蛀船蛤科

本科物種現時包含有15個屬，大致可分為三個亞科[5]。過往本科之下的屬高達數十個屬，但現時有不少已被認為只是異名。在這15個屬當中，以蛀船蛤屬（）最廣為人知。歷史上，加勒比海的蛀船蛤屬物種的數量比其他海洋水體出奇地高。

以下詳列本科15個屬[5]：

• 節鎧船蛆亞科 Bankiinae R. D. Turner, 1966
  • 節鎧船蛆屬 Bankia Gray, 1842：TaiBIF作「船蛤屬」[6]，有誤。船蛤屬乃船蛤科物種。
  • Nausitora E. P. Wright, 1864
  • Nototeredo Bartsch, 1923
  • Spathoteredo Moll, 1928
• Subfamily Kuphinae Tryon, 1862
  • Kuphus Guettard, 1770：一個現存種（見於台灣[6]），兩個化石種。
• 蛀船蛤亞科 Teredininae Rafinesque, 1815
  • Bactronophorus Tapparone Canefri, 1877：有一種見於台灣[6]；
  • Genus Dicyathifer Iredale, 1932
  • Lyrodus Gould, 1870：有一種見於台灣[6]；
  • 新蛀船蛤屬 Neoteredo Bartsch, 1920：有一種見於台灣[6]；
  • Genus Psiloteredo Bartsch, 1922
  • 蛀船蛤属 Teredo Linnaeus, 1758：有一種見於台灣[6]；
  • Teredora Bartsch, 1921：有一種見於台灣[6]；
  • Teredothyra Bartsch, 1921：有一種見於台灣[6]；
  • Uperotus Guettard, 1770：有一種見於台灣[6]；
  • Genus Zachsia Bulatoff & Rjabtschikoff, 1933
• 亞科地位未定
  • Lithoredo：於2006年在菲律賓薄荷島阿巴坦河（Abatan River）的石灰岩發現，但到2018年才被團隊完成詳細的描述[7][8]
  • Nivanteredo Velásquez & Shipway, 2018
  • Takashima[6]

nomen dubium

• Eoteredo Bartsch, 1923

異名：

• Coeloteredo Bartsch, 1923：或作Coleoteredo，有一種見於台灣[6]，現併入蛀船蛤属；
• Genus Guetera Gray, 1847 accepted as Guetara J.E. Gray, 1847 accepted as Uperotus Guettard, 1770 (Duplicate & lapsus calami (Rosenberg, Gary))
• Xylophaginae Purchon, 1941：被提升至科級，但Xylophagidae已在使用（昆蟲綱），所以改名為Xylophagaidae Purchon, 1941。

WoRMS不承認Austroteredo，認為只是蛀船蛤屬的同種異名[9]；但TaiBIF認同這個分類[6]。