新语丝

新语丝上新加入的文章除了收入相应的栏目或文库以外，也同时列在其主页的“新到资料”一栏。方舟子自己的科普和评论文章、《新语丝》月刊等也以“新到资料”的方式发布。“新到资料”里的所有文章也通过邮件列表、RSS Feed 等方式发布。

1995年6月，方舟子在友人帮助下建立“新语丝电子文库”，收藏《新语丝》杂志、中国经典书籍文章、现代书籍、以及网络作品等等。之后又建立电子图库，主要收集书法、绘画、照片等等。

新语丝的文史资料中最有影响力的当属于「鲁迅家页」，其中收集鲁迅各类作品、照片、传记，以及其他人对他的评论等等。这些资料大都由志愿者们手工输入、校对。新语丝上曾收录由网人输入的金庸小说。后来考虑到可能出现的版权问题，新语丝主动将其从网站上移除。

新语丝上关于科学普及的资料包括了以下几个主要方面：

• 立此存照
• 批不实新闻
• 批基督教
• 批法轮功
• 批中医
• 批伪科学
• 批伪环保
• 科普作品

由林树坤创立的瑞士科学期刊出版公司MDPI赞助，奖金1万瑞士法郎，每年由新语丝编辑部评选一次。2013年首届得主为何祚庥，2014年为饶毅。[4]2015年为中国农业科学院生物技术研究所研究员黄大昉[5]。

2006年5月8日，美国印第安娜大学医学院免疫学教授、清华大学兼职教授傅新元发布了由120位海外华人签名的《120位中国科学家关于科学研究诚信的公开信》[6]。信中称，学术不端行为应该首先由「内部解决」，应做「无罪假定」，「建议」由学术专家组成的权威机构来处理学术不端的真实指控，反对制度外的打假行为，因为「在缺乏适当调查的情况下，任何企图误导公众或利用新闻媒体去求得偏袒支持，或匿名进行公开人身攻击或传播谣言的行为都是不可接受的，必须加以制止」。

虽然傅新元的公开信没有直接提到新语丝，但由于其时间恰好在方舟子揭露四川大学丘小庆、魏于全之后，这封公开信还是在新语丝上引起强烈反弹，而方舟子也评论说该公开信不符合言论自由的原则[7]。傅新元则在5月10日和17日两次发文给新语丝，说明自己并不是反对言论自由[8]。

英国《自然》杂志在2006年曾发表一篇特别报道[9][10]及一篇社论[11][12]提到并评论方舟子管理的“新语丝”网站，认为该网站虽然“在监督科研方面扮演了关键的角色”，但是认为“这种情形是很成问题的”，并在文章的附图中提到“在网站上张贴关于学术欺诈的指控让人联想到70年代用来迫害‘阶级敌人’的大字报”。

而方舟子则在“新语丝”上贴出一封写给《自然》杂志的信[13]，称他赞同“中国应该建立一个调查不端行为的指控的正式渠道”，“但是在有这样的渠道之前，以及在它建立以后为确保它恰当地运作，新闻自由和言论自由是必不可少的。”