上臼杵站

在小山坡上建有木建單層站房一座，採用當時國鐵時代的典型站房設計，玄關位設於中間，進站後，左側為候車大堂，設有多張獨立座椅式候車長櫈、書枱及書櫃，並用不同的裝飾美化四周，把候車室裝飾為一個悠閒空間。而在近中間驗票口附近，裝設了一部簡易式自動售票機；右側為原售票窗口、站務室及職員留宿處。現時全作為儲物室之用。通過開放式閘口後，便到達沿前方的樓梯月台或右方的斜道進入月台。

站房玄關旁設有郵筒及投幣式電話亭，站外左側設有男、女獨立洗手間一座。

只設有側式月台一座，長度約120米，即有效長度為6輛。為列車不可列車交會站，也是自起點小倉站起的第二個單線道車站。通過閘口後的屋簷部份亦設有候車座椅，另外近站房的月台上也設有一座半開放式的候車亭。

月台中央部份約四輛的長度因應新型號列車的停靠而把月台加高。列車靠站時，往佐伯方向的列車為會開啟左邊車門，往大分方向的列車為會開啟右左邊車門。

與臼杵站相同，由於其平假名「」中的「」有「喜歡」的意思，同時也配合臼杵市於2018年起所推動的「」的旅遊推廣活動。因此，本站把原作為介紹附近景點指示牌，改裝為國鐵時代以平假名為主的站牌款式。其中，站名中的「」，都會更換成為紅色心形符號（♥），再在上面標示平假名，變成為「」。