在日本，第三部門鐵道（日语：）指的是以第三部門方式，由沿線的地方政府及企業或中央政府等共同出資所成立的鐵道公司，是JR及私鐵和市营地下铁以外的另一種鐵道營運型態。
要注意的是第三部門鐵道並不能與第三種鐵道事業者混淆，而且多數情況下第三部門鐵道通常是第一種鐵道事業者。
第三部門鐵道依成立原因分成下列幾類：
鋼索鐵道（索道等）公司不予列出。帶有※的是加盟第三部門鐵道等協議會的公司（35間）[1] 。帶有★的是加盟日本民營鐵道協會的公司[2]（可視為地方私鐵的場合）。