合成生物学
合成生物學(英語:)是將生物科學應用到日常生活中的一種嶄新方式。英國倫敦的皇家科學院(Royal Society)認為:合成生物學結合了其他領域的知識與工具,涉及的領域包括系統生物學、基因工程、機械工程、機電工程、資訊理論、物理學、納米技術及電腦模擬等等。
历史
合成生物學家試圖創造出一種以脱氧核醣核酸編寫的語言。為了達此目的,需要設計脱氧核醣核酸片段,而這些脱氧核醣核酸片段已經獲得標準化處理,能與其他片段輕易連結。每個片段代表著個別指示,而將它們組合起來,便成為一個程式,能夠指示細胞進行一系列的工作。這個過程類似編寫電腦程式又或是製造機械人,不同之處是其製成品是具有生命及繁殖力的活細胞。
合成生物學能夠迅速發展成為一門學科,有賴脱氧核醣核酸編碼能力的急速提升。憑著近年在化學合成及分子生物學的發展成果,終能將整個基因組直接從它們的去氧核糖核酸建構基(A、T、G及C)合成。這種技術在成本、準確程度及反應時間等各方面,一直得到迅速改善。在可見將來,即使要從零開始來創造基因組,亦會變得輕而易舉。
合成生物學與基因工程學之分別
合成生物學是以過去三十年來研製而成的工具為發展基礎。基因工程學則專門運用分子生物學來製造脱氧核醣核酸(例如複製及聚合酶鏈式反應),並以自動定序形式來讀取脱氧核醣核酸。合成生物學增添了脱氧核醣核酸自動合成、標準設定、抽象概念應用以及人工設計組合等功能,大大簡化整個設計程序。
現今的應用範圍
人造生命
合成生命试图探索生命的起源,研究生命的机理,甚至从非生命物质中创造生命。克萊格·凡特的研究团队在2010年5月宣布,他们组装了将百万碱基对的基因组插入了细胞,合成了可以自我复制的细胞。[1]基因组是基于Mycoplasma mycoides的基因组设计,经过修剪、加入使其可在酵母中生长等的成分。 先是合成超过一千个核苷酸小片段,之后逐步在酵母和其他细胞正组装成基因组,最后把它注入到原本遗传物质移除的另一个物种Mycoplasma capricolum中[2][3]。合成的细胞和以分裂,“完全由新的基因组控制”,ultimately demonstrating that DNA can be very practically described by its chemical properties.[3]凡特认为,这是“第一个合成细胞”,花费了超过四千万美元[3]。科学社群中对此细胞是否为完全合成存在争议[3]:化学合成的基因组序列基本是自然基因组1:1的复制,接受基因组的细胞也是自然的细菌。克萊格·凡特研究院坚持使用“人工合成的细菌细胞”,但解释是“我们不认为这是从头凑成的细胞,而是从已有的生命使用合成DNA创造生命。”[4]凡特计划将合成的细胞申请专利,宣称“它们明显属于人类发明”[3]。研究者认为,建造合成生命会允许研究者通过创造生命了解生命,而不是通过分裂生命。他们还提议,延展生命和机器的边界,直到两者重叠,产生“真正可以编程的生物”[5]。参与者认为,与当今的科技相比,创造“真正合成的生化生命”与当今的科技水平接近,而且比登月便宜[6]。
参考文献
- . 2010-05-20 [2010-06-09]. (原始内容存档于2010-05-24).
- Gibson DG, Glass JI, Lartigue C, Noskov VN, Chuang RY, Algire MA, Benders GA, Montague MG, Ma L, Moodie MM, Merryman C, Vashee S, Krishnakumar R, Assad-Garcia N, Andrews-Pfannkoch C, Denisova EA, Young L, Qi ZQ, Segall-Shapiro TH, Calvey CH, Parmar PP, Hutchison CA 3rd, Smith HO, Venter JC. . Science. 2010, 329 (5987): 52–6. PMID 20488990. doi:10.1126/science.1190719.
- Robert Lee Hotz. . The Wall Street Journal. May 21, 2010 [April 13, 2012]. (原始内容存档于2013-10-04).
- Craig Venter Institute. . [2011-04-24]. (原始内容存档于2010-12-28).
- W. Wayte Gibbs. . Scientific American. May 2004 [2014-10-30]. (原始内容存档于2012-10-13).
- . [2007-01-19]. (原始内容存档于2007-01-21).
外部链接
- A biosynthesis company
- Synthetic Biology community Wiki(页面存档备份,存于), hosted by MIT & Harvard researchers
- Synthetic Biology in Practice, a blog by Howard Salis
- Synthetic biology @ Berkeley/LBL(页面存档备份,存于)
- Jim Collin's Lab @ Boston University
- Jingdong Tian's Lab @ Duke University
- George Church's Lab(页面存档备份,存于) @ Harvard Medical School
- Drew Endy's Lab(页面存档备份,存于) @ MIT
- The Pawson Lab website @ SLRI, Mount Sinai Hospital(Toronto)
- Christina Smolke's Lab @ Caltech
- Ron Weiss's Lab at Princeton University web site.
- Michael Elowitz's Lab(页面存档备份,存于) @ Caltech
- Web page of the Synthetic Biology Spanish group participating this year in the iGEM. Contains a lot of information about what is Synthetic Biology, the iGEM competition, and the proyect they are making.
- Lingchong You's Lab @ Duke University
- Chris Voigt's Lab(页面存档备份,存于) at University of California, San Francisco web site.
- GenScript USA Inc.: A gene synthesis/DNA synthesis company(页面存档备份,存于)
- Andy Ellington's Lab @ The University of Texas at Austin(页面存档备份,存于)
- Codon Devices: A Synthetic Biology Startup
- Synthetic Genomics: A Synthetic Biology Startup(页面存档备份,存于)
- J. Craig Venter Institute(页面存档备份,存于)
- DNA2.0: A gene synthesis company(页面存档备份,存于)
- Synbio Technologies: A DNA Technology company(页面存档备份,存于)
- Synthetic Biology Project(页面存档备份,存于) @ SLRI, Mount Sinai Hospital(Toronto)
- Programmable Cells: Engineer Turns Bacteria Into Living Computers, an exposition of synthetic biology
- Synthetic Biology Blog
- Synthetic gene design software collection by Gang Wu @ UMBC Evolvingcode research group
- Harman on Technology Blog: Thoughts on applying software engineering practices to biology.
- the iGEM program- intercollegiate Genetically Engineered Machines
- An annual competition which challenges researchers from the undergraduate to postgraduate level to create synthetic biology creations. The program is presented in conjunction with
- MIT's Registry of Standard Parts(页面存档备份,存于), a repository for genetic parts specifically modified to facilitate synthetic biology projects.
- - Bio-Multimedia Synthetic forms of entertainment