法務省

• 法務大臣（法律2條2項）
• 法務副大臣（國家行政組織法16條）
• 法務大臣政務官（國家行政組織法17條）
• 法務大臣補佐官（國家行政組織法第17條之2） - 非必要。
• 法務事務次官（國家行政組織法18條）
• 法務大臣秘書官

• 大臣官房（政令2條1項）
  • 審議官（政令12條1項）（6人）
  • 參事官（政令13條1項）（6人）
  • 秘書課（政令14條1項）
  • 人事課
  • 會計課
  • 設施課
  • 厚生管理官
  • 司法法制部（政令14條2項）
    • 參事官（政令13條1項）（2人）
    • 司法法制課（政令13條2項）
    • 審査監督課
• 民事局
  • 參事官（政令13條1項）（5人）
  • 總務課（政令22條）
  • 民事一課
  • 民事二課
  • 商事課
  • 民事法制管理官
• 刑事局
  • 參事官（政令13條1項）（4人）
  • 總務課（政令28條）
  • 國際課
  • 刑事課
  • 公安課
  • 刑事法制管理官
• 矯正局
  • 參事官（政令13條1項）
  • 總務課（政令34條）
  • 成人矯正課
  • 少年矯正課
  • 矯正醫療管理官
• 保護局
  • 參事官（政令13條1項）
  • 總務課（政令39條）
  • 更生保護振興課
  • 觀察課
• 人權擁護局
  • 參事官（政令13條1項）
  • 總務課（政令43條）
  • 調査救濟課
  • 人権啓發課
• 訟務局
  • 參事官（政令13條1項）（2人）
  • 訟務企劃課（政令47條）
  • 民事訟務課
  • 行政訟務課
  • 租稅訟務課
  • 訟務支援管理官

• 司法試驗委員會（司法試驗法，法律5條）
• 檢察官適格審査會（檢察廳法，法律5條）
• 中央更生保護審査會（更生保護法，法律5條）
• 日本司法支援中心評價委員會（総合法律支援法，法律5條）
• 法制審議會（政令59條）
• 檢察官、公證人特別任用等審査會

法務省的設施等機關分為以下七種。

• 刑務所（刑事收容設施及被收容者等處遇相關法律，法律8條）（62）
  • 支所（法律9條2項）
• 少年刑務所（7）
  • 支所
• 拘置所（8）
  • 支所
• 少年院（法律8條）（51）
  • 分院（法律10條2項）
• 少年鑑別所（51）
  • 分所（法律11條2項）
• 婦人補導院
  • 分院（法律12條2項）
• 入國者收容所（3）
• 法務綜合研究所（政令62條）
  • 支所（政令63條2項）

除了檢事、檢察事務官、法務局職員、保護觀察官、入國審査官、入國警備官等研修，也負責發展中國家的法律發展。

• 矯正研修所
  • 支所（政令64條2項）

檢察廳法規定檢察廳為特別機關（法律14條）。檢察廳分為最高檢察廳、高等檢察廳、地方檢察廳及區檢察廳，分別對應最高裁判所、高等裁判所、地方裁判所及簡易裁判所（檢察廳法2條1項）。

• 最高檢察廳（檢察廳法1條2項）
• 高等檢察廳（8）
  • 支部（檢察廳法2條4項）（6）
• 地方檢察廳（50）
  • 支部（檢察廳法2條4項）（203）
• 區檢察廳（438）

• 東京高等檢察廳
• 大阪高等檢察廳
• 名古屋高等檢察廳
• 広島高等檢察廳
• 福岡高等檢察廳
• 仙台高等檢察廳
• 札幌高等檢察廳
• 高松高等檢察廳

法務省的地方支分部局有以下六種。

• 矯正管區（法律15条）（8） - 一部（政令66條1項）、二部、三部
• 地方更生保護委員會（8） - 事務局（更生保護法20條1項）
• 法務局（8） - 訟務部（政令69條1項）、民事行政部、人權擁護部、支局（法律19條）、出張所（法律20條）
• 地方法務局（42） - 支局、出張所
• 地方入國管理局（8） - 支局（法律22條）、出張所（法律23條）
• 保護觀察所（50） - 支部（法律25條）

• 札幌矯正管區（政令65條）
• 仙台矯正管區
• 東京矯正管區
• 名古屋矯正管區
• 大阪矯正管區
• 廣島矯正管區
• 高松矯正管區
• 福岡矯正管區

• 北海道地方更生保護委員會（政令67條）
• 東北地方更生保護委員會
• 關東地方更生保護委員會
• 中部地方更生保護委員會
• 近畿地方更生保護委員會
• 中國地方更生保護委員會
• 四國地方更生保護委員會
• 九州地方更生保護委員會

• 札幌法務局（政令68條）
• 仙台法務局
• 東京法務局
• 名古屋法務局
• 大阪法務局
• 廣島法務局
• 高松法務局
• 福岡法務局

• 出入國在留管理廳（原入国管理局）
  • 總務課
  • 政策課
  • 出入国管理部
  • 在留管理支援部
  • 入国者収容所（2）
  • 地方出入国在留管理局（8） - 支局、出張所
• 公安審査委員會（國家行政組織法、公安審査委員會設置法，法律26條）
  • 事務局（公安審査委員會設置法14條）
• 公安調査廳（國家行政組織法、公安調査廳設置法，法律26條）
  • 總務部（政令77條）
  • 調査一部
  • 調査二部
  • 公安調査廳研修所（政令83條）
  • 公安調査局（政令84條）（8）

