新函館北斗車站

當北海道新幹線正式動工時，本站的命名一直都爭論不休。當中所在地的北斗市，時任市長的海老澤順三曾要求將車站命名為「北斗」[6]，認為車站名稱應跟隨地名，結果遭到具有中核市地位的鄰市函館市方面大力反對，堅持要求以較為人認識的「新函館」命名。後來JR北海道及北海道道廳，均以「新函館」作為暫定名稱。

2012年9月及2013年7月，時任北斗市市長高谷壽峰兩度約見JR北海道管理層，在命名作讓步，建議採用「北斗函館」命名[7]。北斗市議會亦早於2012年6月通過相關動議[8]，然而這方案仍得不到函館市支持，時任函館市市長工藤壽樹於2012年10月表示應維持「新函館」的命名，函館市議會隨後更採取對立決議，通過要求將車站維持為「新函館」[9][10]。2013年10月，函館商工會議所會長松本榮一提出以「新函館北斗」作為折衷命名方案，希望可以化解兩市之間的爭議[11]。

2014月6月11日，JR北海道社長島田修正式宣佈，以「新函館北斗」為車站名稱，他指出所持的理由是：對於由本州出發的乘客來講，「函館」可以幫助理解乘車方向，但是新車站和原有的函館相距18公里，若只標示「函館」則會令人有「新幹線車站和函館距離不遠」的錯覺，因此採取了「新函館北斗」為最終定名[12]。此舉也令這纏擾多年的爭拗，終於宣告落幕。

在宣佈定名當日，NHK新聞隨即訪問了函館市及北斗市的居民，以及部份在北海道遊覽的道外居民意見。函館市及北斗市的居民對命名上，正、反及中立的意見皆有；不過對於道外居民來講，幾乎一面倒的支持以「新函館」為名，當中理由包括新的站名繞口難讀、「北斗（市）」的知名度不足、甚至有人稱往後大家會自動地將站名簡化為「新函館」，因而突顯出添加「北斗」是多餘的舉動。至於兩市市長，雖然對結果未感滿意，但都指出會配合JR北海道的宣傳[13]。

已見外貌的新函館北斗站舍。攝於2014年3月。

新幹線月台及在來線月台均設於地面，而車站大堂則設置於2樓。新幹線月台有獨立的驗票口，亦設有閘機，車站亦由無人站昇格為設有站長等職級的直營站。站內設有2個新幹線月台及4個在來線月台，而日後當新幹線伸延至札幌時，整個站體將會設有3個新幹線月台及5個在來線月台。新幹線及在來線月台的有效長度同為10輛，而新幹線的月台閘門採用了黃色為主調。

由本州方向乘坐新幹線的乘客當到站後（通常使用11號月台），只需穿過分隔在來線與新幹線月台之間的驗票機，便能快速轉乘1、2號月台的在來線列車（情況類似在來線特急列車和普通列車轉換），而不需要像目前一般新幹線車站的轉駁，需通過一般是設置在車站大廳處的驗票閘門才能進行轉乘[14]。

由於新幹線車站與函館站相距18公里，JR北海道增設了快速列車來往函館及新函館北斗間，並採取九州新幹線全線通車前新八代的同月台轉乘作法，利用函館本線接駁旅客前往函館市區。最初列車命名為「Access」，2014年11月，公佈將採用最新型的733系1000番台電聯車行走，並安排4列3輛編成的列車行走此路段[15]，並進行列車名稱召募活動[16]，2015年2月12日正式公佈列車名稱為「函館liner」（）[17][18]。並於12月18日公佈正式時間表[19]，每天對開16班列車，當中部份為快速班次，只停靠函館、五稜郭及新函館北斗三站 。另外，來往札幌的特急「北斗」也隨新幹線開通時加停本站[19]，區間車方面，除了下午一班外，其餘的亦由七飯站伸延至本站，至於過往部份班次取道藤城支線來往大沼站的安排亦於當日起取消。

車站的四周原本以農地居多，人口稀少，配合新幹線車站的建設，車站南側已在進行大面積的開發計畫[20]，當中位於站前廣場的多功能公園將近完成。

月台配置

新幹線月台

月台	路線	目的地
11、12	北海道新幹線	新青森、盛岡、仙台、東京、金澤(預留)、敦賀(預留)方向(目前僅第11月台提供載客服務,第12月台目前為回送月台，未來延伸段通車後為往札幌方向)
13		本站折返發車往札幌方向專用月台（預留,未供用）

舊渡島大野站

渡島大野站臨時站房，攝於2012年5月。

渡島大野舊站房，因應興建北海道新幹線新函館北斗的工程，已於2012年拆除。

為興建新幹線站舍，原來以木搭建的第1代站舍已於2012年被拆卸，並改以金屬組合屋作為臨時站舍。

原來的月台配置為側式月台及島式月台各1座，其中側式月台與現時1號月台相連接；舊島式月台則與新島式月台則有數十米的相距，月台間以架空行人天橋所連接。而側式月台及和島式月台中間，另設有路軌1條，可供不靠站的特急列車通過之用，但隨着加建供電網，有關的路軌亦已被拆去。而原有的月台，暫時亦獲得保留，但舊有的行人天橋也已被拆去。

北海道旅客鐵道（JR北海道）

北海道新幹線（札幌方向未通車）

木古內－新函館北斗（－新八雲（臨時名稱））

■函館本線（本線）

※特急「北斗」的相鄰停車站參見列車條目。

快速「函館Liner」

五稜郭（H74）－新函館北斗（H70）

普通（包括普通「函館Liner」）

七飯（H71）－新函館北斗（H70）－仁山（H69）