臼杵站

以水泥建成的兩層高站房一座，但二樓只限於站房中央部份，且只位於站務室上方。進站後，中間為樓高兩層的售票大堂及通道，左側前端為缺角，置於街外，為一般的休惒座椅，正門左側為觀光中心的攤位，後方為候車室及物產攤檔商店，右側前端為自動售票機，後端為兼處理綠窗口的售票櫃位及驗票窗口，中央為人手驗票式閘口。二樓部份不對外開放。通過閘口後，可直接到達側式月台，或沿左側的密封式行人天橋前往島式月台。

站外左側則設有一座男、女獨立洗手間，而站前廣場亦放置了一個以日本國寶臼杵石佛中的「大日如來像」石窟複制版本。

把站名中的「」(喜歡)轉換為「❤️」的車站月台站牌（2024年1月）。

設有側式月台及島式月台各一座，可提供2面3線的線路。側式月台長220米，而島式月台則達240米，即最大的有效長度為12輛。而由天橋口起亦有長度達80米的月台上蓋。月台之間設有行人天橋連接。現時，除了側式月台（1號月台）外，島式月台均未有無障礙設施。而兩邊天橋下的底座均另設有儲物用的倉庫。島式月台外側（3號月台）另設有2條側線，可用作暫時車輛停泊處，或是保線列車使用。

原則上，所有下行列車均使用1號月台，而上行列車，則3個月台都會使用。其中，3號月台多為以本站起訖的區間列車發車月台，列車不用交會時則有機會使用1號月台，其餘多採用2號月台。

側式月台近驗票口放置了一塊《早春賦》的手抄木板，用以紀念歌曲的作詞者吉丸一昌，吉丸出身於未合併於臼杵市前的北海部郡海添村。歌碑左側則有展示櫃。而另一邊則掛上現於臼杵市居住的畫家北村直登的歡迎畫板。而島式月台上除了擺放一般的獨立座位式的塑膠候車座椅外，亦有以城下町城牆樣貌的候車座椅，以及臼杵石佛頭像的擺設。

本站的平假名寫法是「」（），其中因「」有「喜歡」的意思；另外，臼杵市於2018年起也發起了「」的旅遊推廣活動。因此，本站和鄰站上臼杵一樣，除了現時採用的豎立式站牌模式外，約於2018年起，把島式月台上原作為介紹附近景點指示牌，改裝為國鐵時代以平假名為主的站牌款式。其中，站名中的「」，都會更換成為紅色心形符號（♥），再在上面標示平假名，變成為「。而這站牌定期都會進行翻新，例如2020年起便在旁邊則印上持着弓箭、代表小愛神的邱比特，並一度把心形換成線條釣畫，後來改回原型；亦曾採用牛郎織女的構圖等。