• 法律專業人士活動領域擴大專家懇談會[4]
  • 企業法律專業人士活動領域擴大分科會
  • 國、自治體、福祉等領域法律專業人士活動領域擴大分科會
  • 法律專業人士海外展開分科會
• 法律專業養成制度改革連絡協議會
• 外國律師制度研究會
• 成年年齡下調環境整備相關府省廳連絡會議
• 年輕人刑事法制研究會
• 法律教育推進協議會
• 「國民之聲」聆聽會議
• 出入國管理政策懇談會

2017年7月1日的法務省一般職在職人數有5萬1,256人[6]。分別為本省4萬7,067人（其中女性9,385人）、公安審査委員會4人（其中女性0人）、公安調査廳1,490人（其中女性210人）、檢察官2,695人。依據2017年的一般職國家公務員在職狀況統計表（平成29年7月1日），沒有女性檢察官。但從內閣府男女共同參與局的資料[7]，2017年3月31日的檢察官總數有2,701人（其中女性479人）。

依行政機關定員令，法務省員額包含特別職1人在內共有5萬3405人(平成30年9月30日以前為5萬3,430人，平成30年10月1日至平成30年12月31日為5萬3,419人）[1]。其中1萬1,809人(平成30年12月31日以前為1萬1,823人）為檢察廳職員員額。本省、各外局別員額由省令法務省定員規則規定，本省為5萬1780人(平成30年9月30日以前為5萬1,794人，平成30年10月1日至平成30年12月31日為5萬1,805人），其中檢察廳為1萬1809人(平成30年12月31日以前為1萬1,823人），公安審査委員會4人（事務局），公安調査廳1621人[8]。

然而，法務省有許多不在員額內的非專任職員在職。2013年7月1日的非專任職員有5萬7,894人[9]，佔國家行政機關非專任職員（14萬7,795人）約四成左右。其中，管理更生保護志工的保護司就有4萬8,515人。此外，委員顧問等職員有3,880人，僅次於厚生勞動省（6,940人）。接著，事務補助職員有3,307人，技能職員有555人，醫療職員有506人，教育職員有370人。教育職員佔全國行政機關任用人數的九成。非專任職員中的再任用職員有2,031人。另外，傷病等休職者有159人，育兒等休業者有470人，派外（國際機關、法科大學院、律師職務經驗等）者有43人。

法務省職員的採用是透過國家公務員採用綜合職試験（研究院畢業者試驗）、國家公務員採用綜合職試験（大學畢業程度試驗）、國家公務員採用一般職試験（大學畢業程度試驗）、國家公務員採用一般職試験（高中畢業程度試驗）、刑務官採用試驗、法務省專門職員（人間科学）採用試驗等試驗。然而檢事的採用則是適用檢察廳法，以司法修習生完成修習者為主（檢察廳法18條1項）。

法務省與最高裁判所事務總局同樣源自於司法省，兩方在司法省廢止後持續舉行人事交流「判檢交流」[10]，但也被批評檢察方與法院方不應有過多聯繫[11][12]，日弁連還要求廢除指定代理人制度[13]。因此，為了確保職務的公正[12][14]，民事部門開始縮小交流規模，刑事部門則在2012年4月停止人事交流[12]。

法務省職員為一般職國家公務員，俸給適用一般職俸給法。然而，檢察官是適用檢察官俸給法，檢事總長、次長檢事及檢事長則是適用特別職俸給法，檢事及副檢事則設有以一般職俸給法規定為基礎的俸給制度。俸給表雖然適用基本的行政職俸給表（一）與指定職俸給表，但依人事院規則九―二之規定，入國者收容所及地方入國管理局的入國警備官（4條2號）與刑務所、少年刑務所、拘置所或矯正管區之值勤者，以及矯正研修所支所的值勤教頭及教官（4條3號），適用公安職俸給表（一）。而檢察事務官及公安調査官（5條1號）與少年院、少年鑑別所或婦人補導院之值勤者（5條2號）則適用公安職俸給表（二），檢察官適用檢察官俸給法2條規定之俸給表。平成30年度預算員額以公安職俸給表（一）的2萬437人最多，其次是行政職俸給表（一）的1萬5,198人、公安職俸給表（二）的1萬3,735人、檢察官的2,767人。由於矯正設施與更生保護設施也負責被收容者的矯正醫療，法務省與厚生勞動省一樣有大量的醫療從事者，因此適用醫療職俸給表（一）的人數有331人、醫療職俸給表（二）有163人、醫療職俸給表（三）有441人。

勞動基本權中的爭議權與團體協約締結權不受國家公務員法認可。由於具有團結權，職員可依國公法規定自由成立或加入勞動組合「職員團體」（國公法第108條之2第3項）。但是，刑事設施值勤職員沒有團結權，自由成立或加入勞動組合（國公法108條之2第5項）。

2018年3月31日現在，人事院登錄的職員團體有一個單一體、30個支部[15]，人數4,972人。主要職員團體為全法務省勞動組合（全法務），是國公勞連（全労連系）加盟成員。

2007年度新司法試験考察委員慶應義塾大學法科大學院教授植村榮治向學生提供類題講義而遭到解職，然而司法試驗委員會調査以影響不明為由未做任何糾正措施。然而，難題之一的行政法第18題，慶大生答對率比其他學生高5%以上[19]，慶大合格率也從前年9位上升至3位。

2015年度司法試験，明治大學法科大學院教授青柳幸一將試題洩漏給同大學法科大學院出身的女性受驗者。同年5月，東京地檢特捜部以違反國家公務員法（守秘義務）提告，同時法務省解任其考査委員職務[20]。

然而，法務省並未對其他明大法科大學院生進行調査[21]。