Rc-o319病毒

Rc-o319病毒嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒(SARSr-CoV)的一個病毒株,在日本角菊頭蝠中發現,於2020年11月發表,屬於SARS-CoV-2演化支,全基因組核酸序列與SARS-CoV-2的相似度為81%,是該演化支中與SARS-CoV-2關係最遠的病毒株[1][2]。此病毒是與SARS-CoV-2相關的完整病毒株序列中,首個在中國以外發現者[2],也是首個在中國以外的亞洲國家發現的完整SARSr-CoV病毒株序列[3]

Rc-o319病毒
病毒分類 编辑
(未分级) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
门: 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲: 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 冠状病毒科 Coronaviridae
属: 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亚属: SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种:
毒株
Rc-o319病毒 Rc-o319

發現

2013年,研究人員在日本岩手縣的一洞穴中捕獲四隻角菊頭蝠,初步分析其糞便樣本,發現其中含有乙型冠狀病毒屬病毒的RNA複製酶序列。2020年,研究人員完整定序了樣本中冠狀病毒的基因組,即為Rc-o319病毒[1]

病毒學

Rc-o319病毒在SARSr-CoV中屬於SARS-CoV-2演化支,全基因組核酸序列與SARS-CoV-2的相似度約為81%,以全基因組序列、複製酶序列、刺突蛋白序列繪製的系統發生樹均顯示Rc-o319病毒位於該演化支的基部,是最早分支的病毒株[1][2]

Rc-o319病毒的刺突蛋白中與宿主受體結合的受體結合結構域(receptor binding domain, RBD)有一段長9個胺基酸的缺失,為此病毒所特有,且SARS-CoV-2的RBD中與人類細胞受體血管紧张素转化酶2(ACE2)結合所需的數個重要位點,Rc-o319大都與SARS-CoV-2對應不同胺基酸,顯示前者可能難以與人類的ACE2結合而造成感染。假性病毒實驗(pseudotyping)結果顯示Rc-o319病毒只能與角菊頭蝠的ACE2結合造成感染,無法結合人類、馬鐵菊頭蝠中華菊頭蝠的ACE2,可能尚無法跨越物種障礙而感染其他物種[1]

另外,有別於SARS-CoV與SARS-CoV-2除ACE2外,尚需跨膜丝氨酸蛋白酶2(TMPRSS2)切割病毒的刺突蛋白才能造成感染,Rc-o319病毒的感染則僅需ACE2,不需TMPRSS2[1]

演化樹

SARS-CoV-2與相關病毒株的系統發生樹[4][5] :

Rc-o319 與SARS-CoV-2相似度81 % · 角菊頭蝠 · 日本岩手县 (2013年採集、2020年發表)[1]

SL-ZXC21 88 % · 小菊頭蝠 · 中华人民共和国浙江舟山(2015年採集、2018年發表)[6]

SL-ZC45 88 % · 小菊頭蝠 · 中華人民共和國浙江舟山(2017年採集、2018年發表)[6]

Pangolin-CoV-GX 85.5 % · 馬來穿山甲 · 东南亚 (2017年採集、2020年發表)[7]

Pangolin-CoV-GD 90.1 % · 馬來穿山甲 · 东南亚 (2019年採集、2020年發表)[8]

RshSTT182 92.6 % · 扁顱菊頭蝠 · 柬埔寨上丁省 (2010年採集、2021年發表)[5]

RshSTT200 92.6 % · 扁顱菊頭蝠 · 柬埔寨上丁省 (2010年採集、2021年發表)[5]

RacCS203 91.5 % · 大角菊头蝠 · 泰国差春騷府 (2020年採集、2021年發表)[4]

RmYN02 93.3 % · 馬來亞菊頭蝠 · 中華人民共和國雲南勐臘 (2019年採集、2020年發表)[9]

RaTG13 96.2 % · 中菊头蝠 · 中華人民共和國雲南墨江 (2013年採集、2020年發表)[10]

BANAL-52 96.8 % · 馬來亞菊頭蝠 · 寮國永珍省 (2020年採集、2022年發表)[11]

SARS-CoV-2 100 %

SARS-CoV 79%

  蝙蝠病毒
  穿山甲病毒
  人類病毒

參考文獻

  1. Murakami, Shin; Kitamura, Tomoya; Suzuki, Jin; Sato, Ryouta; Aoi, Toshiki; Fujii, Marina; Matsugo, Hiromichi; Kamiki, Haruhiko; Ishida, Hiroho; Takenaka-Uema, Akiko; Shimojima, Masayuki; Horimoto, Taisuke. . Emerging Infectious Diseases. 2020, 26 (12): 3025–3029. ISSN 1080-6040. doi:10.3201/eid2612.203386.
  2. Mallapaty, Smriti. . Nature. 2020, 588 (7836): 15–16. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/d41586-020-03217-0.
  3. Zhengli Shi. . American Society of Microbiology. 2020-12-18 [2021-01-18]. (原始内容存档于2022-05-08).
  4. Wacharapluesadee S, Tan CW, Maneeorn P, Duengkae P, Zhu F, Joyjinda Y, et al. . Nature Communications. February 2021, 12 (1): 972. PMC 7873279可免费查阅. PMID 33563978. doi:10.1038/s41467-021-21240-1可免费查阅.
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  6. Hu, Dan; Zhu, Changqiang; Ai, Lele; He, Ting; Wang, Yi; Ye, Fuqiang; Yang, Lu; Ding, Chenxi; Zhu, Xuhui; Lv, Ruicheng; Zhu, Jin; Hassan, Bachar; Feng, Youjun; Tan, Weilong; Wang, Changjun. . Emerging Microbes & Infections. 2018, 7 (1): 1–10. ISSN 2222-1751. doi:10.1038/s41426-018-0155-5.
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