2輛編成2列（4輛、V13 - V14編成）[3][4]。稱作3100番台，行駛御殿場線・身延線。

除了上述的增備車共通事項，以及製造當初就搭載集電弓2台以外，基本上與3000番台初期車同一規格。

運用（V編成）

2006年8月7日開始營運，當初運用於身延線中心以替換123系。同年10月1日時刻表修訂，開始與3000番台初期車共通運用，駛入御殿場線。

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  5000番台（Y112編成）
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  5000番台車内
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  車間連接

東海道線 (名古屋地區)用車。2021年4月1日現在、大垣車輛區配置6輛編成12列（72輛、Y101 - Y112編成）[3][4]。搭載SIV與BAT的中間車稱為5300番台（参照形式一段）。

除了上述增備車共通事項以外與0番台基本一樣，唯本番台的座位可以轉換方向。

JR東海在新幹線700系電車實用化的半主動懸掛與車体間阻尼亦有應用在本番台，希望能改善高速行駛時的車輛穩定性及乘車感。另外考慮到列車數少的線區回生制動或會失效，所以搭載了電阻制動。

2017年3月2日早上，Y102編成於安城市内與私家車碰撞[6]，玻璃窗大幅破裂，部分乘降門變形。由於未能從事故現場自力駛走，所以由救援列車（キヤ97牽引）拖走。當時判斷クハ312-5002與モハ313-5302不能復修。2019年9月14日左右，代替新造的クハ312-5102 及 モハ313-5402兩輛，由日本車輌製造豊川製作所陸送至名古屋工場[注 1]。代替的新造2輛，車体構造及内装以後述的5次車為標準，由於被視作修復工程，車內的製造銘板表記繼續寫下2006年。

1100番台 J5編成

控制車（400番台）以外的車卡稱為1100番台。上述之増備車共通事項以外與3次車共通，另搭載了電阻制動。

2010年度（J編成）

2021年4月1日現在、4輛編成7本28輛配置於大垣車輛區[3][4]。

2011年度（B編成）

2021年4月1日現在、4輛編成1本配置於神領車輛區[3][4]。

313-1300系的雙車編組B404（2010年10月）

1000番台組別首次的2輛編成，上記1700番台同樣，クモハ313形備有兩個集電弓以防止結霜。另外關於クハ312形的番台區分，與其他的1000番台組別下使用400番台不同，反而使用跟クモハ313形同樣的1300番台。

運用

• B400編成

2021年4月1日現在、神領車輛區配置2輛編成8列16輛[3][4]。

• B500編成

2021年4月1日現在、神領車輛區配置2輛編成16列32輛[3][4]。

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  一人控制列車車費表示用LCD顯示屏
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  半自動門用的門掣

5000番台 Y116編成

東海道線 (名古屋地區)向之車輛，6輛編成為5000番台（一部分中間車為5300番台），2輛編成的控制電動車為5300番台，以區分控制者5000番台。全部座位為轉向式橫向座位。今次新登場的2輛編成5300番台的「クハ」，與5000番台共通編編號，5018－。然而，5000番台増備車延續了3次車的設計，在車體間裝備ダンパ，5300番台則沒有安裝。

配置

至2021年4月1日，大垣車輛區配置6輛編成5列30輛及2輛編成5列10輛共計40輛[3][4]。

運用

• 6輛編成（5000番台）

行走東海道線掛川站・濱松站 - 米原站間。

• 2輛編成（5300番台）

行走東海道線掛川站・濱松站 - 米原站間的5300番台，會連結0番台／1100番台・5000番台／311系運行，本番台亦可與3000番台・300番台以2 - 3本併結，可代替0番台・5000番台運行。另外，會作為2輛編成，往返飯田線豊橋站 - 水窪站間。

313系5次車的LED照明

性能與4次車一樣，但客室照明燈改用LED，減少耗電。

5次車的1100番台有3編成12輛，2014年10月8日J8編成，12月3日J9・J10編成離開日本車輛製造豐川製作所，送往大垣車輛區。經過試車後，同年11月J8編成，2015年1月J9・J10編成於東海道本線開始營運，與既存的J編成共通運用。至2021年4月1日，大垣車輛區配置4輛編成3列12輛[3][4]。

1300番台 B522編成

5次車的1300番台有8編成16輛，至2021年4月1日，神領車輛區配置2輛編成8列16輛[3][4]。

1. JR東海由日本車輌製造的在來線車輛，通常會自力行駛配送，今次則由貨車運送。。. railf.jp. [2019-09-18]. （原始内容存档于2022-12-26）.